Novinky na projektu

Fórum o projektu
Zpráva
Autor
Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Novinky na projektu

#1 Příspěvek od petnek »

:arrow: SMP2: Gromacs a Desmond. Hodně práce udělal náš "SMP2" projekt, kódové označení pro druhou generaci klienta SMP. Hlavním cílem bylo, aby bylo použití SMP klienta mnohem snažší. Aby to bylo možné realizovat, museli jsme se oprostit od použití MPI. Měli jsme k tomu 2 důvody. Jedním z důvodů byl přechod na novou aplikaci pro použité jádro. To vedlo k "Desmond" jádru aplikace založené na softwaru od společnosti DE Shaw Research. Druhým důvodem byl komunikační problém s týmem vývojářů Gromacs při jeho dalším vývoji. Proto jsme začali testovat jádro aplikace Desmond. Pokud půjde vše dobře, budete moci sledovat jádro Desmond ve svých klientech za měsíc, nebo dva.

:arrow: Normal Mode Langevin (NML) Dynamics v jádru Protomol. Pracujeme na jiném přístupu aby jsme mohli výrazně urychlit dynamiku na základě nové metody zvané v Normal Mode Langevin (NML) Dynamics. Tato metoda využívá stejný styl jako běžné modely MD, a proto by měly mít stejnou přesnost, ale s velmi významným zrychlením z důvodu algoritmické zálohy. NML doplňuje naše metody, doufáme že ji budeme moci přidat do všech (především na jádru GPU).

:arrow: GPU3: Příští generace GPU jádra, založená na OpenMM. Udělali jsme velké pokroky v simulaci pomocí GPU s klíčovými zálohami do OpenMM, což je naše otevřená knihovna pro molekulární simulace. OpenMM začal s naším kódem pro GPU2 a od té doby má úspěchy. Proto jsme přepsali naše GPU jádra pro použití OpenMM a v poslední době je testujeme. OpenMM je navrženo tak, aby mělo plnou zpětnou kompatibilitu a aby simulace na GPU měla co největší stabilitu, navíc přidáváme nové vědecké fukce. Klíčovým krokem pro OpenMM je OpenCL podpora, což by mělo umožnit efektivnější využití nových grafických karet ATI.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#2 Příspěvek od petnek »

:arrow: 1.12.09
Aktualizace jádra SMP2

Jsme rádi, že můžeme oznámit pokrok v našem testování nových SMP2 jader. Tyto jádra používají paralelizaci vláken místo MPI, a doufáme že to bude mnohem robustnější než první generace SMP jádra.

Jádra SMP2 jsou v současné době v testování. První SMP2 jádro, které má být spuštěno bude založené na Gromacsu s číslem A3. V souvislosti s touto verzí jsme provedli některé změny v našem systému bodování. Zejména budeme používat bonusy pro rychle dokončené WU, které jsme testovali s bigadv programem pracovních jednotkek, ve větší míře pro SMP2 jádra.

:arrow: 18.11.09
Změna v psummary

Byl přidán nový sloupec na stránku project summary. Je přidán zcela vpravo. O tom jaký má význam zatím nepíší.

:arrow: 22.10.09
Aktuální informace o nových jádrech: Protomol a jádro GPU3

Bylo hodně práce na aktualizaci jádra Protomol tak, aby byl v souladu s ostatními jádry ve Folding@home. Jsem rád že bylo dosaženo pokroku a vypadá to mnohem lépe. Joe bude pokračovat v testování, ale vypadá to na brzké postoupení do další úrovně kvality.

GPU3 jádro se také hnulo kupředu. To se bude nazývat core_15 (přirozené další číslo v řadě GPU). K hlavním změnám došlo k začlenění aktualizace GPU kódu z OpenMM. OpenMM byla pro začátek založena na našich FAH GPU MD, ale teď má již několik vylepšení a doplnění. Zejména by se mělo jednat o mnohem větší stabilitu než u předchozích jáder FAH GPU MD. Nicméně, tato stabilita přinese mírné zvýšení požadavku na výkon. Budeme se zabývat testováním, protože všechna core_15 (GPU3) jsou čerstvé a nebudou pokračovat na stávajících projektech.

:arrow: 13.10.09
Již brzy, nový server

Objednali jsme novou třídu serverů, které by měly velký vliv na zatížení serveru FAH, a také nám umožní uvolnit několik nových velkých projektů s více WUs. Máme z toho velkou radost, protože jsme byli v poslední době omezeni prostorem na serveru, který by vedl k nedostatku WU. Nové servery budou mít 24 x 2TB disk, takže bychom měli mít dostatek prostoru.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#3 Příspěvek od petnek »

:arrow: 22.12.09
Vydání nových Protomol (Core B4) WUs

Jak jsme oznámili před časem, pracovali jsme na novém jádru (Protomol jádro B4), testování proběhla v pořádku, takže jsme začali uvolňovat Protomol WUs. Máme předběžné Protomol FAQ pro ty, kteří chtějí získat více informací.

Toto nové jádro implementuje NML (normální režim Langevin), metodu, která urychluje dlouhodobou dynamiku proteinů o faktor, který může dosáhnout až stonásobné rychlosti oproti molekulární dynamice. Tato metoda hledá nízké frekvence pokynů pomocí normálního režimu analýzy a projektování pohybů molekul podél nich má za následek téměř okamžitý pohyb. Pokud se chcete dozvědět více o této metodě, měli byste si přečíst tento publikaci: Víceúrovňová Dynamika makromolekul pomocí Langevin v normálním režimu.

Protomol 3.1 a jeho přidružené projekty lze použít pokud:
  • Chcete ověřit NML pomocí simulace skládání a dynamiky doménou Fip35 WW.
  • Chcete pochopit vliv mutací na skládání.
  • Chcete pochopit aktivace src Kinasy, enzym, který se podílí na vzniku některých druhů rakoviny.
Po technické stránce je toto jádro umožňuje využít nejmodernější optimalizace CPU (SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1 a SSE4.2). Stále je tu ale několik problémů s kompatibilitou na procesorech AMD, což zapříčiňuje použití jen SSE2. To by se mělo změnit v blízké budoucnosti. Máte-li procesor, který nemá výše uvedené optimalizace (Pentium 3, Athlon XP, atd.), oznamte prosím chování a výkonnost tohoto jádra na vašem počítači.

Pokud chcete více informací o Protomol, můžete navštívit oficiální stránky.

