Novinky na projektu

Fórum o projektu
Zpráva
Autor
Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3669
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#21 Příspěvek od petnek »

:arrow: 16.5.2011

Osvědčené postupy - FAQ

Hlavním zaměřením Foldingu je věda, nicméně pro některé počtáře se jedná i o jistý druh soutěže. S cílem zachování smyslu spravedlivosti jsme některé z nich požádali, aby nám pomohli vytvořit seznam pravidel. Ty jsou shrnuty na této FAQ stránce.

Tato pravidla vyvolávají ducha soutěže způsobem, který je nestranný pro všechny počtáře. Děkujeme všem za jejich příspěvky a doufáme, že budou mít význam jak pro soutěžení tak přínos projektu.

Překlad oné FAQ stránky:

Úvod

Je stejný jako text novinky.

Projekt a pracovní jednotky (WUs)

1, Počtáři by neměli manipulovat s logikou přiřazení serveru (AS) za účelem získání konkrétní pracovní jednotky (WU) projektu a/nebo zablokováním konkrétní WUs
2, Počtáři by neměli mazat jednotky z jiného důvodu, než je uvedeno níže. Odstranění WUs narušuje projekt protože trvá jednotce trvá déle než je spočítána (musí se počkat do deadline a pak se posílá znovu). Mazání jednotek za účelem získání co nejvyššího PPD je postihováno. Přípustné důvody pro smazání WUs jsou: 1. Nestabilita WU > tato skutečnost se oznamuje na fóru; 2. Nestabilita FAH klienta > oznamuje se na fóru; 3. Neschopnost systému dokončit WU před deadline > pokud se toto stane, zvolte si vhodnějšího klienta nebo si pročtěte návody, jak tento problém odstranit (například parametrem -small u SMP klienta).
3, Počtář by neměl používat flagy/přepínače pro oklamání přiřazeného serveru. Zdržte se prosím experimentování s flagy/přepínači určenámi pro velmi konrétní účely.
4, Počtáč by neměl násilím stahovat WUs, které nejsou nativně určeny pro systém, na kterém jeho klient běží.
5, Spouštění FAH klienta takového typu, který není schopen stihnout dopočítat jednotku před deadline je velmi nevhodné. Například se nedoporučuje provozovat jednotky bigadv na pomalejších systémech s méně než 8 jádry a není doporučeno pouštět SMP klienta na pomalejších dvoujádrových systémech (pozn. autora: zajímavé, notebook s Intel T8300 běžící 12 hodin denně je schopen zvládnout SMP jednotku i před preferovaným časem). Pokud zjistíte, že rozpočítaná jednotka nestihne být dokončena před deadline, zastavte klienta, odstraňte ji a zvolte si vhodnějšího klienta, který bude lépe vyhovovat vám i vašemu hardwaru.
6, Počtář by neměl záměrně zastavit/pozastavit FAH klienta za účelem manipulování s časem dokončení.

FAH klienti

1, Změna FAH klientského softwaru, přidružených datových souborů nebo změny v kódu programu jsou v přímém rozporu s pravidly pro koncového uživatele (EULA)
2, Redistribuce FAH nebo distribuce FAH uvnitř jiného softwaru (například při instalaci) nebo distribuce bez souhlasu uživatele systému je porušením smluvy (EULA)
3, Používání nepublikovaného přepínače do klienta je zakázáno. Tyto přepínače jsou určeny pro vnitřní použití Pande Group.

Vysvětlivky:
flag, přepínač: přidružený parametr při spouštění klienta. Například -small, -advmethods...

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3669
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#22 Příspěvek od petnek »

:arrow: 2.7.2011

Změna v bodovém systému pro bigadv jednotky

Pro nové pracovní jednotky bigadv jsme změnili bodový systém tak. Povede to k znovu obnovení rovnováhy s ostatními ohodnoceními ve Foldingu. Více informací najdete zde.

