Zobrazení molekul

Fórum o projektu

Moderátoři: petnek, nenym, Zelvuska

Odpovědět
Zpráva
Autor
Uživatelský avatar
Dugi
31.5789473684 %
31.5789473684 %
Příspěvky: 364
Registrován: čtv 05 črc, 2007 14:16
rok narození: 16 bře 1987
ID CNT statistics: 6455
Bydliště: Jihlava
Kontaktovat uživatele:

Zobrazení molekul

#1 Příspěvek od Dugi » čtv 27 bře, 2008 23:28

Na stránkách Rosetty jsem našel tenhle návod jak je možné zobrazit molekulu bílkoviny, kterou aplikace zkoumala.
Nevím, jeslti je to chybou návodu (nepravděpodobné), mé angličtiny (trochu pravděpodobnější), nebo mé počítačové neschopnosti (velmi pravděpodobné 45hh 45hh ), ale ani po několika pokusech se mi nepodařilo dosáhnout kýženého efektu.
Tak se ptám, jeslti se tady najde někdo, kdo to už zkoušel a jestli se mu to podařilo. Myslím, že kdyby navíc někdo ten návod přeložil do češtiny tak by to, myslím, zaujalo nějaké počtáře.
Obrázek

Moje malé diskusní fórum o kosmonautice - http://vesmir.thos.cz

Na čem počítám:
Falcon - noteboook Samsung R530 - Pentium Dual Core 2.1 GHz, 3 GB RAM

Uživatelský avatar
Zelvuska
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 563
Registrován: ned 25 bře, 2007 21:21

Re: Zobrazení molekul

#2 Příspěvek od Zelvuska » pát 28 bře, 2008 10:27

Navod jsem nezkousel, ale prelozit ho muzu. Nekdy o vikendu ho zpracuju a dam ho sem.

Honza
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2397
Registrován: pát 03 lis, 2006 10:46

Re: Zobrazení molekul

#3 Příspěvek od Honza » pát 28 bře, 2008 18:06

Kostrou zmineneho postupu jsou zhruba tyto body:
Rosetta jako vysledne soubory pouziva .out soboury. To jsou v podstate kompresovane PDB soubory, ktere jsou jiz standardem v oblasti popisu molekularnich struktur.
Takze jde o to rozpakovat vysledny .out soubor a ten pak prohlizet nekterym z free prohlizecu.

Uživatelský avatar
Dugi
31.5789473684 %
31.5789473684 %
Příspěvky: 364
Registrován: čtv 05 črc, 2007 14:16
rok narození: 16 bře 1987
ID CNT statistics: 6455
Bydliště: Jihlava
Kontaktovat uživatele:

Re: Zobrazení molekul

#4 Příspěvek od Dugi » pát 28 bře, 2008 19:02

Kostru jsem jakž takž pochopil, ale nedokázal jsem to podle návodu provést. Ať jsem to dělal jakkoliv tak z toho nikdy nevypadl výslednej PDB. vždycky mi z toho vylezly dva nějaký divný soubory.... :smt012
Obrázek

Moje malé diskusní fórum o kosmonautice - http://vesmir.thos.cz

Na čem počítám:
Falcon - noteboook Samsung R530 - Pentium Dual Core 2.1 GHz, 3 GB RAM

Uživatelský avatar
Zelvuska
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 563
Registrován: ned 25 bře, 2007 21:21

Re: Zobrazení molekul

#5 Příspěvek od Zelvuska » pát 28 bře, 2008 19:24

Jak divny? Maji priponu pdb nebo ne?

Jinak ten navod mam prelozeny, ale nejde mi sem dat...neni povolena pripona doc? Divne... zkusim to hodit do pdf a pak to zkusim znovu.

Edit: Tak pdf taky nejde... :(

Honza
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2397
Registrován: pát 03 lis, 2006 10:46

Re: Zobrazení molekul

#6 Příspěvek od Honza » pát 28 bře, 2008 19:43

Zelvuska píše:Edit: Tak pdf taky nejde... :(
Taky divny...