Nové projekty jsou distribuovány prostřednictvím nového serveru (129.74.85.48), který je umístěna na University of Notre Dame (Indiana). Mají tyto vlastnosti:
  • p10000: 544 atomů, 84,48 bodů, upřednostňovaná doba výpočtu 3.07 dne, deadline (krajní termín) 23.04 dne. Tento projekt využívá klasické simulační metody.
  • p10001: 544 atomů, 50,56 bodů, upřednostňovaná doba výpočtu 1.84 dne, deadline (krajní termín) 13.79 den. Tento projekt využívá metodu simulace NML.
Postupem času podáme více informací. Jsem velmi nadšeni z nových schopností, protože NML nám umožňuje získat úžasné zrychlení, tj. bez dodatečného výkonu CPU. Algoritmické urychlení vynásobí obrovskou sílu FAH, to by mohlo velmi brzy znamenat významný pokrok. Rok 2010 se stává pro FAH vzrušujícím (v mnoha ohledech)!

:arrow: 17.12.09
Nové změny v psummary

Udělali jsme nějaké změny v generování psummary. Tyto změny podpoří V5 servery a opraví nějaké chyby. Kód kterým se psummary generoval, byl 10 let starý, teď je nový, přepsaný a je vhodným pro budoucí opravy a změny.

Pracuje na tom Joseph Coffland (softwarový vývojář v týmu FAH). Vlákno pro diskusi s vývojáři třetích stran zde

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#4 Příspěvek od petnek »

:arrow: 17.1.2010
Nové výsledky projektu Folding: simulace v milisekundovém časovém úseku

Simulaci skládání bílkoviny v milisekundovém časovém rozmezí bylo velkou výzvou po mnoho let. Když jsme začali s Foldingem, naším prvním cílem bylo prolomit bariéry mikrosekund. Tato překážka je 1000x krát tvrdší a představuje významný krok vpřed v molekulární simulaci.

Konkrétně, v nedávném dokumentu, výzkumníci Foldingu Vincent Voelz, Greg Bowman, Kyle Beauchamp a Vijay Pande porušili tuto překážku. Ukázka níže je jednou z trajektorií, kterou složila (tj. začala rozložená a skončila ve složeném stavu). Od simulací jako jsou tyto, jsme našli nová překvapení.

Proč je to důležité? Je to důležité, protože u bílkovin dochází k dlouhým lhůtám a první simulace na milisekundu pro skládání bílkoviny znamená, že jsme prokázali náš nový cíl, Markov Model (SOM) technologií lze úspěšně simulovat velmi dlouhé lhůty. Má smysl jít po skládání bílkoviny prioritně, protože je tam velké množství experimentálních dat pro testování našich simulací.

I když tento výsledek v skládání bílkovin je nový, jsme již touto technologií studovali protein u Alzheimerovy nemoci. Tato nová metoda nám dává naději posunout naše simulace Alzheimerovy choroby kupředu.

:arrow: 14.1.2010
Důležité aktualizace mého příspěvku o OpenCL

Jen aktualizace mého blogu. Chci, aby bylo jasné, že vidíme problémy v obou našich ATI a nVidia GPU OpenCL implementacích pro OpenMM. Možná jsou na naší straně, ale máme podezření, že by to mohlo dělat problémy s nVidia i ATI OpenCL implementace (možná i s Apple). Úzce s každým spolupracujeme na opravení chyb.

V neposlední řadě je důležité si uvědomit, že naše Brook kód pro ATI je stále podporován, ale nerozvíjí tak aktivně FAH. OpenMM se soustředí na přesun do OpenCL.

:arrow: 13.1.2010
Některé další podrobnosti o GPU3 jádru, pokud jde o OpenCL

Zde jsou některé další podrobnosti o třetí generaci jádra GPU. Jak jsem již uvedl dříve, je postaveno na OpenMM, které přináší vědě víc a nám umožňuje snadnější aktualizace. OpenMM podporuje OpenCL v beta podobě, ve své verzi 1.0 plánované na konec ledna 2010, ale je důležité zdůraznit, že na podpora OpenCL je velmi brzy a tak se nebudeme spoléhat na OpenCL v prvním verzi jádra GPU3.

To znamená, že zpočátku bude jádro jen pro NVIDIA. ATI oslabuje Brook, a nemá plně funkční OpenCL provedení, takže jsme se zasekli a čekáme na podporou ATI. Jakmile bude provedení OpenCL prozrálé (u ATI i NVIDIA), budeme moci dokončit a optimalizovat OpenCL kód.

Takže pokud máte zájem o OpenCL (zejména pokud jde o podporu ATI), nebude to v původní verzi, ale jakmile prostředí vyzraje, budeme to tlačit kupředu. Mimochodem, až dozraje OpenCL podpora pro multi-core systémy, budeme se také ohlížet po GPU3 kódu jako po novém stylu pro SMP2 jádro. Je-li výkon velký, je zajímavé přemýšlet o tom, že se bude jeden dominantní kód pro mnoho výpočtů FAH.

:arrow: 2.1.2010
Automatický upgrade na jádro GPU2 plánován na pondělí 4.1.2010

Od nového roku se plánuje automatický upgrade jádra pro GPU 11. To přinese verzi GPU jádra 1.31, která má mnoho vylepšení. Zejména je toto jádro je velmi užitečné s novými P10101 WUs. Pokud chcete aktualizovat dříve, můžete kdykoli smazat vaše GPU jádro <soubor s názvem FahCore_*.exe> (nebo možná bezpečnější varianta - přejmenovat soubor, pak ho můžete obnovit).

Je také vhodné zmínit, že jsme udělali velký pokrok s GPU3 jádrem. Beta fáze by měla být dokončena na počátku roku 2010.

:arrow: 29.12.2009
Optimalizace statistik pro internetové stránky

V rámci přípravy přechodu na nové databáze statistik, jsme dělali profilování, abychom viděli, kde můžeme získat co největší zrychlení. Našli jsme několik položek, u kterých pracujeme na zrychlení. Zlepšení hardwaru by bylo největší výhodou, ale nyní je ten správný čas pro pokus systém statistik zeštíhlit a zefektivnit, protože profilování poté bude těžší.

Všimli jsme si, že existuje mnoho webových klientů, kteří stahují naše statistiky. Někteří dělají i 10.000 přístupů za den a mnoho dělá 1000. Tyto IP adresy budou zakázány, takže prosím vypněte všechny skripty které vytvářejí automatický přístup. "Normální" přístup do našich statistik počítá s maximálně 50-ti přístupy za den.

Máte-li zájem získat přístup do našeho systému statistik, podívejte se na FAQ v tomto tématu.


UPDATE:

Vypnuli jsme některé weby statistik, které se zabývají dotazy týkající se počtu procesorů.

Tato změna je dočasná, příčina je jasná: naše databáze položek, jako jsou specifické procesory, je příliš velká, vzhledem k milionům procesorů, které se podílely na FAH. To už nebude problém pro nové servery, takže tyto funkce zapneme, až budou nové servery zapojeny. Pro tuto chvíli nám velmi pomůže vypnutí části statistik.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#5 Příspěvek od petnek »

:arrow: 2.5.2010
Server VSP08 a související rozhraní jsou off-line

Jeden server (vsp08) a jeho rozhraní (vsp08a, vsp08b a vsp08c) jsou off-line. Administrátoři jsou informováni, jejich odezva o víkendu je pomalejší. V pondělí by to mělo být opraveno.

