Zobrazení molekul
- Dugi
- 31.5789473684 %
- Příspěvky: 364
- Registrován: čtv 05 črc, 2007 14:16
- rok narození: 16 bře 1987
- ID CNT statistics: 6455
- Bydliště: Jihlava
- Kontaktovat uživatele:
Zobrazení molekul
Na stránkách Rosetty jsem našel tenhle návod jak je možné zobrazit molekulu bílkoviny, kterou aplikace zkoumala.
Nevím, jeslti je to chybou návodu (nepravděpodobné), mé angličtiny (trochu pravděpodobnější), nebo mé počítačové neschopnosti (velmi pravděpodobné ), ale ani po několika pokusech se mi nepodařilo dosáhnout kýženého efektu.
Tak se ptám, jeslti se tady najde někdo, kdo to už zkoušel a jestli se mu to podařilo. Myslím, že kdyby navíc někdo ten návod přeložil do češtiny tak by to, myslím, zaujalo nějaké počtáře.
Nevím, jeslti je to chybou návodu (nepravděpodobné), mé angličtiny (trochu pravděpodobnější), nebo mé počítačové neschopnosti (velmi pravděpodobné ), ale ani po několika pokusech se mi nepodařilo dosáhnout kýženého efektu.
Tak se ptám, jeslti se tady najde někdo, kdo to už zkoušel a jestli se mu to podařilo. Myslím, že kdyby navíc někdo ten návod přeložil do češtiny tak by to, myslím, zaujalo nějaké počtáře.
Moje malé diskusní fórum o kosmonautice - https://vesmir.thos.cz
Na čem počítám:
Falcon - noteboook Samsung R530 - Pentium Dual Core 2.1 GHz, 3 GB RAM
Re: Zobrazení molekul
Navod jsem nezkousel, ale prelozit ho muzu. Nekdy o vikendu ho zpracuju a dam ho sem.
Re: Zobrazení molekul
Kostrou zmineneho postupu jsou zhruba tyto body:
Rosetta jako vysledne soubory pouziva .out soboury. To jsou v podstate kompresovane PDB soubory, ktere jsou jiz standardem v oblasti popisu molekularnich struktur.
Takze jde o to rozpakovat vysledny .out soubor a ten pak prohlizet nekterym z free prohlizecu.
Rosetta jako vysledne soubory pouziva .out soboury. To jsou v podstate kompresovane PDB soubory, ktere jsou jiz standardem v oblasti popisu molekularnich struktur.
Takze jde o to rozpakovat vysledny .out soubor a ten pak prohlizet nekterym z free prohlizecu.
- Dugi
- 31.5789473684 %
- Příspěvky: 364
- Registrován: čtv 05 črc, 2007 14:16
- rok narození: 16 bře 1987
- ID CNT statistics: 6455
- Bydliště: Jihlava
- Kontaktovat uživatele:
Re: Zobrazení molekul
Kostru jsem jakž takž pochopil, ale nedokázal jsem to podle návodu provést. Ať jsem to dělal jakkoliv tak z toho nikdy nevypadl výslednej PDB. vždycky mi z toho vylezly dva nějaký divný soubory....
Moje malé diskusní fórum o kosmonautice - https://vesmir.thos.cz
Na čem počítám:
Falcon - noteboook Samsung R530 - Pentium Dual Core 2.1 GHz, 3 GB RAM
Re: Zobrazení molekul
Jak divny? Maji priponu pdb nebo ne?
Jinak ten navod mam prelozeny, ale nejde mi sem dat...neni povolena pripona doc? Divne... zkusim to hodit do pdf a pak to zkusim znovu.
Edit: Tak pdf taky nejde...
Jinak ten navod mam prelozeny, ale nejde mi sem dat...neni povolena pripona doc? Divne... zkusim to hodit do pdf a pak to zkusim znovu.
Edit: Tak pdf taky nejde...
Re: Zobrazení molekul
Taky divny...Zelvuska píše:Edit: Tak pdf taky nejde...
@ Dugi - zkousel jsi obe varianty?