@ Dugi - zkousel jsi obe varianty?
ROSETTA -extract -all -s XXXXXX.out
ROSETTA -extract -all -fa_input -s XXXXXX.out

Zkousel jsi ty dva divne soubory prejmenovat rucne na PDB?
Neporadil si viewer i s divnymi soubory?

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17633
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Zobrazení molekul

#7 Příspěvek od forest » pát 28 bře, 2008 19:44

Přílohy jsou povoleny myslím pouze v sekci s přípravou článků, takže to hoď tam a já to sem připnu, případně můžu hodit na web.

Uživatelský avatar
Zelvuska
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 563
Registrován: ned 25 bře, 2007 21:21

Re: Zobrazení molekul

#8 Příspěvek od Zelvuska » pát 28 bře, 2008 19:47

forest píše:Přílohy jsou povoleny myslím pouze v sekci s přípravou článků, takže to hoď tam a já to sem připnu, případně můžu hodit na web.
Mas to tam

Honza
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2397
Registrován: pát 03 lis, 2006 10:46

Re: Zobrazení molekul

#9 Příspěvek od Honza » pát 28 bře, 2008 19:56

Bude se ten navod vydavat? Ma smysl k nemu delat korektury?

Uživatelský avatar
Zelvuska
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 563
Registrován: ned 25 bře, 2007 21:21

Re: Zobrazení molekul

#10 Příspěvek od Zelvuska » pát 28 bře, 2008 19:58

Honza píše:Bude se ten navod vydavat? Ma smysl k nemu delat korektury?
Kam ho chce Forest dat netusim, ale projit si ho samozrejme muzes, najdes ho v sekci pro tvorbu clanku ve zvlastnim vlakne. Snad sem tam nenapsal nejakou blbost 45ff

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17633
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Zobrazení molekul

#11 Příspěvek od forest » pát 28 bře, 2008 20:22

Připojím to sem, jelikož na víc nyní a ani po celý víkend asi mít čas nebudu, ale pokud tomu udělá někdo korekturu a nějaký ten snímek, rád to hned v pondělí hodím na web.

Uživatelský avatar
Zelvuska
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 563
Registrován: ned 25 bře, 2007 21:21

Re: Zobrazení molekul

#12 Příspěvek od Zelvuska » pát 28 bře, 2008 20:25

forest píše:Připojím to sem, jelikož na víc nyní a ani po celý víkend asi mít čas nebudu, ale pokud tomu udělá někdo korekturu a nějaký ten snímek, rád to hned v pondělí hodím na web.
Tak korekturu by mohl udelat Honza a snimky Dugi, pokud sse mu to podle toho navodu podari rozchodit... Ja je udelat nemuzu, protoze Rosettu nepocitam a navic by asi snimky z linuxu moc lidem nepomohly :)

Honza
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2397
Registrován: pát 03 lis, 2006 10:46

Re: Zobrazení molekul

#13 Příspěvek od Honza » pát 28 bře, 2008 20:54

Nic hrozného, jen par preklepu a slovnich parazitu (vsechno je specialni 45hh ).
Taky jsem na rychlopreklad pouzil rychlokorekturu, takze tam urcite jeste neco zbylo nebo se da vylepsit. Ale jako navod je to urcite dostacujici.

Uživatelský avatar
Dugi
31.5789473684 %
31.5789473684 %
Příspěvky: 364
Registrován: čtv 05 črc, 2007 14:16
rok narození: 16 bře 1987
ID CNT statistics: 6455
Bydliště: Jihlava
Kontaktovat uživatele:

Re: Zobrazení molekul

#14 Příspěvek od Dugi » pát 28 bře, 2008 21:08

Tak jsem to vyzkoušel. V Zjistil jsem, že i když jsem to překládal sám, tak že jsem měl postup stejný. Teď odpovím na všechny otázky:
Ano, zkoušel jsem veškeré kombinace.
Pokaždé z toho vylezly dva soubory pro Poznámkový blok. "stderr" a "stdout". Nikde žádný soubor, který by vypadal podle vzoru: : S_XXXX_XXXX.pdb nebo F_XXXX_XXXX.pdb
Zkoušel jsem je přejmenovat na .pdb, ale nic....