Hlavní změnou je, že ubývá bonusové ohodnocení bigadv WUs z 50% na 20% (pozn. překladu: snad jsem to přeložil správně The main just of the change is that we are decreasing the points associated with bigadv WUs, from 50% over SMP to 20% over SMP). Tato změna se týká pouze nových WUs. Jednotek, které jsou již připraveny nebo se počítají se to nedotkne. Chceme zdůraznit to, že bigadv stále pokračuje ale jak jsme zmínili dříve, je to experimentální program a podléhá změnám.

Je jasné, že jakákoli změna v bodovém systému je kontroverzní, ale toto bylo vyhodnoceno jako velmi závažný problém mnoha počtáři. Po prozkoumání této záležitosti jsme shledali tuto nerovnovážnost v bodovém systému a přijali jsme toto opatření.

Další změnou, kterou máme na mysli, je zahrnout klasické a GPU WUs do QRB (Quick Return Bonus), tedy do systému, kdy se za rychle odevzdanou a korektně spočítanou jednotku dostane bonus. To by mohlo uvést všechny typy projektů ve Foldingu do rovnováhy.

Na závěr bych chtěl všem vyzdvyhnout, že jsme vyslechli počtáře a brali je velmi vážně. Došlo k rozsáhlé diskusi o problémech s bodovým ohodnocením a obrovským PPD (Points Per Day) u bigadv (často před 500 000 PPD) a nedostatku QRB pro GPU.

:arrow: 15.6.2011

Aktualizace pokroku na klientovi v7

Už nějakou dobu je přístupná verze 7.1.24, a proto bychom chtěli dát vědět, co se děje. Pracovali jsme na interním testování dvou beta verzí a opravovali jejich chyby. I když jsme mohli verzi 7.1.25 uvolnit do opet beta stavu, je tam ještě pořád mnoho věcí na to, aby mohla být vypuštěna.

Dále je seznam věcí, na kterých se pracuje. Najdete ho zde]

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3669
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#23 Příspěvek od petnek »

V novinkách mám co dohánět, takže jen ve zkratkách důležitější z roku 2011... O nic důležitého nejsi ochuzen ani po takovém výpadku překládaných aktualizací 45cc

:arrow: x.12.2011

jen ohlášené výpadky

:arrow: 18.11.2011

Video o Folding@Home ze Stanfordského servisu novinek

Na video se můžete podívat buď v odkaze novinky nebo zde

:arrow: 14.11.2011

Plánované změny v systému bigadv jednotek

Předem dávají vědět, že bude změněn minimální počet jader pro možnost výpočtu bigadv jednotek na 16. Tato změna by neměla vstoupit v platnost dříve než 16.1.2012.

:arrow: 11.10.2011

Vypuštěn update pro klient v7 - v7.1.38

Změny:

v7.1.38
-Opraveny pády síťového spojení.

v7.1.37
- Přidán chybějící wraplabel.py soubor do FAHControl.
- Změněna podrobnost zpráv chyb slotu.
- Chybné jednotky na UNSTABLE_MACHINE okamžitě & vrácení k částečnému ohodnocení. Ticket 615 (zajímavá formulace: "Fail WU on UNSTABLE_MACHINE immediately & return for partial credit." )

v7.1.36
- Opravena potencionální chyba spojení slotu. Ticket 734
- Přidány některé nVidia karty do GPUs.txt. Ticket 737
- Vylepšena detekce baterie na Linuxu. Ticket 738
- Zobrazení chyby jednotky na řádku statusu jednotky.
- Opraven problém s oprávněním pro debian balíček instalace jádra. Ticket 732
- Vymazáno varování na pořadí bytů v jádru (dobrý překlad :lol:) ("Removed core byte order warning.") Ticket 602
- Přidán GPL odkaz do FAHControl sekce About. Ticket 736
- Zeptání se na přezdívku, tým, passkey a mód v průběhu instalace .deb balíčku. Ticket 739

