Ostatní diskuse týkající se projektu

Fórum o projektu

Moderátoři: petnek, Zelvuska, nenym

Zpráva
Autor
Uživatelský avatar
vkliber
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 9683
Registrován: čtv 29 bře, 2007 09:41
ID CNT statistics: 1
Bydliště: Brušperk, 48 let
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#21 Příspěvek od vkliber » pát 06 lis, 2009 21:53

Zkoušel jsi restartovat projekt, nebo odpojit a připojit?
Statistiky CNT | Projekty CNT | Distribuované výpočty CNT | SETI CNT | Einstein CNT
.....::::: Proč se mít nejlépe, když se můžu mít čím dál tím stejně :::::.....
Moje skromná statistika tady , tady , tady nebo grafy.
˙ıɔıqɐɹʞ ʌ ǝןɐ 'ıןʇʎd ʌ ǝɔıɾɐz ǝʇɾndnʞǝu ʎpʞıu ˙˙˙

Uživatelský avatar
Meharts
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 678
Registrován: úte 04 bře, 2008 10:09
ID CNT statistics: 2
Bydliště: Castle in the city Brušperk 37 let

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#22 Příspěvek od Meharts » pát 06 lis, 2009 22:12

To Nenyn nejsem si jistý zda jsem náhodou neinstaloval ze synapticu programy unrar (na ten není licence třeba) a poté zda jsem neinstaloval 7zip aplikaci poněvadž defaultní fileroller na archívy občas něco nezvládne.

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#23 Příspěvek od nenym » pát 06 lis, 2009 23:01

2 vkliber: to bylo první, co jsem udělal: detach, restart systému, re-attach (tedy druhé, začal jsem standardně resetem projektu)
2 Meharts: 7za jsem si z repozitů dostřelil, ještě zkusím zbytek, díky
EDIT:
nepomohlo (instaloval jsem free-unrar)
Není nutné někde nějak upravit asociace?
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#24 Příspěvek od nenym » úte 10 lis, 2009 13:44

Po upgradu na 9.10 se práce rozběhla, bohužel zase není nová.
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#25 Příspěvek od nenym » pát 13 lis, 2009 16:40

Nová 5.11 běží i na Ubuntu 9.04, nutný detach/re-attach. Škoda jen, že je to na chvíli, začíná PG.
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17005
Registrován: pát 27 říj, 2006 09:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#26 Příspěvek od forest » pát 13 lis, 2009 20:44

Stáhlo se mně pár jednotek už odpoledne, všechny hned krachly. Nyní jsem to jen zkusil s tím odhlášením a novým přihlášením a opět hned na začátku chyba ve výpočtu. Tedy na 64-bit Linuxu.

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#27 Příspěvek od nenym » pát 13 lis, 2009 21:05

Ukvapil jsem se v jásání. Jede mi to jenom na jednom počítači (AMD RM-70), ostatní 64bit Linuxy to neberou...
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17005
Registrován: pát 27 říj, 2006 09:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#28 Příspěvek od forest » pát 13 lis, 2009 21:41

Na druhém domácím PC to bohužel nevyzkouším. Mám tam kvůli domácí multifunkční tiskárně 32-bit Ubuntu (na 64-bit neexistují ovladače), ale jen 16GB SSD disk a projekt po mně chce na svůj provoz 2GB místa na HDD, jinak nic nestáhne. To mu bohužel nyní uvolnit nemůžu.

Uživatelský avatar
vkliber
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 9683
Registrován: čtv 29 bře, 2007 09:41
ID CNT statistics: 1
Bydliště: Brušperk, 48 let
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#29 Příspěvek od vkliber » stř 18 lis, 2009 12:34

Týden stará záležitost, která mi unikla :