:arrow: 24.4.2010
Příprava pro GPU3: nový klient a nVidia GPU klienti budou (v budoucnu) potřebovat CUDA 2.2 nebo novější

Jak již v předchozích příspěvcích informovali, vzhledem k velké výpočetní síle, mají doposud GPU klienti velký vědecký dopad. GPU klienti jsou hvězdami na Foldingu simulujícící skládání bílkovin na milisekundy časového horizontu.

Jsou připraveni pro zavedení nové generace GPU klienta (GPU3). Jak již bylo zmíněno v předchozích příspěvcích, díky GPU3 bude umožněno výrazné posílení vědy (včetně přesnějších modelů, nových vědeckých úkolů, 2x vyššího výkonu, vyšší stability, podpory OpenCL, větší flexibility pro přidávání nových vědeckých zadání). Tohoto všeho je docíleno knihovnou OpenMM GPU.

Byli by rádi, kdyby počtáři byli informováni o tom, co přijde. Provádějí interní testování a doufají v brzké dokončení beta testování. Se zavedení nového jádra založeného na GPU3/OpenMM (core15) pro nVidia GPU klienty budou potřebovat u počtářů nainstalovaný následující software (máme vzít na vědomí, že to nemusí být provedeno okamžitě, protože nový klient ještě není otevřeně k dispozici):
  1. Za účelem zísnání WUs na toto nové jádro bude potřeba, aby byla nainstalována nejméně podpora pro CUDA 2.2, v ideálním případě 2.3, nebo aktuální. Aktuálně nainstalovanou verzi si můžete ověřit na základě vaší verze ovladače:

    CUDA 2.0: 177.35+
    CUDA 2.1: 180.60+
    CUDA 2.2: 185.85+
    CUDA 2.3: 190.38+
    CUDA 3.0/OpenCL: 195.36+
  2. U nového klienta bude zapotřebí, aby měl přístup k GPU3 WUs. Tento klient podá informaci serveru o verzi CUDA v počítači a podle verze mu bude přidělena WU. Pokud nebude CUDA k dispozici, nebude klientovi zaslána pracovní jednotka, proto je potřeba, aby byli ovladače aktualizovány. Toto řešení je mnohem lepší, než aby byla zaslána nekompatibilní jednotka a následně by spadlo jádro.
Tuto informaci přinášíme záměrně s předstihem, aby si počtáři mohli aktualizovat ovladače svých grafických karet.

"Odvedli jsme mnoho skvělé práce a nejlepší výsledky teprve přijdou!"

:arrow: 14.4.2010
Podpora nVidia GTX4xx grafických karet

V zákulisí pracovali na optimalizaci Foldingu pro GPU nVidia GTX4xx grafické karty. Zatím to probíhá dobře, v testech podávají silný výkon. Podpora GTX4xx bude vyžadovat nového klienta a také vyžaduje určité změny v našem softwaru.

:arrow: 27.3.2010
Údržba serverů ATI GPU, může být nedostatek WU

ATI GPU server vspg2v2 byl toho dne off-line z důvodu údržby.

:arrow: 21.3.2010
Nové ocenění pro tým Foldingu

Výzkumný pracovník Folding @ Home Greg Bowman dostal cenu Kuhn Paradigm Shift Award za dvě paradigma Foldingu(souhrn základních domněnek, předpokladů a představ dané skupiny vědců).
  1. nové metody používající Foldingem k simulaci skládání bílkovin, atd.
  2. samotné výsledky, které naznačují výrazné změny v teorii skládání proteinů (bílkovin).
:arrow: 11.3.2010
Update statusu serveru & nedostatek pracovních jednotek

Řešili některé otázky kolem statusů serverů. Pokud totiž na serveru nebyly k dispozici pracovní jednotky, navenek se servery tvářily jako nedostupné. Klienti se na ně nemohou připojit. Servery byli v pořádku, ale díky předešlému problému s nVidia GPU servery byl nedostatek WUs některými počtáři chápán jako otázka spolehlivosti serverů.

Pracovali na výrazném zvýšení počtu WUs jak pro klasické klienty, tak klienty SMP. Existuje mnoho klasických WUs, které jsou zasílány s novými jádry (Protomol B4 a Gromacs A4). V procesu je také nové jádro (A3 SMP) a jednotky pro něj.

:arrow: 25.2.2010
Server pracovních jednotek v5 vypadá dost dobře

Zdá se, že chyba způsobující problém pracovních jednotek pro grafiky nVidia by měl být vyřešen. Nadále situaci sledují.

:arrow: 19.2.2010
Update nVidia GPU serverů

Pátrali po chybě způsobující počtářům s grafikami nVidia problémy s odesíláním pracovních jednotek. Bylo velmi obtížné zjistit, kde je problém.

Měli dlouhodobý rozhovor s vývojovým týmem problémové aplikace, jednali o tom, jak odstranit problém. Vyřešení problému je na dosah.

Update 19.2.2010 18:00 - po týdnu práce našli něco, co vypadá slibně. Jsou nervózní psát vše kolem této záležitosti, ale vývojáři našli důvod průblému, což bylo nejtěžší.

Update 19.2.2010 23:00 - Vše vypadá zatím dobře, oprava by měla být funkční.

Update 20.2.2010 7:30 - vypadá to, že oprava skutečně funguje. Servery budou nadále pečlivě přes víkend sledovat.

:arrow: 9.2.2010
FAH-Addict

Jeden z moderátorů Foldingforum.org pomáhal založit nové webové stránky související s Foldingem. Tento web bude podávat nejnovější informace o aktualitách projektu, aktualizacích, návodech a najdete zde i recenze hardwaru, samozřejmě se zaměřením na Folding. Je k dispozici v angličtině a francoužštině. Doporučuji: FAH-Addict

:arrow: 7.2.2010
Migrace databáze statistik dokončena

V tento čas dokončili převážnou část migrace. Postupem času budou na databázi pracovat aby byla dostupná i při aktualizacích. Interval aktualizace statistik serverů třetích stran byla zkrácena z tří hodin na hodinu jednu.

:arrow: 6.2.2010
Migrace databáze statistik na nový hardware

V daný čas proběhla migrace databáze statistik na nové železo. Aktualizace by měli trvat jen 10 minut, také tvrdí, že i tento čas by se dal zkrátit. Pracují na zpřístupnění vypnutých věcí, jako například počítání CPU na výpočtech. Mají v zásobě další plány, jako například neustálou dostupnost statistik i při aktualizacích.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#6 Příspěvek od petnek »

:arrow: 10.5.2010
Málo práce pro Pentia 2 a Pentia 3 - diskuse proč se tak děje a jak můžeme pomoci

Mají málo práce pro stroje s w/o SSE kompatibilitou. Pracují na vyřešení.

