Výsledky projektu

Fórum o projektu

Moderátoři: petnek, nenym, Zelvuska

Odpovědět
Zpráva
Autor
Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17858
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Výsledky projektu

#1 Příspěvek od forest » pon 24 pro, 2007 10:19

Projekt jako dárek všem počtářům, vydal dnes kratičkou zprávu s výsledky z projektu:
http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17858
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Výsledky projektu

#2 Příspěvek od forest » stř 03 zář, 2008 10:41

Další zmínka o výsledcích projektu je zde na jejich fóru:
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=275
Přiznám se že se v tom moc nevyznám, takže se o překlad ani nepokouším 33aaa

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17858
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Výsledky projektu

#3 Příspěvek od forest » pát 12 pro, 2008 09:11

Další výsledky, tentokrát ze série CASP8 naleznete zde http://predictioncenter.org/casp8/results.cgi

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Výsledky projektu

#4 Příspěvek od petnek » sob 03 led, 2009 21:44

Nejdříve nějaké to vysvětlení pro aspoň nějaké pochopení výsledků:

Na následující článek se odkazoval správce projektu Timo Strunk, měli by tam být vysvětleny dvě metody výpočtů. Ačkoli jsem to přeložil celé, nic moc vysvětlujícího jsem tam nenašel.
Nejpodstatnější část článku pro vysvětlení metod POEM a POEMQA vydaného 8.června.2008(překlad):

Během našeho současného zapojení v CASP sledujeme dvě strategie projevující se ve dvou skupinách: POEM a POEMQA
Zatímco POEM skupina je hodnocení obou metod pro vytváření struktur a schopnost vybrat tu nejlepší strukturu z celé škály struktur, POEMQA skupina hodnotí především poslední bod: Je možné rozlišit nejlepší z řad náhodných struktur?
Již jsme získali mnoho nových nápadů, jak je lépe přizpůsobit POEM@Home pro predikci struktur, které budeme hledat v následujících měsících.

Ještě jsem pochytil, že metoda POEM se používá pro jednodušší struktury bílkovin a metoda POEMQA pro složitější. Některé náročné struktury jsou ale i přesto počítány metodou POEM. Tabulka která je na stránkách zdroje je přehledem jednotek které se počítaly dobou napsání článku, nyní již ony jednotky nejsou k dispozici. Bohužel se mi zatím nepodařilo najít seznam aktuálních WU, nebo alespoň jejich hlavních čísel.
Zdroj: http://www.timo-strunk.de/?page_id=12

TM-Score: jednotka dokonalosti. 0 = celkové selhání, 1= dokonalost. Pokud je TM-Score vyšší než 0,16 je výsledek považován za „nenáhodný“ vzhledem k experimentální nejistotě, TM-Score 0,9 se v praxi téměř nikdy nedosáhne a mohou být považovány za dokonalý výsledek. Tuto jednotku budete potřebovat pokud půjdete na zdroj překladu fora a rozkliknete si v prvním příspěvku ony 3 odkazy.

Překlad fóra „Předběžné výsledky CASP8“ – výtah důležitých informací:

Červen 2008: Podle počáteční analýzy metod POEMQA a POEM jsou výsledky vynikající. Správce projektu Timo Strunk děkuje za obrovskou podporu díky které je tohle možné.

Prosinec 2008:
Timo Strunk je celkem hrdý na T0423 (http://predictioncenter.org/casp8/resul ... groups_id=). Po podívání se na všechny předložené modely struktur cíle T0423 jsme z nich vyšli jako první (poznámka autora: je více metod než jen POEM, nebo POEMQA. Projekt POEM@Home však počítá jen pomocí POEM a POEMQA. Přikládám i link, ale tam se opravdu vůbec nevyznám, takže nezjistím jak jsme toho dosáhli :-D).
POEMQA upřesňuje vstupní struktury, to znamená, že způsob POEM@Home zpřesňuje již vypracované výsledky jiných metod. Struktura metody POEMQA je na tom lépe než kterýkoli jiný model.
Dalším zajímavým cílem je T0401(http://predictioncenter.org/casp8/resul ... groups_id=). POEMQA podal špatný model (GDT-TS 27/100) a dobrý model (GDT-TS 65/100). V tomto případě podal ale špatný model lepší výsledek než model správný. Timo Strunk usuzuje, že se tak mohlo stát díky tomu, že T0401 se přirozeně vyskytuje jako dimer, tedy dvě stejné bílkoviny přilehlé k sobě navzájem. Byla však aplikována simulace monomeru (jedné bílkoviny), protože v tu dobu ještě nebylo známo, že se vyskytuje jako dimer.
Timo Strunk dále hodnotí celou účast POEM a POEMQA jako úspěšnou. S POEMQA byli výsledky lepší než s POEM, protože většinu času měl POEMQA přístup ke škále struktur, které již byli blíže nativní.
Zdroj: http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=275