Projekt otevřel vytváření nových účtů a připravuje se na přechod z Alfa do Beta. Originální zpráva zde.
Tak kdo se chce připojit a podpořit náš tým i na tomto projektu tak máte možnost ;-) .
Statistiky CNT | Projekty CNT | Distribuované výpočty CNT | SETI CNT | Einstein CNT
.....::::: Proč se mít nejlépe, když se můžu mít čím dál tím stejně :::::.....
Moje skromná statistika tady , tady , tady nebo grafy.
˙ıɔıqɐɹʞ ʌ ǝןɐ 'ıןʇʎd ʌ ǝɔıɾɐz ǝʇɾndnʞǝu ʎpʞıu ˙˙˙

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#30 Příspěvek od nenym » stř 18 lis, 2009 13:05

Domnívám se, že je to ze strany projektu silně předčasný krok. Jednotky jsou pořád horší než malé děti, vyžadují neustálý dohled a podpora platforem je velmi diskutabilní. Výnosově je to typická kreditová katastrofa (benchmark klienta, validace tří jednotek, přiděluje se prostřední požadovaný). Win aplikace navíc mají velký rozdíl mezi wall clock time a CPU time, domnívám se, že je to dáno efektivnějším chodem archivačních programů v Linuxu. U krátkých (5 až 20 minut CPU time) jednotek je tento poměr na Winech 1,6 na Linuxu 1,1.
Přestože v Linuxu je benchmark (netuším proč) na stejném stroji horší, než na Winech, tak je v současné době výhodnější aplikaci počítat na Linuxu, protože je velká převaha Win strojů. Většinou se validují dvě Win jednotky proti jedné Linux (pokud vůbec ta jednotka se do Linuxu dostala) a Linux na tom slušně vydělává - i tak je to bída a utrpení. Navíc na 64bit Linuxu to jede jenom na některých strojích a distribucích, zatím nikdo nevypátral, kde je ten pes baskervilský zakopán. Domněnka je, že je to špatný statický odkaz na jakousi knihovnu (libgcc_s.so.1, blíže zde a navazující linky), který se musí korektně udělat při tvorbě tasků. Mně to jede na všech Winech s výjimkou Xeonu s Win32 (Xeony s Win 64 fungují), na 32bit Linuxu na ATOMu a 64bit Linuxu na AMD RM-70. Xeony i C2D s 64bit Ubuntu (9.04 i 9.10) se vzpírají. Mehartsovi projekt na 64bit Linuxu fičí bez problémů.
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#31 Příspěvek od nenym » pát 20 lis, 2009 04:44

Po instalaci package ia32-libs se DD@H u mě rozjel na všech 64bit Ubuntu. Velké díky Erkan Yamazovi, jehož příspěvek mě navedl na tu správnou cestu.
Samozřejmě měl pravdu tomas
tomas píše:Pokud je to 32 bit binárka, tak potřebuje mít v 64 bit systému doinstalovány 32 bit knihovny a zapnutu podporu spouštění 32 bit programů. Jinak nebude fungovat.
ale já Linux BFU & newbie & noob netušil, co mám hledat a instalovat :oops:.
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
vkliber
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 9683
Registrován: čtv 29 bře, 2007 09:41
ID CNT statistics: 1
Bydliště: Brušperk, 48 let
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#32 Příspěvek od vkliber » sob 20 bře, 2010 11:43

Mám drobný problém :
Na jednom PC mi funguje odesílání a přijímání práce

Kód: Vybrat vše

20.3.10 11:28:38	DrugDiscovery	Sending scheduler request: To fetch work.
20.3.10 11:28:38	DrugDiscovery	Requesting new tasks for CPU
20.3.10 11:28:43	DrugDiscovery	Scheduler request completed: got 7 new tasks
Na ostatních mi to nefunguje

Kód: Vybrat vše

20.3.10 11:20:25	DrugDiscovery	Fetching scheduler list
20.3.10 11:20:30	DrugDiscovery	Master file download succeeded
20.3.10 11:20:35	DrugDiscovery	Sending scheduler request: To fetch work.
20.3.10 11:20:35	DrugDiscovery	Reporting 1 completed tasks, requesting new tasks
20.3.10 11:20:40	DrugDiscovery	Scheduler request failed: HTTP file not found
Některé z počítačů jsou na stejné síti jako ten na kterém mi to funguje. Stránky projektu fungují, podle Server Status jsou všechny služby spuštěné a práce je dostatek.
Projekt jsem připojoval už dávno na všech PC, adresu projektu jsem zkontroloval a je v pořádku.