Počtáři se často ptají, proč má FAH nedostatek práce. Dobrá otázka, protože když na server přijde hotová pracovní jednotka (WU), server automaticky vytvoří další. Mělo by být tedy nemožné (přinejmenším velmi obtížné) dosáhnout tohoto nedostatku pokud se vše děje podle pravidel.

Mnoho počtářů provádí odstřel (zrušení) (poznámka překladatele: FAH toto označuje jako "cherry pick", to nedokáži přeložit) 45hh jednotek do té doby, než mu přijde ta, co má největší kreditové ohodnocení. To znamená, že na serveru ubývají WUs, protože až po přijetí spočítané WU se generuje nová. Díky deadline pracovních jednotek pro klasické WU jsou prodlevy generování jednotek velmi dlouhé (po prodlení deadline času se vygeneruje nová jednotka), server tedy čeká zda jednotka nepřijde, nemůže nijak poznat že ji uživatel smazal na svém PC.

Mají několik řešení jak bojovat proti tomuto jednání a udržovat tak množství WUs tak, aby byla práce pro všechny počtáře. Některé deadline jsou velmi dlouhé (i několik měsíců) a tak dojde k problému. Bonus za odevzdání WU za krátkou dobu je jedním z řešení, což je jedním z fungujících řešení.

Prosí nás, abychom odstřel jednotek neprováděli, zpomalujeme tím pokrok Foldingu a znepříjemňujeme počítání jiným počtářům.

Nové informace o nedostatku WUs

Pracovali na otázce nedostatku WUs

Výrazně zlepšili využívání informací o procesoru zapojeného počítače. Tyto informace podávají pouze klienti verze 6. Nyní mohou určit, zda má počítač podporu pro SSE nebo SSE2, takže mohou zaslat jádro přizpůsobené daným instrukčním sadám. Například jádro Protomol podporuje jen SSE2. Toto je velká pomoc pro počtáře na Linuxu, ti neměli tyto informace zpracovávány dobře.

Nyní existuje mnoho dostupných WUs pro Protomol, to je ale dostupné pouze pro klienty s nastavením (flagem) "-advmethods". Pokud tedy chcete zkusit jednotky využívající Protomol, nastavte klienta na -advmethods. Všimněte si, že jádra aplikace Protomol mají ošetřenou chybu s checkpointy.

Marwin
10.5263157895 %
10.5263157895 %
Příspěvky: 95
Registrován: stř 19 zář, 2007 09:38
rok narození: 0- 0-1973
Bydliště: Praha

Re: Novinky na projektu

#7 Příspěvek od Marwin »

petnek píše:(poznámka překladatele: FAH toto označuje jako "cherry pick", to nedokáži přeložit).
volněji přeloženo vybírání rozinek (doslova třešniček)

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#8 Příspěvek od petnek »

:arrow: 25.5.2010
Uvolněna beta verze GPU3 klienta pro nVidie

Díky tweetu rechenkraftu jsem se dozvěděl o uvolnění beta verze GPU3 klienta. Zatím jen pouze pro GPU nVidia. Je to první jádro, které využívá technologie OpenMM. Pro jeho úspěšné spuštění je potřeba mít driver minimálně 197.45. Na klientu pro ATI se pracuje. Jelikož je to první beta verze, mohou se v ní vyskytovat chyby. Problémy byly nalezeny na kartách serií 8800 a 9800, pracují na jejich odstranění.

Forum pro nahlašování chyb

NVIDIA Client download:
nVidia systray client
Client Vista console
XP console

GPU3 FAQ

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18232
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Novinky na projektu

#9 Příspěvek od forest »

Je ten nový klient i pro Linux? To by přišlo v ten nejlepší čas.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#10 Příspěvek od petnek »

Bohužel, o něm zmínka nebyla, ale myslím, že pod WINE se to rozchodit dá (neozkoušeno). V GPU3 FAQ píší, že nyní je klient pouze pro XP a Visty, Linux bude mít možná klienta v budoucnu (vyloučen není 45cc )
Obrázek

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#11 Příspěvek od petnek »

:arrow: 27.6.2010

Zveřejnění FAH výsledků na membránové fůzi a chřipky

S FAH máme počítačový výkon pro řešení náročných problémů spojené se skládáním proteinů. Jeden ze zajímavých problémů má co dočinění s tím, jak proteiny urychlují virové infekce. Zatímco virová infekce není hlavní záležitostí v FAH, věnovali jsme tomu několik let.

Jsme rádi, že můžeme zveřejnit některé z našich posledních vědeckých výsledků:
"Atomové rozlišení simulované předpovědi přechodného stavu pro fůzi simulovaného váčku při kontaktu několika konců lipidů"
Tato práce představuje významný krok kupředu v rámci tohoto projektu. Nyní můžeme sledovat procesy v detailu se všemi atomy a dosáhnout lepší citlivosti v rolích proteinů a proteinových konformačních (konformace - prostorové uspořádání atomů v molekule sloučenin) změnách v procesu.

Tento článek popisuje práci na mechanismu fůze váčku, procesu podílejícím se na virofé infekci, přenosu nervových impulzů a buněčné sekrece. V ní jsme analyzovali mechanismus fůze membrány s většími detaily, než bylo dříve možné, získávání předpovědi jak chřipka může využít mechanismus pro vstup do buňky. Tato analýza byla poháněna našimi počtáři, projekt 2681 se podílel přímo.
http://www.ploscompbiol.org/article/fet ... tion=PNG_M

:arrow: 25.6.2010

Nové informace o v7 klientovi

v7 klient je kompletně přepsán pro vyšší spolehlivost, snadnější údržbu a obsahuje fukce, které počtáři požadovali. První verze nebude obsahovat všechny, ale bude tam několik významných změn. Například integrace klasických, SMP a GPU klientů, schopnost jedním klientem zvládnout všechny najednou (např. multi-core + GPU) přes více jader. Dále bude obsahovat čistší a spolehivější GUI, mnohem lepší a sofistikovanější nástroje pro vývojáře třetích stran.

:arrow: 12.6.2010

Výpadek SMP serveru a nedostatek SMP WUs

Jeden z klíčových SMP server je offline (vspg9), to vypnulo i všechny další přidružené rozhraní (vspg9a a vspg9b). Intenzivně na tom pracujeme, ale IT oddělení oznámuje, že oprava není jednoduchá.

:arrow: 31.5.2010
Nové informace o GPU3 nVidia klientu

Beta GPU3 nVidia klientovi se daří dobře. Bylo tam několik problémů, ale tým na tom pracuje. O velké problémy však nejde.

Budeme v QA pokračovat dále, dokud nebudou vyřešeny nejvýznamnější problémy. Poté nahradí GPU3 klient klienta stávajícího. Nový nVidia klient začne s jádrem 15 (core15), můžeš se ale stát, že klent stáhne jednotku, která bude počítána jádrem 11 (core11). Úplný přechod na core15 může nějakou dobu trvat, 3-6 měsíců, možná déle. To může být způsobeno nutností doplnění projektů pro jádro 11.