v7.1.35
- Přidáno téma "Enchanter". Ticket 731
- Přejmenováno téma "Wimp" na "Windows-Default". Ticket 731
- Odminimalizace FAHControl okna po zviditelnění. Ticket 567
- Vylepšená chybová zpráva týkající se stažení jádra. Ticket 161
- Vyčištěn popis projektu používající html2text.py.
- Uložení projektových dat v databázi klienta.
- Použita systémová velikost fontu. Ticket 733
- Přidáno info o projektu do prohlížeče (Vieweru v klientu). Ticket 575
- Přidány tlačítka do prohlížeče (Vieweru v klientu).
- Opraven pád FAHVieweru vzniklém ve verzi 7.1.34
- Opraveno rolování myší ve FAH Controlu. Ticket 463
- Opravena rozdílnost barev v textových polích. Ticket 698
- Změněno jméno okna FAHControl. Ticket 711

v7.1.34
- Opravena spotřeba výkonu CPU ve spojení klienta. Ticket 702
- Opravdu opravena chyba "Špatné architektury" na 32-bit Ubuntu. Ticket 599
- Jen upozornění na chyby v nastavení. Ticket 722
- Zaznamenávání chyb a pokračování v příkazu serveru k inicializaci.
- Opraven text konfigurace slotu. Ticket 717
- Použita -1 nebo 0 pro CPU pro shodu s GPU. Ticket 717
- Vypnuty nadále nepodporované grafické kary AMD X1300 - 1900.
- Přidána "OpenGL Render" do informací ve FAHVieweru.
- Přidána "override-blacklist" možnost do FAHVieweru
- "OK" > "Save" v možnostech okna FahVieweru. Ticket [urlhttps://fah-web.stanford.edu/projects/FAHClient/ticket/724]724[/url]
- Opravena detekce NVIDIA_DEV.1244.01 = "NVIDIA GeForce GTX 550 Ti".
- Přidáno téma "Wimp" a win32 engine pro témata. Ticket 723
- Téma "Wimp" nastaveno jako výchozí na Windows. Ticket 713
- Přidán "tlukot srdce" do vieweru <-> spojení klienta do vypršení mrtvých spojení
- Zastavení pokusů FAILED, FAULTY a DUMP reportů pokud bylo vytvořeno WS spojení. Ticket 728
- Kontrola verze WS serveru pro nepřiměřené hodnoty. Ticket 728

:arrow: x.9.2011

Žádná novinka nevydána nebo jim chybá webová stránka s tímto měsícem

:arrow: 10.8.2011

Ocenění Michaela a Kate Bárány pro rok 2012

Vijay Pande získal tuto cenu Mladého vyšetřovatele od Biophysical Society za "rozvoj definice a změn v oblasti výpočetních metod za účelem vývoje hlavních teoretických modelů skládání bílkovin a RNA."

Na všechna doposud získaná ocenění projektu se můžete podívat zde


:arrow: 5.8.2011

Aktualizována stránka s výsledky

V novince zmiňují výsledek No.93 a 95

Jeden z hlavních výsledků v oblasti výzkumu Alzheimerovi choroby (výsledek #95)

Další klíčový výsledek je v oblasti metod (výsledek #93)

:arrow: 25.7.2011

Spuštěn nový vzhled stránky s přehledem a statistikami serverů
Obrázek

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3669
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#24 Příspěvek od petnek »

:arrow: 6.12.2012

Sjednocení benchmarku GPU a SMP klientů provedeno. Stále se pracuje na sjednocení starších projektů pro ATI a G80 nVidie. Quick Return Bonus zatím nebyl u projektů s opraveným benchmarkem provedeno.

:arrow: 28.11.2012

Byl přepracován výpočet výkonu na stránce s celkovými statistikami Folding@Home.

:arrow: 1.11.2012

Tohoto dne byl článek o Folding@Home nejlepším a zvýrazněným na Wikipedii

:arrow: 30.10.2012

Klient verze 7.2.9 k dispozici

Byl vylepšen 3D viewer, který nyní umožňuje zobrazení bílkovin z mnoha spuštěných projektů. Pracuje více na GPU a využívá méně CPU. Kód použitý v tomto prohlížeči je nyní v testování pro použití v připravovaném šetřiči obrazovky.