Máte někdo podobnou zkušenost?

Zřejmě by pomohl Reset projektu, nebo Odpojit a Připojit, ale je mi líto 4 denní práce :smt022 .
Statistiky CNT | Projekty CNT | Distribuované výpočty CNT | SETI CNT | Einstein CNT
.....::::: Proč se mít nejlépe, když se můžu mít čím dál tím stejně :::::.....
Moje skromná statistika tady , tady , tady nebo grafy.
˙ıɔıqɐɹʞ ʌ ǝןɐ 'ıןʇʎd ʌ ǝɔıɾɐz ǝʇɾndnʞǝu ʎpʞıu ˙˙˙

Uživatelský avatar
vkliber
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 9683
Registrován: čtv 29 bře, 2007 09:41
ID CNT statistics: 1
Bydliště: Brušperk, 48 let
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#33 Příspěvek od vkliber » sob 20 bře, 2010 23:01

Tak nejsem v tom sám, je to už reportované na fóru projektu.
Statistiky CNT | Projekty CNT | Distribuované výpočty CNT | SETI CNT | Einstein CNT
.....::::: Proč se mít nejlépe, když se můžu mít čím dál tím stejně :::::.....
Moje skromná statistika tady , tady , tady nebo grafy.
˙ıɔıqɐɹʞ ʌ ǝןɐ 'ıןʇʎd ʌ ǝɔıɾɐz ǝʇɾndnʞǝu ʎpʞıu ˙˙˙

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#34 Příspěvek od nenym » pát 10 zář, 2010 19:32

Drobné rady pro ty, kteří chtějí podpořit tým na tomto projektu na Linuxu
Aplikace mdrun nemá checkpointy a na stroji C2D 2,13 GHz se počítá okolo 3 hodin. Nenechte se zmást rychlým náběhem progress baru, v současné době se začíná počítat až od 93%. Těsně před koncem je falešný checkpoint, ve kterém core může přepnout do jiné úlohy, když se však výpočet vrátí na task DD, tento skončí chybou a 3 hodiny práce jsou v háji. Takže nastavit Switch between applications every na 4 hodiny, aby se task bezpečně dokončil. Podle prvního tasku lze pak přestavit na rozumnější hodnotu, ale nejméně o 10 % vyšší než byla doba výpočtu, délka úloh je přibližně stejná plus mínus 5%.
Naopak suspend a resume úlohy v běhu mimo úplný konec (tj. pod 98 %) nekončí výbuchem jednotky, dokonce se nepočítá znovu, naváže se předešlou práci s minimální režií. Ale stejně nedoporučuji chroustat DD současně s projekty, které vyvolávají panic mode (jednotky s krátkou deadline - Open Rendering, eOn, Mopac, Hydrogen a podobné úlety).
Na Winech podobné nectnosti projekt nemá, ale úloha trvá déle (asi o 10 až 15 %) a pokud validujete proti Linuxu, tak přijdete o kredit. Naštěstí je Linuxů minimum, takže z toho těží - přiděluje se prostřední požadovaný a téměř vždy se validují dva Win tasky proti jednomu Linux tasku.
Aplikace autodock with mgltools scripts žádné výraznější mouchy nemá, na Linuxu je asi 3x rychlejší, než na Winech a tím pádem je z toho velmi výnosná záležitost, dost často i dvoj až trojnásobek claimed. Bohužel jsem ji už asi 2 měsíce nepotkal, samý mdrun.
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Výpadky a plánované odstávky

#35 Příspěvek od nenym » pon 08 lis, 2010 08:26

Objevila se hromada nové práce na aplikaci autodock with mgltools scripts, která je na Linuxu cca 2x rychlejší, než na Windowsech. Při kreditním systému "prostřední ze tří požadovaných" a převaze Windowsů je výhoda Linuxu jasná - přidělený kredit je téměř vždy vyšší, než požadovaný.
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
vkliber
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 9683
Registrován: čtv 29 bře, 2007 09:41
ID CNT statistics: 1
Bydliště: Brušperk, 48 let
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#36 Příspěvek od vkliber » pon 08 lis, 2010 08:33

Včera jsem si s tím hrál a jsem poněkud rozpačitý :roll: .

