17.1.2010
Nové výsledky projektu Folding: simulace v milisekundovém časovém úseku
Simulaci skládání bílkoviny v milisekundovém časovém rozmezí bylo velkou výzvou po mnoho let. Když jsme začali s Foldingem, naším prvním cílem bylo prolomit bariéry mikrosekund. Tato překážka je 1000x krát tvrdší a představuje významný krok vpřed v molekulární simulaci.
Konkrétně, v nedávném
dokumentu, výzkumníci Foldingu Vincent Voelz, Greg Bowman, Kyle Beauchamp a Vijay Pande porušili tuto překážku. Ukázka níže je jednou z trajektorií, kterou složila (tj. začala rozložená a skončila ve složeném stavu). Od simulací jako jsou tyto, jsme našli nová překvapení.
Proč je to důležité? Je to důležité, protože u bílkovin dochází k dlouhým lhůtám a první simulace na milisekundu pro skládání bílkoviny znamená, že jsme prokázali náš nový cíl, Markov Model (SOM) technologií lze úspěšně simulovat velmi dlouhé lhůty. Má smysl jít po skládání bílkoviny prioritně, protože je tam velké množství experimentálních dat pro testování našich simulací.
I když tento výsledek v skládání bílkovin je nový, jsme již touto technologií studovali protein u Alzheimerovy nemoci. Tato nová metoda nám dává naději posunout naše simulace Alzheimerovy choroby kupředu.
14.1.2010
Důležité aktualizace mého příspěvku o OpenCL
Jen aktualizace mého blogu. Chci, aby bylo jasné, že vidíme problémy v obou našich ATI a nVidia GPU OpenCL implementacích pro OpenMM. Možná jsou na naší straně, ale máme podezření, že by to mohlo dělat problémy s nVidia i ATI OpenCL implementace (možná i s Apple). Úzce s každým spolupracujeme na opravení chyb.
V neposlední řadě je důležité si uvědomit, že naše Brook kód pro ATI je stále podporován, ale nerozvíjí tak aktivně FAH. OpenMM se soustředí na přesun do OpenCL.
13.1.2010
Některé další podrobnosti o GPU3 jádru, pokud jde o OpenCL
Zde jsou některé další podrobnosti o třetí generaci jádra GPU. Jak jsem již uvedl dříve, je postaveno na OpenMM, které přináší vědě víc a nám umožňuje snadnější aktualizace. OpenMM podporuje OpenCL v beta podobě, ve své verzi 1.0 plánované na konec ledna 2010, ale je důležité zdůraznit, že na podpora OpenCL je velmi brzy a tak se nebudeme spoléhat na OpenCL v prvním verzi jádra GPU3.
To znamená, že zpočátku bude jádro jen pro NVIDIA. ATI oslabuje Brook, a nemá plně funkční OpenCL provedení, takže jsme se zasekli a čekáme na podporou ATI. Jakmile bude provedení OpenCL prozrálé (u ATI i NVIDIA), budeme moci dokončit a optimalizovat OpenCL kód.
Takže pokud máte zájem o OpenCL (zejména pokud jde o podporu ATI), nebude to v původní verzi, ale jakmile prostředí vyzraje, budeme to tlačit kupředu. Mimochodem, až dozraje OpenCL podpora pro multi-core systémy, budeme se také ohlížet po GPU3 kódu jako po novém stylu pro SMP2 jádro. Je-li výkon velký, je zajímavé přemýšlet o tom, že se bude jeden dominantní kód pro mnoho výpočtů FAH.
2.1.2010
Automatický upgrade na jádro GPU2 plánován na pondělí 4.1.2010
Od nového roku se plánuje automatický upgrade jádra pro GPU 11. To přinese verzi GPU jádra 1.31, která má mnoho vylepšení. Zejména je toto jádro je velmi užitečné s novými P10101 WUs. Pokud chcete aktualizovat dříve, můžete kdykoli smazat vaše GPU jádro <soubor s názvem FahCore_*.exe> (nebo možná bezpečnější varianta - přejmenovat soubor, pak ho můžete obnovit).
Je také vhodné zmínit, že jsme udělali velký pokrok s GPU3 jádrem. Beta fáze by měla být dokončena na počátku roku 2010.
29.12.2009
Optimalizace statistik pro internetové stránky
V rámci přípravy přechodu na nové databáze statistik, jsme dělali profilování, abychom viděli, kde můžeme získat co největší zrychlení. Našli jsme několik položek, u kterých pracujeme na zrychlení. Zlepšení hardwaru by bylo největší výhodou, ale nyní je ten správný čas pro pokus systém statistik zeštíhlit a zefektivnit, protože profilování poté bude těžší.
Všimli jsme si, že existuje mnoho webových klientů, kteří stahují naše statistiky. Někteří dělají i 10.000 přístupů za den a mnoho dělá 1000. Tyto IP adresy budou zakázány, takže prosím vypněte všechny skripty které vytvářejí automatický přístup. "Normální" přístup do našich statistik počítá s maximálně 50-ti přístupy za den.
Máte-li zájem získat přístup do našeho systému statistik, podívejte se na FAQ v
tomto tématu.
UPDATE:
Vypnuli jsme některé weby statistik, které se zabývají dotazy týkající se počtu procesorů.
Tato změna je dočasná, příčina je jasná: naše databáze položek, jako jsou specifické procesory, je příliš velká, vzhledem k milionům procesorů, které se podílely na FAH. To už nebude problém pro nové servery, takže tyto funkce zapneme, až budou nové servery zapojeny. Pro tuto chvíli nám velmi pomůže vypnutí části statistik.
jednotek do té doby, než mu přijde ta, co má největší kreditové ohodnocení. To znamená, že na serveru ubývají WUs, protože až po přijetí spočítané WU se generuje nová. Díky deadline pracovních jednotek pro klasické WU jsou prodlevy generování jednotek velmi dlouhé (po prodlení deadline času se vygeneruje nová jednotka), server tedy čeká zda jednotka nepřijde, nemůže nijak poznat že ji uživatel smazal na svém PC.
)
) s cílem provést zlepšení sítě, tak jako jsme to udělali i v loňském roce. Ve většině případů by změny neměli mít vliv na konektivitu oddělení nebo domácích sítí. Pokud by k jakémukoli přerušení došlo, bude kratší než 5 minut.