Osobně bych to shrnul tak, že projekt POEM@Home je nástrojem pro zpřesnění výsledku již vypočítaných bílkovin. K tomu používá metody POEM a POEMQA, kterými počítáme WU.

Honza
63.1578947368 %
63.1578947368 %
Příspěvky: 2526
Registrován: pát 03 lis, 2006 10:46

Re: Výsledky projektu

#5 Příspěvek od Honza » sob 03 led, 2009 22:48

WF-FS-E51 píše:Osobně bych to shrnul tak, že projekt POEM@Home je nástrojem pro zpřesnění výsledku již vypočítaných bílkovin. K tomu používá metody POEM a POEMQA, kterými počítáme WU.
Ono by to možná platilo třeba z pohledu Rosetty - že dojde ke zpřesnění již počítaných bílkovin.
Při pohledu na výsledky T0423 mi nepřijde, že by rozdíly byly výrazné - ani na prvních, ani na posledních místech. Přiznávám ale, že se v tom moc nevyznám.
Opravdu není snadné se v informacích na projektu (a tudíž i tomuto překladu) vyznat. Pokud se to točí kolem CASPu, texty jsou většinou cílené pro lidi, kteří se v problematice vyznají. S POEM je problém, že informací není příliš. Navíc je mi podivné, že stále jedou na dost staré verzi app 0.09. To na mě nepůsobí dobrým dojmem - poskromnu informací, nepříliš jasný vývoj a směřování...

Zkoušel jsem se chvilku na POEM podívat z jiné strany. Srovnávací metodou a odněkud, kde je informovanost dobrá a navíc podaná i pro lidi ne z oboru.
Rosetta vs POEM. David Baker se hned v dalším příspěvku ohrazuje proti podaným informacím.

Zkusil bych při snaze o pochopení a vymezení POEMu podívat na diskusi na jiných projektech (Rosetta, SIMAP, Folding).
Třeba to pomůže lépe zmapovat prostředí a objasnit, v čem je POEM specifický nebo snad vyjímečný. Aby z toho nakonec nebyl další Predictor.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Výsledky projektu

#6 Příspěvek od petnek » sob 03 led, 2009 23:44

Ty se v těch výsledcích aspoň trochu vyznáš?
Chtěl jsem najít nějaké praktické výzkumy, čemu už pomohla, nebo co konkrétně projekt vyzkoumal. Když jsem to překládal, byl jsem překvapen... Zítra se podívám na forum projektu podrobněji, snad se ještě něco dozvím... Pak se možná podívám na jiné projekty stejného zaměření

Honza
63.1578947368 %
63.1578947368 %
Příspěvky: 2526
Registrován: pát 03 lis, 2006 10:46

Re: Výsledky projektu

#7 Příspěvek od Honza » ned 04 led, 2009 09:55

WF-FS-E51 píše:Ty se v těch výsledcích aspoň trochu vyznáš?
Chtěl jsem najít nějaké praktické výzkumy, čemu už pomohla, nebo co konkrétně projekt vyzkoumal. Když jsem to překládal, byl jsem překvapen... Zítra se podívám na forum projektu podrobněji, snad se ještě něco dozvím... Pak se možná podívám na jiné projekty stejného zaměření

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Výsledky projektu

#8 Příspěvek od petnek » ned 04 led, 2009 15:16

POEM (Protein Optimization with free Energy Methods), tedy optimalizace proteinů metodou volné energie. POEM je strategie pro „in-silico“ reprodukování, předpovídání skládání bílkovin a předpovídání terciální struktury bílkovin na základě termodynamické hypotézy. O té jsem se zmiňoval už v předchozím příspěvku. Od roku 1999 projekt vyvinul „all-atom biophysical forcefields“ (tedy asi všechnoatomární biofyzikální silové pole) (PFF01, PFF02) a efektivní Stochasistické metody pro:

- Skládání proteinů
- Předpovídání struktury bílkovin
- Interakce proteinu s proteinem
- Bílkoviny v nefyzikálním prostředí

Stochasistické optimalizační metody:

Stochasistické optimalizační metody jsou v současnosti používány v mnoha aplikacích, od obvodů na křemíkové oplatce, až po letové řády leteckých společností. V těchto a mnoha dalších aplikacích je cílem minimalizovat náklady dané na funkci, která závisí na velkém počtu diskrétních, nebo kontinuálních proměnných BOW01, WS99. Analogicky k fyzikálním problémům, nákladová funkce popisuje energii plochy (PES) v parametru prostoru a jeho globální minimm optimalizuje kýženého cíle. Stachastické optimalizační metody se používající se při enumerativní metodě jsou příliš nákladné. To je obecné v případě mnoho dimenzionálních optimalizačních problémech, kde celkový počet možných konfigurací roste exponenciálně s počtem proměnných.

Stochastické optimalizační metody postupně zlepšují jeden, nebo několik konfigurací základního modelu s cílem získat aproxima na globální optimum z PES. Optimalizace procesu, tedy mapy na fiktivní dynamický proces s jedním nebo několika konfiguracemi, které se pohybují v konfiguračním poli. Tento proces se zastaví, jestliže buď určité předem definované množství výpočetních zdrojů bylo dosaženo, nebo když je dynamický proces ukončí ve stabilní konfiguraci. V každém případě neexistuje žádná záruka, že stochastický proces zjistil, že celkové optimum je z PES. Vskutku, s ohledem na stochastický charakter procesu nelze zaručit nalezení celkového optima. Při absenci dokonalosti je důležité rozlišovat dva možné cíle ve stochastické optimalizaci. Například v obvodu kvalita výsledného řešení je pouze měření jejího energetického rozdílu v celkovém optimu, rozdíl od konfigurace získané globálním optimem je zcela irelevantní. V jiných případech, jako je například předpovídání proteinové struktury, nebo drog je objevení rozdílu rozhodující. Nechceme optimalizovat energii skládání, ale je možné vyvodit užitečné informace ze třídimenzionální struktury získané níže ležícím metastabilním stavem, který má velké RMSD na správnou míru, nemusí ale obsahovat žádné užitečné informace.

Vzhledem k tomu, že skládání proteinů je mezi nejnáročnějšími výpočetními problémy dneška, použití co možná nejvíce výkonných počítačových architektur je žádoucí pro usnadnění jejich řešení. V dohledné budoucnosti, se budou skládat uzly s distribuovanou pamětí. V BlueGene architektuře IBM nebo distribuovaných GRID zdrojů, které jsou používány projektem Folding@Home.

Pomoci POEM@Home se podařilo identifikovat gen zopdpovědný za pozdní vývojovou poruchu plodu v matce (lidí). Je to 1/10000 porodů, ale i tak jsou tvůrci POEM@Home na výsledek hrdí a budou dále rozvíjet analytické nástroje pro skutečnou pomoc lidem.

Další praktické výsledky najdete na http://iwrwww1.fzk.de/biostruct/Protein ... ojects.htm

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17858
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Výsledky projektu

#9 Příspěvek od forest » stř 28 led, 2009 09:46

Na webu je nově umístěno pořadí nejlepších nalezených energetických struktur k danému dni, které se každý den bude aktualizovat: http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=projectpage

Uživatelský avatar
vkliber
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 9933
Registrován: čtv 29 bře, 2007 10:41
ID CNT statistics: 1
Bydliště: Brušperk, 48 let
Kontaktovat uživatele:

Re: Výsledky projektu

#10 Příspěvek od vkliber » stř 28 led, 2009 10:02

Zatím v té tabulce od nás figuruje pouze KPX 33iii .
Statistiky CNT | Projekty CNT | Distribuované výpočty CNT | SETI CNT | Einstein CNT
.....::::: Proč se mít nejlépe, když se můžu mít čím dál tím stejně :::::.....
Moje skromná statistika tady , tady , tady nebo grafy.
˙ıɔıqɐɹʞ ʌ ǝןɐ 'ıןʇʎd ʌ ǝɔıɾɐz ǝʇɾndnʞǝu ʎpʞıu ˙˙˙