Na kartách Fermi může běžet pouze jádro 15, proto počtáři s jinými kartami než Fermi, budou vídat spíše jen jednotky počítané pomocí jádra 11. Toto se změní v nadcházejících měsících.

Stále více a více jednotek bude počítáno pomocí jádra 15, proto bude postupem času pro staré klienty nedostatek WU. Není však nutné přecházet okamžitě.

Velký pokrok jsme také udělali k OpenCL na ATI a nVidia. Úzce na této problematice spolupracujeme s oběma výrobci a společně jsme učinili pokrok.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#12 Příspěvek od petnek »

:arrow: 13.7.2010

GPU3 otevřený beta test pokračuje dobře

Funguje dobře, takže jsme dali GPU3 klienta na stažení do kategorie vysoce výkonných klientů. Tento nový klient požaduje Fermi GPU, ale podporuje i pre-Fermi GPU. Za pomocí tohoto klienta budou mít i "neFermi" GPU přístup k GPU3 jádrům. Tato jádra jsou označena jako core15 (byla již testována a jsou ve výrobě), stejně jako core16. Toto nové jádro se bude testovat v nadcházejících týdnech.

Pracujeme také na dokončení OpenCL portu pro ATI GPU pro podporu ATI v GPU3 klientovi, stále se bohužel vyskytují problémy s výkonem jak na nVidia, tak ATI GPU. Více informací o klíčovém softwaru v pozadí GPU3 můžete zjistit na stránkách OpenMM. Pokud jste zvědaví, je tam OpenCL kód jak pro ATI, tak nVidia. Zveme tak open source komunitu OpenCL k vyzkoušení kódu. Kód je šířen s licencí LGPL.

Edit (22.7.2010 - 17:10): sám ho teď zkouším a funguje dobře i na HD4670. Podle mě je tedy jako první připraven pro nová jádra 15 a 16 pro Fermi karty, ale i se staršími kartami nVidia i ATI funguje také. Na mou ATI se stáhl core11 a počítám projekt 5746, který je dostupný a počítal jsem ho i ve straší verzi GPU klienta.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#13 Příspěvek od petnek »

:arrow: 28.7.2010

Premiéra SMP2 (v 6.30) klienta

Mluvil jsem o naší práci na druhé generaci klienta SMP. Cílem bylo mnohem jednodušší a snažší fungování z pohledu počtáře, formou zbavení se MPI knihoven.

Nového SMP2 klienta (v6.30) najdete v sekci vysoce výkonných klientů ke stažení (ve spodní části stránky), jakož i aktualizované SMP průvodce a FAQ. Je to stále beta klient, který se testuje. Nicméně, tato technologie je již součástí našeho nového v7 klienta. Beta test nového klienta verze 7 plánujeme na příští měsíce, možná dříve.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#14 Příspěvek od petnek »

:arrow: 1.10.2010

10. výročí Folding@Home

S velkým potěšením oznamujeme, že dnes slaví Folding@home desáté výročí. Bylo to úžasných 10 let, zejména z hlediska toho, co jsme společně byli schopni udělat. Můj tým a já, jsme vděčni za veškerou pomoc milionů lidí, kteří tento krok umožnili. Pokud jste zvědaví, co jsme doposud udělali, podívejte se na naši sekci Výsledky nebo FAQ chorob. Obrovskou radost máme zejména z nedávné práce na skládání proteinů, která by mohla radikálně přebudovat smýšlení lidí o skládání proteinů, jak si lidé myslí o skládání (za toto jsme dostali ocenění).

Jedním z našich klíčových cílů pro tento rok je udělat FAH jednodušším, zajímavějším a zábavnějším. S novým serverem, který by měl být brzy na svém místě, bychom měli být připraveni na mnohem vyšší úroveň. Jsme nadšeni z toho, co můžeme dělat s novým klientem (V7 - během několika měsíců, nyní se testuje), který je jednodušší na zprovoznění, mnohem stabilnější a podporuje nová jádra A3, A4, 15 a 16.

A konečně, mezi některými překvapeními jsou nové iniciativy, které jak doufáme, změní vnímání a smýšlení lidí o distribuovaných výpočtech. Víc neprozradím, za to se omlouvám. Chtěl jsem dát vědět, že se děje spousta věcí v zákulisí. Budeme o tom informovat postupně v průběhu celého roku.

:arrow: 30.8.2010

Dva nové klíčové výsledky

Máme dva nové výsledky výzkumu. #74 a #75.

:arrow: 18.8.2010

MemtestCL - tester GPU pamětí pro OpenCL (podporuje ATI a NVIDIA GPU)

Jednou z našich obav na je spolehlivost vrácených výsledků - při spuštění na stovkách tisíc strojů po celém světě, v různých prostředích, je prakticky zaručeno, že některé stroje nebudou spolehlivé. Verifikační nástroje ověří, zda váš počítač funguje správně a to zejména u uživatelů, kteří své stroje taktují. Dobré nástroje jsou k dispozici pro CPU a RAM (např. StressCPU a Memtest86), ale jen několik nástrojů je k dispozici pro GPU.

V loňském roce jsme vydali tester MemtestG80 pro GPU CUDA paměti a Memtest86 pro NVIDIA GPU paměti. Tyto testery byly v komunitě široce využívány pro odhalení nestabilit grafických karet. Pro dosažení schopností tohoto testování pro širší publikum jsme právě vydali nový tester. Je jím MemtestCL, kterým můžete testovat paměti GPU s podporou OpenCL. Protože je založen na OpenCL, uživatelé grafických karet ATI (HD4000 a novější) jsou nyní schopni otestovat paměti jejich GPU stejně, jako uživatelé grafických karet Nvidia. MemtestG80 (CUDA) a MemtestCL (OpenCL) provádí testovací sekvence z Memtest86.

Pokud spustíte FAH na GPU, zvláště pokud je GPU přetaktovaná, je vhodné paměti otestovat, a to stejným způsobem, jako byste spustili Memtest na CPU. Oba programy jsou k dispozici na download stránce FAH utilit, zájemci o pohled na zdrojový kód najdou licencované LGPL kopie na SimTK

:arrow: 17.8.2010

Větší výkon SMP serverů v blízké budoucnosti

Jelikož čekáme na návrat nového a velkého serveru, jsme v současné době trochu natěsno s SMP servery. Naši správci pracovali na jeho problému, je to RAID pole (po konzultaci s výrobci HW dojde na upgrade firmwaru disků). Nemáme odhad na potřebný čas, ale doufáme, že to bude brzy vyřešeno.