ROSETTA -extract -all -s XXXXXX.out
ROSETTA -extract -all -fa_input -s XXXXXX.out
Zkousel jsi ty dva divne soubory prejmenovat rucne na PDB?
Neporadil si viewer i s divnymi soubory?
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19628
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Zobrazení molekul
Přílohy jsou povoleny myslím pouze v sekci s přípravou článků, takže to hoď tam a já to sem připnu, případně můžu hodit na web.
Re: Zobrazení molekul
Mas to tamforest píše:Přílohy jsou povoleny myslím pouze v sekci s přípravou článků, takže to hoď tam a já to sem připnu, případně můžu hodit na web.
Re: Zobrazení molekul
Bude se ten navod vydavat? Ma smysl k nemu delat korektury?
Re: Zobrazení molekul
Kam ho chce Forest dat netusim, ale projit si ho samozrejme muzes, najdes ho v sekci pro tvorbu clanku ve zvlastnim vlakne. Snad sem tam nenapsal nejakou blbostHonza píše:Bude se ten navod vydavat? Ma smysl k nemu delat korektury?
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19628
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Zobrazení molekul
Připojím to sem, jelikož na víc nyní a ani po celý víkend asi mít čas nebudu, ale pokud tomu udělá někdo korekturu a nějaký ten snímek, rád to hned v pondělí hodím na web.
Re: Zobrazení molekul
Tak korekturu by mohl udelat Honza a snimky Dugi, pokud sse mu to podle toho navodu podari rozchodit... Ja je udelat nemuzu, protoze Rosettu nepocitam a navic by asi snimky z linuxu moc lidem nepomohlyforest píše:Připojím to sem, jelikož na víc nyní a ani po celý víkend asi mít čas nebudu, ale pokud tomu udělá někdo korekturu a nějaký ten snímek, rád to hned v pondělí hodím na web.
Re: Zobrazení molekul
Nic hrozného, jen par preklepu a slovnich parazitu (vsechno je specialni ).
Taky jsem na rychlopreklad pouzil rychlokorekturu, takze tam urcite jeste neco zbylo nebo se da vylepsit. Ale jako navod je to urcite dostacujici.
Taky jsem na rychlopreklad pouzil rychlokorekturu, takze tam urcite jeste neco zbylo nebo se da vylepsit. Ale jako navod je to urcite dostacujici.
- Dugi
- 31.5789473684 %
- Příspěvky: 364
- Registrován: čtv 05 črc, 2007 14:16
- rok narození: 16 bře 1987
- ID CNT statistics: 6455
- Bydliště: Jihlava
- Kontaktovat uživatele:
Re: Zobrazení molekul
Tak jsem to vyzkoušel. V Zjistil jsem, že i když jsem to překládal sám, tak že jsem měl postup stejný. Teď odpovím na všechny otázky:
Ano, zkoušel jsem veškeré kombinace.
Pokaždé z toho vylezly dva soubory pro Poznámkový blok. "stderr" a "stdout". Nikde žádný soubor, který by vypadal podle vzoru: : S_XXXX_XXXX.pdb nebo F_XXXX_XXXX.pdb
Zkoušel jsem je přejmenovat na .pdb, ale nic....
Teď zkopíruju obsahy těch dvou souborů, třeba to vyjasní nějakou situaci....
Obsah souboru stderr:
Can't open init data file - running in standalone mode
Can't open init data file - running in standalone mode
# cpu_run_time_pref: 7200
ERROR:: Exit from: .\pose_main.cc line: 219
Obssah souboru stdout:
[STR OPT]Default value for [-description_file] rosetta_description.txt.
[REAL OPT]Default value for [-cpu_frac] 10
[REAL OPT]Default value for [-frame_rate] 10
[INT OPT]Default value for [-cpu_run_time] 7200
command executed: rosetta_5.82_windows_intelx86 -extract -all -fa_input -s xx1jfv.out
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_option_display]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-args_file]
[STR OPT]Default value for [-paths] paths.txt.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-unix_paths]
--------------------------------------------
WARNING:: paths.txt file not found!!