Teď zkopíruju obsahy těch dvou souborů, třeba to vyjasní nějakou situaci....
Obsah souboru stderr:
Can't open init data file - running in standalone mode
Can't open init data file - running in standalone mode
# cpu_run_time_pref: 7200
ERROR:: Exit from: .\pose_main.cc line: 219


Obssah souboru stdout:
[STR OPT]Default value for [-description_file] rosetta_description.txt.
[REAL OPT]Default value for [-cpu_frac] 10
[REAL OPT]Default value for [-frame_rate] 10
[INT OPT]Default value for [-cpu_run_time] 7200
command executed: rosetta_5.82_windows_intelx86 -extract -all -fa_input -s xx1jfv.out
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_option_display]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-args_file]
[STR OPT]Default value for [-paths] paths.txt.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-unix_paths]
--------------------------------------------
WARNING:: paths.txt file not found!!
Setting all paths to .\
Using default fragment file names:
aa*****03_05.200_v1_3
aa*****03_05.200_v1_3
--------------------------------------------
[T/F OPT]Default FALSE value for [-version]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-refine]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-assemble]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-idealize]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abrelax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abrelax_mode]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-dock]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-membrane]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-loops]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pdbstats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-interface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-barcode_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-featurize]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pKa]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_looping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-domain_insertion]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-antibody_modeler]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose1]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-bk_min]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-adna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pdna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-prna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jumping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_rhiju]
[T/F OPT]New TRUE value for [-extract]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jump_relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-cst_mode]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-mj_min]
Rosetta mode: pose1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chain]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-protein]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-series]
[INT OPT]Default value for [-nstruct] 10
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_all_chains]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-preserve_header]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_pdb_numbering]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-flip_symmetric_sidechains]
[T/F OPT]New TRUE value for [-fa_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-repack]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_optH]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-overwrite]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_filters]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_pdb_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_silent_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_scorefile_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_silent_out]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-sasapack_bvalues]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-cenlist_values]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-termini]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Nterminus]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Cterminus]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_conformer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_bbind_conformer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-trials_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_trials_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_interaction_graph_memory_usage]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_interaction_graph]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-write_interaction_graph]
[STR OPT]Default value for [-ig_file] .
[T/F OPT]Default FALSE value for [-packer_precompute_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-tight_memory_restrictions]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-lazy_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-linmem_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-minimalist_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_sasa_pack_score]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_dot_kinemage]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pack_low_temp_annealing]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-multi_cool_annealer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-debug_annealer_design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_his_his_pairE]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-silent_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-skip_scorefile_check]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-timer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-count_attempts]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-status]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoy_status]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ise_movie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_all]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_chi_silent]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-accept_all]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-skip_missing_residues]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_input_sc]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_input_cb]
[STR OPT]Default value for [-weightfile] none.
[STR OPT]Default value for [-cst] cst.
[STR OPT]Default value for [-dpl] dpl.
[STR OPT]Default value for [-resfile] none.
[STR OPT]Default value for [-equiv_resfile] none.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-auto_resfile]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chain_inc]
WARNING:: refold_input T, input_fa T
refolding of fullatom input not suppported
setting refold_input F
WARNING:: input_fa T, require_start F
fullatom input not allowed when no starting structures are being input
setting input_fa F
[T/F OPT]Default FALSE value for [-full_filename]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-map_sequence]
[INT OPT]Default value for [-max_frags] 200
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_centroids]
[STR OPT]Default value for [-protein_name_prefix] .
[STR OPT]Default value for [-frags_name_prefix] .
[T/F OPT]Default FALSE value for [-protein_name_prefix_homolog]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_env_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_pair_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_cendist_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_env_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_pair_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_cendist_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_hbond_info]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-monomer_input]