Nyní je v klientu implementována funkce automatického updatu seznamu podporovaných grafických karet.

Pracuje se i na verzi pro OSX.

:arrow: 30.10.2012

Článek na Wikipedii o Folding@Home je nyní nejlepším

Ke shlédnutí zde. Vijay Pande píše, že se snažil dodržet takový jazyk, aby mu rozuměl každý.

The Folding@home article on Wikipedia is now a Featured Article

:arrow: 22.10.2012

Sjednocené schema GPU/SMP benchmarkingu: stejné body za stejnou práci

Sjednocen výpočet výkonu na SMP a GPU jádrech. Od této chvíle bude výkon pro GPU projekty vypočítáván na SMP benchmarking schématu což bude mít za následek mírné zvýšení kreditového ohodnocení GPU projektů a také to přinese QRB (Quick Return Bonus - bonus za rychlé odevzdání díky passkey). Beta test proběhl na projektu 8057, po úspěšných testech byly přeměřeny všechny GPU projekty podle tohoto nového schématu.

:arrow: 13.9.2012

Video rozhovor o Folding@Home

Na video se můžete podívat zde. Délka 1:17:43

:arrow: x.8.2012

MSMBuilder: Open source kód z FAH vývojářské komunity

:arrow: x.7.2012

Vědecké články, pár měsíců trvající zvýhodnění jednotek na jádro A4.

:arrow: x.6.2012

Pokračování informací o FAHconu 2012 a další konference

:arrow: x.5.2012

Informace o Consortium Conference 2012 a FAHconu 2012. Pro více informací rozklikněte datum 45cc

:arrow: 26.4.2012

Mozaika z týmových log

Ve snaze zdůraznit kolektivní práci a úsilí na řešení úloh ve Folding@Home byla vytvořena mozaika z log týmů zapojených do výpočtů. Schválně jestli najdete naše logo, případně referujte v tomto vláknu 45cc

Malé logo je zde
Velké logo je zde Opravdu velké logo 45hh

Odsud dolů se mi ztratili háčky nad "e", "c" a "r". Omluvte prosím tento drobný detail vzniklý pádem systému a dementní zálohou :lol:

:arrow: 7.4.2012

Novinky emailem

nyní máte možnost si prihlásit odber novinek z Foldingu (v anglictine 45hh ). Stací jít na tuto, zadat email > potvrdit > web, který chcete sledovat je "http://folding.stanford.edu/home/blog" > potvrdit > znovu zadat email > vybrat možnost > potvrdit. Následne ješte potvrdit overovací mail prímo ve schránce.

:arrow: 5.4.2012

Podpora pro nové grafické karty v klientovi v7

Byla rozšírena podpora o nové grafické karty. Automatický update souboru GPUs.txt zatím není v provozu, takže je nutné tento soubor nahrát do složky s Foldingem (a prepsat starý pokud tam je). Toto se doporucuje behem vypnutého klienta. O rozpracované jednotky bych se nebál. V budoucnu je plánováno zabudování funkce pro automatický update tohoto souboru.

Stahovat mužete zde (stací pravým myšítkem > uložit jako). Tento odkaz by nemel být aktuální jen v dobe novinky, ale porád

:arrow: 21.3.2012

FAH simulace vedou k nové terapeutické strategii pro Alzheimerovu chorobu

Jsem velmi rád, že mohu konecne mluvit o klícových výsledcích z naší laboratore. Tyto výsledky byly dlouhou dobu v ocekávání a v mnoha ohledech predstavují duležitý úspech pro celý Folding@Home (FAH) prokazující, že prístup který jsme zacali pred 10 lety muže delat významné kroky vpred v našich dlouhodobých cílech.

Konkrétne, naše dlouhodobé cíle byly (plnené postupne):
1, Vyvinout nové metody rešení výpocetních problému simulací skládání bílkovin.
2, Použít tyto metody pro získání nových poznatky o skládání bílkovin.
3, Použít tyto metody a nové pohledy k simulaci rozložení Aß bílkoviny, klícovému procesu v toxicite Alzheimerovy choroby.
4, Použít tyto simulace k vývoji nových malých molekul léku, které by mohli být použity pro lécbu této choroby.