Poté, co bude stroj zpět on-line, bychom měli mít mnohem větší výkon v SMP. Krom toho máme další servery v záloze a náš plán je, aby bylo několik serverů v nejbližších týdnech s novými WUs a SMP projekty on-line.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#15 Příspěvek od petnek »

:arrow: 13.10.2010

Nedávná diskuse o výsledcích Folding@Home

Počtáři jsou často zvědaví, jak je to s výsledky. Ty jsou uvedeny na stránce výsledků, jsou ale dost technické a určeny spíše pro biologické nebo biofyzikální publikum. Diskuse daná na GTC 2010 ("Folding@Home: Petaflops on the cheap today, exaflops soon?") je určena pro výpočetní publikum a může být přístupnější než stránka s výsledky, a to zejména pro ty, kteří se chtějí blíže seznámit s výpočetní stránkou FAH spíše než s biologickou. Vidět ji můžete zde (40min. video v AJ).

Mluvím trochu o tom, jak funguje FAH a některé nedávné výsledky ve skládání proteinů, onemocnění (Alzheimerova choroba) a virových infekcích. Pokud jste zvědaví jak funguje FAH nebo to, co jsme v poslední době udělali, mohlo by to pro Vás být zajímavé.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#16 Příspěvek od petnek »

:arrow: 15.12.2010

Upomínka a aktualizace: údržba serverovny 16.12.2010

Pracovali jsme na minimalizace vlivu zítra začínající údržby serverovny. Vzhledem k tomu, že je to naše hlavní místnost, očekáváme, že pro FAH bude nedostatek volných pracovních jednotek. Také klienti budou mít problémy s odesláním výsledků zpět na servery.

Pokud budete mít zítra potíže se získáním pracovních jednotek nebo odesláním spočítaných, mějte prosím trpělivost.

:arrow: 10.12.2010

Upgrady stanfordské sítě

Během Zimního Uzavření Stanfordu (18.12.2010 - 2.1.2011) plánují IT služby údržbu páteřní sítě každé ráno od 04:00 do 08:00 pacifického času (19:00 - 23:00 den předem našeho času :lol:) s cílem provést zlepšení sítě, tak jako jsme to udělali i v loňském roce. Ve většině případů by změny neměli mít vliv na konektivitu oddělení nebo domácích sítí. Pokud by k jakémukoli přerušení došlo, bude kratší než 5 minut.

Výsledkem bude lepší výkon sítě po upgradu.

:arrow: 8.12.2010

Údržba serverovny 16.12.2010

V jedné z našich hlavních serverových místností bude 16.12.2010 prováděna údržba. To bude mít za následek off-line stav některých FAH serverů. Vypadá to, že většina klíčové FAH infrastruktury bude v provozu, ale pravděpodobně bude nedostatek pracovních jednotek, protože velké procento serverů bude mimo provoz.

Pracujeme na optimalizaci. Pracovní jednotky které můžeme, přesouváme do jiných serverových místností, ale chtěli jsme dát počtářům dát včas vědět, že se toto blíží.

:arrow: 22.11.2010

Dva nové výsledky Foldingu

Byli publikovány dva nové výsledky Foldingu. Oba z laboratoří FAH ve spolupráci s Erikem Sorinem. #76 - Vyhodnocení molekulárních mechanických potenciálů pro spirálovité peptidy a proteiny. (AJ), #77 - Rovnováha konformační dynamiky tetraloop (volně přeloženo trojité smyčky) RNA z masivně paralelní molekulární dynamiky


:arrow: 8.11.2010

Update FAH statistik podle operačního systému

Pátrali jsme po chybě ve statistikách podle operačních systémů a zdá se, že jsme ji našli. V podstatě jsme počítali SMP klienty jako 1 CPU. Tím byl velmi podhodnocen celkový počet procesorů, a to zejména na Linuxu a OSX.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#17 Příspěvek od petnek »

:arrow: 15.3.2011

Podpora FAH pro grafické karty ATI

Pracovali jsme na zlepšení naší podpory pro AMD/ATI GPU. Ty v originálu podporovali programovací jazyk Brook, ale nyní se posouvají k OpenCL a od Brook upouštějí. To znamená, že k tomu, aby FAH podporoval tyto GPU, měli jsme přepsat naše GPU jádra do OpenCL. Byla to obravská práce (na záznam změn se můžete podívat zde). Vzhledem k rozhodnutí o nahrazení Brooku OpenCL, budou nová jádra ATI GPU naprogramována pouze v OpenCL a tudíž je půjde spustit jen na kartách, které tento jazyk podporují. (Pozn. překladatele: jednotky počítající se na jádrech naprogramovaných na Brooku doběhnou a nové jednotky, které se budou objevovat, budou pouze pro OpenCL. V tuto chvíli na své HD4670 nepočítám, ale nepředpokládám, že by najednou odstřihli majitele starších ATI GPU od práce).

Rádi bychom upozornili počtáře, že ne všechny ATI GPU podporují OpenCL (řady 3xxx nejsou podporovány a 4xxx nemají dostatečnou podporu a jsou pro FAH výpočty v OpenCL neefektivní). Z krátkodobého hlediska budeme podporovat starší jádro 11 (Brook), ale nová jádra už budou založeny jen na OpenCL. Máme v plánu udržovat jádro 11 do 1.9.2011. Uzavírání platformy není nikdy populární, ale v tomto případě je to pro nás jasná volba, protože ze strany výrobce je nedostatečně podporována.

Dobrou zprávou je, že podpora pro OpenCL je velmi silná a jsme nadšeni z našeho nového OpenCL jádra (16), které právě teď prochází testováním. Toto jádro bude uvolněno po vydání klienta v7 jako jádro, které je pro tohoto klienta potřeba.

:arrow: 14.3.2011

Pokroky ve vývoji klienta v7

Je zřejmé, že vývoj trvá déle, než bychom chtěli, ale rád bych se s vámi podělil, jak na tom jsme. Náš vedoucí vývojář Joseph Coffland pracuje na požadovaných funkcích a odstraňuje chyby nahlášené testery.

Joe a já si myslíme, že jsme blízko. Verze 7.1.18 během interního testování vypadá slibně a bude to pravděpodobně základ pro klienta. Ten bude pro veřejnost v podobě beta verze.

Pozn. překladatele: dál následuje zdlouhavý Changelog (seznam změn a verzí na nich), který bych ani snad korektně nepřeložil, také bych již možná porušil Copyright. Takže jen odkaz na něj.

:arrow: 11.3.2011

Testování QRB (Quick Return Bonus = bonus za rychlé vrácení) u klasických jednotek

V některých chvílích jsme měli QRB pro SMP jednotky. QRB funguje tak, že počtář získá extra body za rychlé spočítání a odeslání jednotky. Důvodem zavedení QRB je co největší urychlení výpočtů (WUs dostaneme zpět rychleji, mohou být provedeny skoky v generacích WUs a tím i pokrok ve výzkumu) a více bodů pro pilné počtáře.