Message from server: autodock with mgltools scripts is not available for your type of computer.

Je to tento počítač na Linuxu :smt102 .
Statistiky CNT | Projekty CNT | Distribuované výpočty CNT | SETI CNT | Einstein CNT
.....::::: Proč se mít nejlépe, když se můžu mít čím dál tím stejně :::::.....
Moje skromná statistika tady , tady , tady nebo grafy.
˙ıɔıqɐɹʞ ʌ ǝןɐ 'ıןʇʎd ʌ ǝɔıɾɐz ǝʇɾndnʞǝu ʎpʞıu ˙˙˙

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#37 Příspěvek od nenym » pon 08 lis, 2010 08:41

To je 64bit systém s podporou 32bit knihoven? Mně to psalo kdysi, když jsem na 64bit Ubuntu neměl balíček ia32-libs. Mám dojem, že také potřebuje python 3.1 nebo aspoň 3.0, ale to už si přesně nepamatuji.
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
vkliber
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 9683
Registrován: čtv 29 bře, 2007 09:41
ID CNT statistics: 1
Bydliště: Brušperk, 48 let
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#38 Příspěvek od vkliber » pon 08 lis, 2010 09:10

No ono to je trošku složitější, je to 64-bit linux (jádro Red Hat), ale předělali to chlapíci z Oracle a nese to označení Oracle Linux

Kód: Vybrat vše

$ cat /proc/version
Linux version 2.6.18-164.el5 (mockbuild@ca-build10.us.oracle.com) (gcc version 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-46)) #1 SMP Thu Sep 3 04:15:13 EDT 2009
Už jenom zprovoznit na tom BOINC byl porod, nakonec tam mám slinkovanou verzi 6.4.5 (bez GUI)
A kupodivu alespoň polovina projektů na tom jede 45hh .
Než jsi postnul svůj příspěvek o aplikaci autodock with mgltools scripts tak jsem si myslel, že mi to nejede protože je jen pro WIN.
Ještě se na to kouknu.
Statistiky CNT | Projekty CNT | Distribuované výpočty CNT | SETI CNT | Einstein CNT
.....::::: Proč se mít nejlépe, když se můžu mít čím dál tím stejně :::::.....
Moje skromná statistika tady , tady , tady nebo grafy.
˙ıɔıqɐɹʞ ʌ ǝןɐ 'ıןʇʎd ʌ ǝɔıɾɐz ǝʇɾndnʞǝu ʎpʞıu ˙˙˙

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#39 Příspěvek od nenym » pon 08 lis, 2010 15:02

Projekt je opět bez práce. S takovou se na 8. místo ve FB nepropracujeme. :smt102
Chytl jsem též jeden CUDA task na winech, ale ten vybuchl dříve, než se rozjel :smt022
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 6711
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse týkající se projektu

#40 Příspěvek od nenym » úte 09 lis, 2010 07:54

Začali vypouštět jednu nepovedenější opencl aplikaci za druhou jak pro CUDA - během 24 hodin 3 verze, tak pro ATI - zatím dvě verze, je upgradován server na výběr CPU/nVidida/ATI aplikace. Zatím pouze pro pokusníky, tasky se buď vůbec nerozjedou nebo rychle vybuchnou. Pokud se nerozjedou, tak vytrvale okupují 1xGPU + 0,5CPU, nutný babysitting. Možná se dočkáme druhé biologické GPU aplikace pod Boincem.
Zatím pod Wirouzama.
Prý už není krize; pořád jím plesnivé sýry, piji staré víno a jezdím v autě bez střechy.
UotD 464x
Obrázek 2xObrázek 7xObrázek 10xObrázek Obrázek
Obrázek

Odpovědět

Zpět na „DrugDiscovery@Home“