V raných letech Folding@Home jsme se koncentrovali na plnení prvních dvou cílu, v posledních 5-7 letech jsme pracovali na tretím z nich a nyní mohu s radostí oznámit prubeh práce na bodu c.4, tedy posledním.

Ve zpráve publikované v Journal of Medicinal Chemistry jsme sdelili výsledky testu predpovedí predchozích simulací Folding@Home a jak tyto predpovedi vedly k nové strategii v boji proti Alzheimerove chorobe. I když to není prímo lék, je to významný krok smerem k našemu cíli, nejaké svetlo na konci tunelu.

Další kroky nyní probíhají v našich laboratorích, kde se snažíme tuto slouceninu prevést v reálný lék. Více informací prineseme v budoucích mesících.

Podrobnejší informace (vedecké) se mužete dozvedet po rozkliknutí linku novinky

:arrow: x.2.2012

Vetšinou novinky ohledne pocítání Foldingu na dost technicky-biologické úrovni a informace o bigadv zmene na minimum 16 jader avizované dríve. Tato zmena je ve fázi beta testu a príprav na finální vypuštení. Žádné novinky týkající se výpoctu nebo neceho, co by se mohlo týkat poctáre.

Pokud chcete bližší info novinkách z tohoto mesíce, mužete se podívat proklikem vedle šipky nebo zde

:arrow: x.1.2012

Žádné novinky nenapsány
Obrázek

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3669
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#25 Příspěvek od petnek »

:arrow: 17.12.2013

Změněny požadavky na bigadv jednotky

Od 17.2.2014 budou moci bigadv jednotky počítat stroje s minimálně 24 jádry.
Od 17.4.2014 budou tyto jednotky moci počítat stroje s minimálně 32 jádry.

:arrow: 7.11.2013

Změny v jádru 17: aktualizace a přesun do ostrého provozu

S vydáním jádra ZETA do ostrého provozu se ukončují jádra 15 a 16.

Jádro 17 aktualizováno na verzi 0.0.52 s následujícími změnami:
- citlivější ukončování
- Opravena chyba související s vizualizací pro další verzi FAHVieweru.
- Vypnuty některé interní ladící kódy.
- Pro Windows nVidia uživatele počítající na jedné grafice byla zapnuta nová funkce nazvaná kontrola teploty, která přeruší výpočet.
- Pro zapnutí kontroly teploty je potřeba splnit několik požadavků:
- tmax (kritická teplota) - menší než 110°C
- twait (minimální čekací doba v sekundách) - minimálně 900s
- pokud je teplota větší než tmax, bude přerušen výpočet (ochlazování GPU) alespoň twait sekund
- toto může být upraveno přes nastavení config.xml souboru:

Kód: Vybrat vše

<slot id=’0′ type=’GPU’>
<extra-core-args v=’-tmax=80 -twait=900′/>
</slot>

:arrow: 28.9.2013

Oznámen konec života jádra 16. Náhradou je mnohem výkonnější jádro 17 (ZETA), nicméně se potýkají s problémem poklesu PPD na AMD HD5xxx kartách. Na problému se pracuje.

:arrow: 29.6.2013

Jádro ZETA bylo uvolněno z beta testu a je dostupné v testu pro veřejnost. Novinka jen informuje o datu tohoto přesunu. V tuto chvíli je již "venku" a normálně se na něm počítá

:arrow: 24.5.2013

Tohoto dne byla vylepšena rychlost aktualizování statistik na Foldingu. Nyní již nebude docházet k výpadkům webových stránek statistik a budou aktualizovány každou hodinu.