[REAL OPT]Default value for [-vdw_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-env_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-pair_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-cb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-sheet_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-ss_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hs_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-rsigma_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-rg_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-pc_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_atr_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_rep_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_dun_reweight ] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_pair_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_plane_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_solv_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_ref_reweight ] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_pH_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_h2o_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_prob1b_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_gb_elec_reweigh] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_srbb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_lrbb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_sc_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-chainbreak_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-electron_density_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-dummy_model_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-saxs_model_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-Wplane_total] 0
[REAL OPT]Default value for [-barcode_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-barcode_energy_reweight] 1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fa_max_dis]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-hydrogen_interaction_cutoff]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-find_disulf]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fix_disulf]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-prna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_dna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_rna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-dna_interface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_ligand_aa]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-phospho_ser]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-surface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-loops]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-taboo]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-vary_omega]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fine_hb_categories]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-geometric_sol]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-multi_chain]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex3]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex4]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro_half]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2aro_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro_exposed]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2aro_exposed]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-exOH]
[INT OPT]Default value for [-extrachi_cutoff] 18
[T/F OPT]Default FALSE value for [-rot_pert]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-rot_pert_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-exdb]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_electrostatic_repulsion]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-explicit_h2o]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-solvate]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pH]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-try_both_his_tautomers]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-hydrate_dna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex_dna_waters]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-minimize_rot]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_hetero_h2o]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Wint_score_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Wint_repack_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ligand]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enzyme_design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_flag]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_weight]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_threshold]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-scorefxn]
default centroid scorefxn: 4
default fullatom scorefxn: 12
[INT OPT]Default value for [-run_level] 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-silent]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_silent_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-verbose]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-gush]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-yap]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chat]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-inform]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-quiet]
run level: 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-benchmark]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-debug]
[INT OPT]Default value for [-sym_des_units] 1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-mj_min]
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_height] 1
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_width] 1
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_center] 2.79999995
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_exponent] 4
[REAL OPT]Default value for [-smooth_etable_ljweight] 1.15999997
[REAL OPT]Default value for [-smooth_etable_solvweight] 1.5
[STR OPT]New value for [-s] xx1jfv.out.
Starting structure: xx1jfv.out
Reading .\Rama_smooth_dyn.dat_ss_6.4.gz
Reading .\phi.theta.36.HS.resmooth.gz
Reading .\phi.theta.36.SS.resmooth.gz
[STR OPT]Default value for [-atom_vdw_set] default.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-IUPAC]
Atom_mode set to all
Reading .\paircutoffs.gz
[T/F OPT]Default FALSE value for [-interface_ds]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoystats]
set_decoystats_flag: from,to F F
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoyfeatures]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-t32s3]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-evolution]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-evol_recomb]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-profile]
BOINC :: [2008- 3-28 21: 7:22:] :: mode: pose1 :: nstartnum: 1 :: number_of_output: 10 :: num_decoys: 0 :: pct_complete: 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-watchdog]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_benchmark]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_barcode_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-bk_min]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jumping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-electron_density_score]
[T/F OPT]New TRUE value for [-extract]
[T/F OPT]New TRUE value for [-fa_input]
[T/F OPT]New TRUE value for [-s]
[STR OPT]New value for [-s] xx1jfv.out.
[STR OPT]Default value for [-start_pdb] dummy.
ERROR:: Unable to open silent_input file: xx1jfv.out
STOP:: couldnt open silent-file!!
Obrázek

Moje malé diskusní fórum o kosmonautice - http://vesmir.thos.cz

Na čem počítám:
Falcon - noteboook Samsung R530 - Pentium Dual Core 2.1 GHz, 3 GB RAM