QRB testujeme s klasickým jádrem A4. Zdůrazňujeme slovo testování, protože se spíše snažíme zjistit, jaké jsou důsledky/dopady (může se objevit něco nepředvídatelného v něčem tak složitém jako je FAH).

Pro více informací o této problematice můžete navštívit toto diskusní vlákno.

:arrow: 1.3.2011

Zavedeno nové SMP jádro, změny bigadv

Nedávno byl spuštěn nový typ jádra pro jednotky bigadv. Jádro A5 je zcela odlišné od A3 a umožňuje nám zavést nové WUs (work units = pracovní jednotky). Jádra A3 a A4 využívají více paměti RAM na jedno vlákno CPU, to dělá tyto jádra na výpočty velmi neefektivní. A5 tento problém nemá a je vhodné pro výpočty bigadv jednotek, které jsou samozřejmě i tak na paměť náročné.

Nicméně, abyste mohli používat jádro A5, je třeba provést aktualizaci klienta na verzi 6.34 nebo vyšší.

Jádro A3 jsme zcela vypnuli, aktualizujte tedy prosím své klienty, pokud chcete pokračovat ve výpočtech bigadv jednotek.

:arrow: 23.2.2011

Nový SMP klient ke stažení

SMP klient verze 6.34 (jeho binární soubory), jsou zveřejněny na stránce s vysoce výkonnými klienty. Klient může být nainstalován při výpočtu SMP jednotky (samozřejmě když neběží - je vypnutý), ale vždycky je nejbezpečnější aktualizovat mezi výpočty pracovních jednotek (jedna se dopočítá, klienta vypnout, aktualizovat a zase zapnout).

Integrovali jsme několik změn. Zejména jsme zavedli podporu pro nové jádro SMP, a to A5, které bude vypuštěno v blízké budoucnosti.

:arrow: 20.2.2011

Integrace s Facebookem

V rámci příprav na spuštění našeho klienta v7 budou přidány některé prvky na Facebook. Odkaz na Facebook bude přidán na naše hlavní webové stránky a časem přibude propojení se statistikami. Integrace bude začínat pozvolna, ale pracujeme na ní.

:arrow: 26.1.2011

Nový GPU3 (verze 6.41) klient

Poslední verze je ke stáhnutí na této stránce. Tento nový klient vylepšuje identifikaci grafických karet a přinaší některá další vylepšení.

Pro ty, co jsou obeznámeni s ostatními FAH klienty: Existuje několik typů klientů vysoké výkonnosti. SMP je zaměřen na více jádrové procesory. GPU3 je nejnovější generací FAH GPU klienta. V současné době je k dispozici pouze pro grafické karty nVidia. A konečně FAH klient verze 7. Ten je v současné době ve fázi alfa testování a zahrnuje v sobě jak funkce pro výpočty na CPU (i SMP), tak GPU.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#18 Příspěvek od petnek »

:arrow: 29.3.2011

Plánovaný výpadek serveru

Ve středu 30.3. proběhne od 10. - 12. hodiny tichomořského času (19. - 21. hodiny našeho nynějšího času) plánovaná odstávka serveru. Aktualizace statistik a web foldingu bude offline, ale projekt jako takový pojede stále dál. Statistiky se budou hromadit na pracovních serverech, ale nebudou promítány na webové stránky, dokud nebudou servery zase online.

Takže kromě aktualizací statistik a webu Foldingu by vše mělo běžet normálně.

:arrow: 29.3.2011

33zzz 45kk Klient verze 7 dostupný v beta verzi 33zzz 45kk

Jsme rádi, že můžeme po mnoha měsících vývoje a testování oznámit vydání nové verze klienta pro Folding@Home. Klient 7. verze je nyní dostupný k beta testování. Tento klient je kompletně přepsaná verze předchozího klienta pro Windows, OS-X a Linux s těmito cíli:
  • Instalace a spuštění uživatelsky přívětivá i pro začátečníky.
  • Integrace uživatelského rozhraní do jednoho monitorovacího/kontrolního programu, který řídí funkce dříve obsažené v samostatných klientech, či programech na vytváření statistik.
  • Lepší design, který může být snadno rozšířen o nová jádra Foldingu použitá pro výpočet jednotek bez nutnosti vydání nového klienta.
  • Výrazné zlepšení dřívějších problematických aspektů včetně podpory SMP, GPU a 3D prohlížeče.
Začínáme

Zvažte prosím přečtení jednoho z průvodců. Ty jsou uvedeny v sekci dokumentace. Samozřejmě, že se do toho můžete ponořit přímo, tedy stáhnout a nainstalovat nového klienta.

Klienta můžete stáhnout zde.

Dokumentace

Instalační a uživatelské příručky lze nalézt zde a zde

Vlastnosti

Nový klient má příliš mnoho nových funkcí na kompletní seznam, ale zde jsou některé z těch nejlepších:
  • Vylepšený instalátor s podporou Windows XP, Vista, 2008 a Windows 7 (32bit i 64bit)
  • 64bitový instalační balíček pro OS-X (32-bit je ve vývoji)
  • 32bit a 64bit instalační balíčky pro Debian/Ubuntu a RedHat/Fedora/CentOS
  • Operace prováděny na pozadí při nízké prioritě - velmi malý dopad na použitelnost počítače. V tuto chvíli si stěží všimnete, že je spuštěn Folding při běhu jiné aplikace.
  • Kompatibilnější a stabilnější 3D prohlížeč proteinů s několika režimy zobrazení, rotace, zoomu, nápovědou a interpolováním animace proteinu.
  • Oddělená, ale integrovaná konzole klienta (FAHClient), uživatelské rozhraní (FAHControl) a 3D prohlížeč proteinů (FAHViewer)
  • Možnost přepínání mezi třemi uživatelskými rozhraními - nováček, pokročilý a expert (v rozbalovací nabídce FAHControlu)
  • Podpora pro více než jeden "výpočetní kanál" (classic, SMP nebo GPU)
  • Možnost monitorovat, konfigurovat a ovládat mnoho vzdálených klientů z jednoho počítače.
  • Velmi nízké zatížení procesoru FAHClientem, FAHControlem a FAHViewerem. Požadavky na systém 3D prohlížeče lze minimalizovat zakázáním rotace animace.
  • Jeden klient pro výpočty klasickým způsobem (s jedním procesorem), SMP (více procesory) a GPU (grafickou kartou)

Chyby/požadavky na opravy (tickety)

Klient v7 prošel měsíci testování, ale vzhledem ke komplexnosti povahy distribuovaných výpočtů je mnoho funkcí, které tento klient obsahuje. Stále se v něm tak mohou najít chyby, požadavky na funkce a pravděpodobně jiné, neobjevené otázky. Beta testování nám pomůže otestovat nové funkce a opravit všechny zbývající chyby, než se zveřejní první "ostré vydání". Beta verze tohoto klienta je ale i tak velmi dobře použitelná a má mnoho výhod oproti předchozí verzi klienta.