Setting all paths to .\
Using default fragment file names:
aa*****03_05.200_v1_3
aa*****03_05.200_v1_3
--------------------------------------------
[T/F OPT]Default FALSE value for [-version]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-refine]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-assemble]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-idealize]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abrelax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abrelax_mode]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-dock]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-membrane]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-loops]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pdbstats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-interface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-barcode_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-featurize]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pKa]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_looping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-domain_insertion]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-antibody_modeler]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose1]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-bk_min]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-adna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pdna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-prna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jumping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_rhiju]
[T/F OPT]New TRUE value for [-extract]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jump_relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-cst_mode]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-mj_min]
Rosetta mode: pose1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chain]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-protein]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-series]
[INT OPT]Default value for [-nstruct] 10
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_all_chains]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-preserve_header]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_pdb_numbering]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-flip_symmetric_sidechains]
[T/F OPT]New TRUE value for [-fa_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-repack]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_optH]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-overwrite]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_filters]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_pdb_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_silent_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_scorefile_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_silent_out]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-sasapack_bvalues]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-cenlist_values]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-termini]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Nterminus]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Cterminus]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_conformer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_bbind_conformer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-trials_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_trials_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_interaction_graph_memory_usage]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_interaction_graph]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-write_interaction_graph]
[STR OPT]Default value for [-ig_file] .
[T/F OPT]Default FALSE value for [-packer_precompute_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-tight_memory_restrictions]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-lazy_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-linmem_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-minimalist_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_sasa_pack_score]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_dot_kinemage]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pack_low_temp_annealing]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-multi_cool_annealer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-debug_annealer_design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_his_his_pairE]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-silent_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-skip_scorefile_check]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-timer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-count_attempts]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-status]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoy_status]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ise_movie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_all]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_chi_silent]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-accept_all]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-skip_missing_residues]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_input_sc]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_input_cb]
[STR OPT]Default value for [-weightfile] none.
[STR OPT]Default value for [-cst] cst.
[STR OPT]Default value for [-dpl] dpl.
[STR OPT]Default value for [-resfile] none.
[STR OPT]Default value for [-equiv_resfile] none.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-auto_resfile]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chain_inc]
WARNING:: refold_input T, input_fa T
refolding of fullatom input not suppported
setting refold_input F
WARNING:: input_fa T, require_start F
fullatom input not allowed when no starting structures are being input
setting input_fa F
[T/F OPT]Default FALSE value for [-full_filename]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-map_sequence]
[INT OPT]Default value for [-max_frags] 200
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_centroids]
[STR OPT]Default value for [-protein_name_prefix] .
[STR OPT]Default value for [-frags_name_prefix] .
[T/F OPT]Default FALSE value for [-protein_name_prefix_homolog]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_env_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_pair_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_cendist_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_env_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_pair_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_cendist_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_hbond_info]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-monomer_input]
[REAL OPT]Default value for [-vdw_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-env_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-pair_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-cb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-sheet_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-ss_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hs_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-rsigma_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-rg_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-pc_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_atr_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_rep_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_dun_reweight ] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_pair_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_plane_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_solv_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_ref_reweight ] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_pH_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_h2o_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_prob1b_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_gb_elec_reweigh] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_srbb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_lrbb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_sc_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-chainbreak_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-electron_density_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-dummy_model_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-saxs_model_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-Wplane_total] 0
[REAL OPT]Default value for [-barcode_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-barcode_energy_reweight] 1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fa_max_dis]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-hydrogen_interaction_cutoff]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-find_disulf]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fix_disulf]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-prna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_dna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_rna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-dna_interface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_ligand_aa]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-phospho_ser]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-surface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-loops]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-taboo]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-vary_omega]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fine_hb_categories]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-geometric_sol]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-multi_chain]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex3]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex4]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro_half]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2aro_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro_exposed]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2aro_exposed]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-exOH]
[INT OPT]Default value for [-extrachi_cutoff] 18
[T/F OPT]Default FALSE value for [-rot_pert]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-rot_pert_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-exdb]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_electrostatic_repulsion]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-explicit_h2o]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-solvate]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pH]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-try_both_his_tautomers]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-hydrate_dna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex_dna_waters]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-minimize_rot]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_hetero_h2o]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Wint_score_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Wint_repack_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ligand]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enzyme_design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_flag]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_weight]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_threshold]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-scorefxn]
default centroid scorefxn: 4
default fullatom scorefxn: 12
[INT OPT]Default value for [-run_level] 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-silent]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_silent_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-verbose]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-gush]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-yap]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chat]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-inform]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-quiet]
run level: 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-benchmark]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-debug]
[INT OPT]Default value for [-sym_des_units] 1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-mj_min]
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_height] 1
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_width] 1
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_center] 2.79999995
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_exponent] 4
[REAL OPT]Default value for [-smooth_etable_ljweight] 1.15999997
[REAL OPT]Default value for [-smooth_etable_solvweight] 1.5
[STR OPT]New value for [-s] xx1jfv.out.