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Výsledky projektu

#11 Příspěvek od petnek » pon 23 úno, 2009 23:56

Velmi příjemná a zajímavá změna webu, hned na něj chodím radši. V peptidu 387 je nás z CNT víc :smt023 , jen tak dál :smt038
Obrázek
ObrázekObrázekObrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17858
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Výsledky projektu

#12 Příspěvek od forest » pon 18 kvě, 2009 09:40

Myslím že velice rozsáhle podané výsledky projektu vycházejí průběžně na jejich webu: http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=projectpage
Podle amatérského pročtení, se jedná o nejrozsáhlejší reporty pro nás běžné počtáře, na které jsem u biologických DC projektů dosud narazil.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Výsledky projektu

#13 Příspěvek od petnek » úte 19 kvě, 2009 10:48

Inu tedy, zde je překlad 45cc :

Studujeme systém III. typu vylučování (T3SS) bakterií. Tento systém je zásadním faktorem virulence druhu, jako jsou:

:arrow: Druh Shigella, které kontaminují potraviny a způsobují bakteriální úplavice, neboli těžké průjmové onemocnění. Odhaduje se více než 165 milionů případů ročně, což vedlo k více než 1 milion úmrtí.
:arrow: E. coli - způsobuje otravu jídel a průjem. Jeden druh E. coli infikuje 200milionů lidí ročně, což má za následek 380 000 mrtvých, hlavně v rozvojových zemích.
:arrow: Druh Salmonella - způsobuje nemoci, jako je tyfus a paratyfová horečka.
:arrow: Yersinia pestis - příčina moru, včetně černé smrti, která vyústila v úmrtí 30% evropské populace v 13. století.
:arrow: Druhy Chlamydia, které jsou odpovědné za závažné sexuálně přenosné choroby, jakož i hlavní příčinou slepoty infekční globálně.

T3SS se skládá z injekční stříkačky podobné molekulárnímu stroji, který vstřikuje specifickou bílkovinu (tzv. efektor) do buňky hostitelského organismu aby podpořil virulenci. Například při využívání Salmonelly k T3SS vstříkneme aktin-přeskupující efektory do epiteliálních buněk, které mění strukturu membrány buněk a umožňují Salmonelle vstup do buněk.

Náš zvláštní zájem je o T3SS vylučovací signál - strukturální námět, že mechanismus T3SS využívá k rozpoznání a posílení efektorové proteiny pro vylučování. Máme zájem o tyto interakce, protože se jedná o klíčovou událost v procesu infekce a protože narušení této interakce by hypoteticky mohlo zničit schopnost invaze bakterie do hostitelských buněk. Charakter vylučovacího signálu není znám. Není moc známo ani o trojrozměrném složení T3SS signálu, v literatuře jsou protichůdné teorie. Pochopení vylučovacího signálu bude představovat významný pokrok ve studiu bakteriální patogeneze a jak bylo uvedeno výše, mohlo by otevřít cestu k novým typům antibiotik. Skládáním navrhovaných cílových peptidů a jiných bezkontaktních peptidů formou testů, chceme získat strukturální vhled do mechanismu podporujícího vylučování.

Bakterie, které používají III. typ vylučovacího systému pro infekci mohou způsobit závažné onemocnění stovkám milionů lidí ročně a vést ke značným ztrátám na životech. Většina těchto případů jsou děti v rozvojových zemích. Jedinci s oslabeným imunitním systémem, například vlivem AIDS. Pacienti jsou také přímo ohroženi těmito nemocemi. Alarmující nárůst antibiotické rezistence bakterií vytváří naléhavou situaci, která vyžaduje nové metody pro boj s těmito bakteriemi. Světová zdravotnická organizace označila průjmová onemocnění, jako velkou výzvu globálního zdraví a bude požadovat okamžitý vývoji nových intervenčních strategií. Výsledky projektu POEM@HOME mohou odhalit nové horizonty pro rozvoj antibiotik.
Obrázek
ObrázekObrázekObrázek

Odpovědět

Zpět na „POEM@Home“