:arrow: 6.5.2013

Update jádra 17 (ZETA) a video

ZETA jádro bylo updatováno o OpenMM verze 5.1

Některé z hlavnívh bodů tohoto updatu:
120 000 PPD na nVidia GTX Titan a 110 000 PPD na AMD HD7970. Podpora rozmanitějších simulací, podpora Linuxu na nVidia kartách a 64bit operačních systémech, FAHBench aktualizován poslední verzí OpenMM a zobrazuje informaci o verzi

Video k této aktualizace najdete na Youtube

Přepis videa v angličtině najdete v linku této novinky.

:arrow: 19.3.2013

Vydán FahBech verze 1.0. Ke stažení zde. Již jako program nikoli příkazový řádek, testování CPU i GPU, OpenCL, CUDA. Několik možností na výběr

:arrow: 14.3.2013

GPU QRB update

Bonus za rychlé vrácení jednotek bude uplatňován od nových projektů využívajících jádro ZETA. Pro více info násedujte link v názvu novinky.

:arrow: 6.3.2013

FAH bech - zjištění GPU výkonu na jádrech postavených na OpenMM

Info
Nynější vydání 0.5 - 30.1.2013 (stabilní)
novinky: zlepšení výkonu

Ke stažení zde. Musíte potvrdit podmínky dole.

Použití
Program běží z příkazové řádky povolující nastavení, jaké potřebujete.
Například:

Kód: Vybrat vše

FAHBench.exe -deviceId 0 -platform OpenCL -precision single
Toto nastavení používá OpenCL platformu na zařízení 0 (indexovaný nulou) a single precision mód.
nVidia karty mohou použít platformu OpenCL i CUDA. ATI/AMD karty jen OpenCL

Požadavky
OpenCL: Windows (testováno na Win7), poslední nVidia/ATI/AMD ovladače
CUDA: Microsoft odmítl MSVS 2008 Express, platforma CUDA není nadále podporována do doby vydání JIT Compileru nVidií.

Dosavadní výsledky

Kód: Vybrat vše

System 1: DHFR, Single Precision
OpenCL
HD7970: (Explicit 18.1 ns/day | Implicit 101.3 ns/day)
Tesla K20: (Explicit 18.1 ns/day | Implicit  84.5 ns/day)
GTX 660Ti: (Explicit 16.1 ns/day | Implicit  77.0 ns/day)
HD4000: (Explicit  3.2 ns/day | Implicit  18.0 ns/day)
i7-3770K: (Explicit  3.1 ns/day | Implicit   3.4 ns/day)
Vývojáři
Je velmi snadné otestovat vaši vlastní modifikaci zdrojového kódu. GPI kód v OpenMM je pod licencí LGPL, tedy musíte být schopni zpřístupnit OpenMM vývojářům změny zdrojového kódu na vyžádání.

1. Stáhnout poslední OpenMM z svn repo:

Kód: Vybrat vše

svn checkout
https://simtk.org/svn/openmm 
2. Sestavit projekty OpenMM OpenMMSerialization OpenMMCUDA OpenMMOpenCL využívající CMake a VS2008
3. Nahradit .dlls v FAHBench složce vašimi vlastními

1. Download the latest OpenMM from the svn repo: svn checkout https://simtk.org/svn/openmm
2. Build the projects OpenMM OpenMMSerialization OpenMMCUDA OpenMMOpenCL using CMake and VS2008
3. Replace the .dlls in the FAHBench folder with your own

Není doporučeno přímo využívat FAHBench pro zajištění přesnosti. OpenMM má vlastní nástroje na zjištění problémů.

:arrow: 5.3.2013

Na Youtube spuštěn kanál OpenMM

Pokud se chcete o této pro Folding klíčové technologii dozvědět více, zavítejte na Youtube kanál

:arrow: 27.2.2013

Nalezena a opravena chyba ve skriptu na stránce s celkovými statistikami, díky které byl výpočet výkonu Foldingu zkreslený. Výkon je teď 12PFLOPS :!:

:arrow: 18.2.2013

Spuštěna nová verze webových stránek Folding@Home

:arrow: x.1.2013

Update linků starého GPU klienta
Obrázek

Odpovědět

Zpět na „Folding@Home“