Starting structure: xx1jfv.out
Reading .\Rama_smooth_dyn.dat_ss_6.4.gz
Reading .\phi.theta.36.HS.resmooth.gz
Reading .\phi.theta.36.SS.resmooth.gz
[STR OPT]Default value for [-atom_vdw_set] default.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-IUPAC]
Atom_mode set to all
Reading .\paircutoffs.gz
[T/F OPT]Default FALSE value for [-interface_ds]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoystats]
set_decoystats_flag: from,to F F
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoyfeatures]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-t32s3]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-evolution]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-evol_recomb]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-profile]
BOINC :: [2008- 3-28 21: 7:22:] :: mode: pose1 :: nstartnum: 1 :: number_of_output: 10 :: num_decoys: 0 :: pct_complete: 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-watchdog]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_benchmark]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_barcode_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-bk_min]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jumping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-electron_density_score]
[T/F OPT]New TRUE value for [-extract]
[T/F OPT]New TRUE value for [-fa_input]
[T/F OPT]New TRUE value for [-s]
[STR OPT]New value for [-s] xx1jfv.out.
[STR OPT]Default value for [-start_pdb] dummy.
ERROR:: Unable to open silent_input file: xx1jfv.out
STOP:: couldnt open silent-file!!
Ano, zkoušel jsem veškeré kombinace.
Pokaždé z toho vylezly dva soubory pro Poznámkový blok. "stderr" a "stdout". Nikde žádný soubor, který by vypadal podle vzoru: : S_XXXX_XXXX.pdb nebo F_XXXX_XXXX.pdb
Zkoušel jsem je přejmenovat na .pdb, ale nic....
Teď zkopíruju obsahy těch dvou souborů, třeba to vyjasní nějakou situaci....
Obsah souboru stderr:
Can't open init data file - running in standalone mode
Can't open init data file - running in standalone mode
# cpu_run_time_pref: 7200
ERROR:: Exit from: .\pose_main.cc line: 219
Obssah souboru stdout:
[STR OPT]Default value for [-description_file] rosetta_description.txt.
[REAL OPT]Default value for [-cpu_frac] 10
[REAL OPT]Default value for [-frame_rate] 10
[INT OPT]Default value for [-cpu_run_time] 7200
command executed: rosetta_5.82_windows_intelx86 -extract -all -fa_input -s xx1jfv.out
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_option_display]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-args_file]
[STR OPT]Default value for [-paths] paths.txt.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-unix_paths]
--------------------------------------------
WARNING:: paths.txt file not found!!