Ve snaze zvýšit průhlednost našeho procesu vývoje, jsme se rozhodli otevřít přístup pouze pro čtení do našeho systému sledování chyb. V současné době používáme webový systém Trac, který mimo jiné spravuje databázi požadavků na opravy (tickety). Každý požadavek buď znamená chybu nebo novou žádanou funkci. Seznam těchto požadavků najdete zde (seřazeno podle priorit a milníků).

Získání pomoci

Kromě dokumentace je nejlepším místem pro získání pomoci fórum tohoto nového klienta zde. Pokud máte problém, napište. Existuje mnoho lidí, kteří jsou připraveni pomoci Vám, ale mějte na paměti, velmi si vážíme podrobných zpráv od lidí, kteří dokáží zachovat chladnou hlavu, i když se stále nedaří.

Poznámky nakonec

Velmi rádi vidíme, jak tento software zlepšuje svět kolem nás tím, že přináší porozumění tomu, jak se bílkoviny skládají a ty nakonec pomáhají najít léky na některé z nejděsivějších nemocí lidstva. Velmi si vážíme Vaší účasti a pochopení. Bez Vašeho štědrého příspěvku času a výpočetní síly by nebylo projektu Folding@Home.

Takže, ponořte se přímo do děje a dejte nám vědět o svých zkušenostech.
PS: Více informací můžete najít v tomto vláknu.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#19 Příspěvek od petnek »

:arrow: 31.3.2011

Jádro 16 pro ATI vypuštěno; poznámka o podpoře starších grafik nVidia

V jednom z předchozích příspěvků jsem zmínil plány s podporou grafických karet ATI. Je mi potěšením oznámit, že s vydáním klienta 7. verze jsme nyní vydali jádro 16 pro ATI GPU3 jednotky. Toto jádro je dostupné po zvolení pokročilých metod výpočtu (parametrem "-advmethods"). Zde najdete podrobnosti od Dr. Lina.

Z několika důvodů postupně tyto jednotky zavádíme. První důvod je ten, že chceme být opatrní. I když prošli beta testováním, chceme být opatrní. Druhým důvodem je přidání dalších serverů pro pomoc se zatížením. Tyto servery jsou v těchto chvílích přijímány a mohli by být on-line za týden, či dva.

Jen připomenutí z minulého příspěvku. Existují určitá omezení v naší schopnosti podporovat grafiky ATI. Budeme omezeni zejména na ty, které podporují OpenCL 1.1. To znamená, že pouze ATI 5xxx a pozdější budou fungovat s novým jádrem 16 (série 3xxx podporovány nejsou a 4xxx nemají dostatečnou podporu OpenCL). Jádro 11 pro tyto starší grafiky budeme podporovat alespoň do 1.9.2011.

Také se díváme na podporu starších grafik nVidia. Byli hlášeny některé problémy s kartami serie 8xxx. Nejspíš budeme muset omezit podporu těchto karet.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3550
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Novinky na projektu

#20 Příspěvek od petnek »

:arrow: 5.4.2011

Větší průhlednost v testování

Za 10 let jsme vydali pracovní jednotky FAHu, jádra, klientský software využívající Quality Assurance (QA) protokol, který zahrnuje nekolik kroků včetně interních testů (int), uzavřené beta testování (bet), otevřené beta testování (adv) a ostré vydání (FAH). Cílem tohoto postupného zavádění je pokus udržet problematické pracovní jednotky a software od počtáře tak, že si on sám může vybrat jaký typ si zvolí a na kterém bude počítat.

Nicméně toto znamená, že velký kus práce se provádní v uzavřené společnosti, které má několik nevýhod. První je především ta, že všechna práce beta testerů, moderátorů fóra a členů skupiny Pande nikdy QA WUs neviděla. To také znamená, že důvody pro uvolnění WUs v jejich současné podobě nejsou viditelné. A zatímco vstup do týmu beta testerů pracujících na uzavřeném beta testování byla vždy k dispozici, po tomto vstupu je nový tester vždy rozčarován z toho, o co vlastně jde.

Zatímco se najdou výhody i nevýhody tohoto uzavřeného beta testování, rozhodli jsme se, že je vhodný čas na mnohem větší průhlednost celého Folding@Home, tak uzavřeného beta testování. Takže, od nynějška bude uzavřené beta testovací (bet) forum otevřeno pro všechny (pro čtení). V zájmu zachování silného QA budou mít práva na psaní příspěvků pouze beta testeři.

Doufáme, že tak bude vidět naše tvrdá práce, která se provádí na testovacích WUs a pomůže odpovědět na otázky týkající se konkrétních WUs, které často přicházejí. Také v tomto duchu jsme otevřeli náš v7 systém pro hlášení chyb (pouze pro čtení), takže počtáři mohou vidět pokrok na rozvoji klienta.

V zákulisí je ohromné množství práce. Jsem nadšen z toho, že se stane mnohem viditelnější.


Změna v systému statistik

Jsou tam nějaké změny, které jsou potřebné pro soulad mezi statistikami webu a textovými soubory. Hlavní otázkou je, jak budeme nakládat s passkey a jejich dopadem na statistiky počtářů. Chci zdůraznit, že to nebude změna bodových hodnot nebo něčeho jiného.

Passkeys jsou relativně nedávno přidány do FAHu. Začali být používány s FAH klientem verze 6 a jedná se o jedinečný identifikátor, který je přímo spjat s nickem počtáře. Použití passkey zabraňuje zneužívání nicku.

Aby statistiky v textových souborech odpovídali webovým stránkám, musíme změnit jak tyto soubory, tak webové stránky. Otázkou je, jak zacházet s passkeys. Na webových stránkách je nyní passkey ignorován. Textové soubory nyní zahrnují všechny passkeys u účtů počtářů.

Náš návrh na opravu je zacházet s účtem počtáře a jeho passkey jako s jedinečným dárcem pokud jde o pořadí v souborech a webových stránkách. To by zanechalo konzistenci obou položek. Nebudeme samozřejmě rozdávat heslo v souboru, ale plánujeme rozlišovat klíče tím, že odhalíme 2 poslední číslice. To by mělo být dost na rozpoznání různých účtů, aniž by byli odstraněny všechny důležité informace.

V nejbližších dnech budeme uvolňovat textové soubory s dalšími jmény počtářů + info o passkey. Po 1. květnu budeme sjednocovat statistiky FAHu na stejnou metodu. Tato prodleva je šancí pro servery třetích stran (statistikové), aby aktualizovali své skripty, pokud se tak rozhodnou.

Chceme zdůraznit, že třetí strany si mohou vybrat, zda budou využívat starší verzi, či novou. Tuto změnu děláme především proto, že chceme statistiky udělat konzistentnější.

Odpovědět

Zpět na „Folding@Home“