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17633
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Zobrazení molekul

#15 Příspěvek od forest » sob 29 bře, 2008 06:06

Aktualizace návodu:

Uživatelský avatar
Zelvuska
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 563
Registrován: ned 25 bře, 2007 21:21

Re: Zobrazení molekul

#16 Příspěvek od Zelvuska » sob 29 bře, 2008 09:50

ERROR:: Unable to open silent_input file: xx1jfv.out
Mozna bych zadrhel videl tady... opravdu se jednotka jmenuje "xx1jfv.out"? Pokud neni chyb v tom, tak je taky moznost (i kdyz to v navodu neni), ze nemuze cist soubor, pokud ta jednotka bezi... Co zkusit pauznout projekt? Nebo by mohla stacit i ta jednotka.

Uživatelský avatar
Dugi
31.5789473684 %
31.5789473684 %
Příspěvky: 364
Registrován: čtv 05 črc, 2007 14:16
rok narození: 16 bře 1987
ID CNT statistics: 6455
Bydliště: Jihlava
Kontaktovat uživatele:

Re: Zobrazení molekul

#17 Příspěvek od Dugi » sob 29 bře, 2008 11:30

Tak je to čím dál tím záhadnější. Uspal jsem BOINC, kouknul jsem do složky a vida - nemusel jsem ani spozuštět ten .bat a hned tam na mě koukaly dva pdb soubory - mohl jsem vidět jejich strukturu.
Potom jsem to zkoušel udělat i u dalších .out souborů, ale zase to nešlo. :smt017
No ale aspoň, že mám ty dva .pdb soubory.
Obrázek

Moje malé diskusní fórum o kosmonautice - http://vesmir.thos.cz

Na čem počítám:
Falcon - noteboook Samsung R530 - Pentium Dual Core 2.1 GHz, 3 GB RAM

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17633
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Zobrazení molekul

#18 Příspěvek od forest » sob 29 bře, 2008 12:56

Chtělo by to tedy pořádně otestovat, aby se to dalo do návodu pro ostatní všechno podrobně popsat.

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17633
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Zobrazení molekul

#19 Příspěvek od forest » čtv 06 lis, 2008 07:57

Měl bych takovou prosbu, přišel někdo na postup, jak ten .pdb soubor opravdu vygenerovat?
Pokoušel jsem se o to jak na Linuxu, tak i na Windows a zatím se mně to ani na jednom systému nepodařilo 45dd

.out soubor se vygeneruje až po dokončení výpočtu, pak nevím zda má být projekt spuštěn a u toho dát ten příkaz, nebo zda má být pozastaven / vypnutý celý BOINC. To jsem se nikde nedočetl. Zkoušel jsem ale všechny varianty a samozřejmě jsem měl zakázané odesílání (tedy komunikaci s netem), aby se ten výsledek neodeslal.

Budu vděčný za každou radu, protože bych chtěl ten návod dát na web, ale to musí být opravdu funkční. Zdá se mně že je to v originálu hodně odfláknuté a bohužel jsem na fóru projektu nenašel že by se to nějak více rozebíralo, byly poskytnuty nějaké užitečné rady, nebo že by někdo hlásil že mu to nejde.

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17633
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Zobrazení molekul

#20 Příspěvek od forest » pát 07 lis, 2008 21:05

Potvrzuji stejnou zkušenost jako DUGI, tedy že ty příkazy jen vygenerují stderr.txt a stdout.txt. Testoval jsem to jak s aplikacimi minirosetty, tak i klasické aplikace rosetty a prostě to zorbalit nejde. Testoval jsoum to rovněž na .out souborech jednotlivých aplikací, bohužel bez výsledku :smt102
Fakt se k tomu testování nikdo nepřidá?

Odpovědět

Zpět na „Rosetta@Home“