Setting all paths to .\
Using default fragment file names:
aa*****03_05.200_v1_3
aa*****03_05.200_v1_3
--------------------------------------------
[T/F OPT]Default FALSE value for [-version]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-refine]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-assemble]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-idealize]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abrelax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-abrelax_mode]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-dock]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-membrane]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-loops]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pdbstats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-interface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-barcode_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-featurize]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pKa]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_looping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-domain_insertion]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-antibody_modeler]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose1]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-bk_min]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-adna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pdna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-prna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jumping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_rhiju]
[T/F OPT]New TRUE value for [-extract]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jump_relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-cst_mode]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-mj_min]
Rosetta mode: pose1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chain]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-protein]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-series]
[INT OPT]Default value for [-nstruct] 10
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_all_chains]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-preserve_header]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_pdb_numbering]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-flip_symmetric_sidechains]
[T/F OPT]New TRUE value for [-fa_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-repack]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_optH]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-overwrite]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_filters]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_pdb_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_silent_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_scorefile_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_silent_out]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-sasapack_bvalues]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-cenlist_values]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-termini]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Nterminus]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Cterminus]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_conformer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_bbind_conformer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-trials_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_trials_trie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_relax]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_interaction_graph_memory_usage]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_interaction_graph]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-write_interaction_graph]
[STR OPT]Default value for [-ig_file] .
[T/F OPT]Default FALSE value for [-packer_precompute_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-tight_memory_restrictions]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-lazy_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-linmem_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-minimalist_ig]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_sasa_pack_score]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_dot_kinemage]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pack_low_temp_annealing]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-multi_cool_annealer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-debug_annealer_design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-no_his_his_pairE]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-silent_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-skip_scorefile_check]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-timer]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-count_attempts]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-status]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoy_status]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ise_movie]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_all]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_chi_silent]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-accept_all]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-skip_missing_residues]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_input_sc]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_input_cb]
[STR OPT]Default value for [-weightfile] none.
[STR OPT]Default value for [-cst] cst.
[STR OPT]Default value for [-dpl] dpl.
[STR OPT]Default value for [-resfile] none.
[STR OPT]Default value for [-equiv_resfile] none.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-auto_resfile]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chain_inc]
WARNING:: refold_input T, input_fa T
refolding of fullatom input not suppported
setting refold_input F
WARNING:: input_fa T, require_start F
fullatom input not allowed when no starting structures are being input
setting input_fa F
[T/F OPT]Default FALSE value for [-full_filename]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-map_sequence]
[INT OPT]Default value for [-max_frags] 200
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_centroids]
[STR OPT]Default value for [-protein_name_prefix] .
[STR OPT]Default value for [-frags_name_prefix] .
[T/F OPT]Default FALSE value for [-protein_name_prefix_homolog]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_env_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_pair_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_cendist_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_env_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_pair_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_homolog_cendist_stats_in_farlx]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_hbond_info]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-monomer_input]
[REAL OPT]Default value for [-vdw_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-env_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-pair_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-cb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-sheet_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-ss_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hs_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-rsigma_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-rg_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-pc_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_atr_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_rep_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_dun_reweight ] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_pair_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_plane_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_solv_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_ref_reweight ] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_pH_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_h2o_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_prob1b_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-fa_gb_elec_reweigh] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_srbb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_lrbb_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-hb_sc_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-chainbreak_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-electron_density_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-dummy_model_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-saxs_model_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-Wplane_total] 0
[REAL OPT]Default value for [-barcode_reweight] 1
[REAL OPT]Default value for [-barcode_energy_reweight] 1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fa_max_dis]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-hydrogen_interaction_cutoff]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-find_disulf]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fix_disulf]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-prna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_dna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_rna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-dna_interface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enable_ligand_aa]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-phospho_ser]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-surface]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-loops]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-taboo]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-vary_omega]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-fine_hb_categories]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-geometric_sol]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-multi_chain]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex3]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex4]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro_half]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2aro_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex1aro_exposed]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex2aro_exposed]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-exOH]
[INT OPT]Default value for [-extrachi_cutoff] 18
[T/F OPT]Default FALSE value for [-rot_pert]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-rot_pert_input]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-exdb]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-use_electrostatic_repulsion]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-explicit_h2o]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-solvate]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pH]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-try_both_his_tautomers]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-hydrate_dna]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ex_dna_waters]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-minimize_rot]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-read_hetero_h2o]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Wint_score_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-Wint_repack_only]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-ligand]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-enzyme_design]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_flag]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_weight]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-score_contact_threshold]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-scorefxn]
default centroid scorefxn: 4
default fullatom scorefxn: 12
[INT OPT]Default value for [-run_level] 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-silent]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-output_silent_gz]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-verbose]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-gush]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-yap]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-chat]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-inform]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-quiet]
run level: 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-benchmark]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-debug]
[INT OPT]Default value for [-sym_des_units] 1
[T/F OPT]Default FALSE value for [-mj_min]
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_height] 1
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_width] 1
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_center] 2.79999995
[REAL OPT]Default value for [-mod_hhrep_exponent] 4
[REAL OPT]Default value for [-smooth_etable_ljweight] 1.15999997
[REAL OPT]Default value for [-smooth_etable_solvweight] 1.5
[STR OPT]New value for [-s] xx1jfv.out.
Starting structure: xx1jfv.out
Reading .\Rama_smooth_dyn.dat_ss_6.4.gz
Reading .\phi.theta.36.HS.resmooth.gz
Reading .\phi.theta.36.SS.resmooth.gz
[STR OPT]Default value for [-atom_vdw_set] default.
[T/F OPT]Default FALSE value for [-IUPAC]
Atom_mode set to all
Reading .\paircutoffs.gz
[T/F OPT]Default FALSE value for [-interface_ds]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoystats]
set_decoystats_flag: from,to F F
[T/F OPT]Default FALSE value for [-decoyfeatures]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-t32s3]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-evolution]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-evol_recomb]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-profile]
BOINC :: [2008- 3-28 21: 7:22:] :: mode: pose1 :: nstartnum: 1 :: number_of_output: 10 :: num_decoys: 0 :: pct_complete: 0
[T/F OPT]Default FALSE value for [-watchdog]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_benchmark]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_barcode_stats]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-bk_min]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-jumping]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-pose_abinitio]
[T/F OPT]Default FALSE value for [-electron_density_score]
[T/F OPT]New TRUE value for [-extract]
[T/F OPT]New TRUE value for [-fa_input]
[T/F OPT]New TRUE value for [-s]
[STR OPT]New value for [-s] xx1jfv.out.
[STR OPT]Default value for [-start_pdb] dummy.
ERROR:: Unable to open silent_input file: xx1jfv.out
STOP:: couldnt open silent-file!!
Moje malé diskusní fórum o kosmonautice - https://vesmir.thos.cz
Na čem počítám:
Falcon - noteboook Samsung R530 - Pentium Dual Core 2.1 GHz, 3 GB RAM
Re: Zobrazení molekul
Mozna bych zadrhel videl tady... opravdu se jednotka jmenuje "xx1jfv.out"? Pokud neni chyb v tom, tak je taky moznost (i kdyz to v navodu neni), ze nemuze cist soubor, pokud ta jednotka bezi... Co zkusit pauznout projekt? Nebo by mohla stacit i ta jednotka.ERROR:: Unable to open silent_input file: xx1jfv.out
- Dugi
- 31.5789473684 %
- Příspěvky: 364
- Registrován: čtv 05 črc, 2007 14:16
- rok narození: 16 bře 1987
- ID CNT statistics: 6455
- Bydliště: Jihlava
- Kontaktovat uživatele:
Re: Zobrazení molekul
Tak je to čím dál tím záhadnější. Uspal jsem BOINC, kouknul jsem do složky a vida - nemusel jsem ani spozuštět ten .bat a hned tam na mě koukaly dva pdb soubory - mohl jsem vidět jejich strukturu.
Potom jsem to zkoušel udělat i u dalších .out souborů, ale zase to nešlo.
No ale aspoň, že mám ty dva .pdb soubory.
Potom jsem to zkoušel udělat i u dalších .out souborů, ale zase to nešlo.
No ale aspoň, že mám ty dva .pdb soubory.
Moje malé diskusní fórum o kosmonautice - https://vesmir.thos.cz
Na čem počítám:
Falcon - noteboook Samsung R530 - Pentium Dual Core 2.1 GHz, 3 GB RAM
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19628
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Zobrazení molekul
Chtělo by to tedy pořádně otestovat, aby se to dalo do návodu pro ostatní všechno podrobně popsat.
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19628
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Zobrazení molekul
Měl bych takovou prosbu, přišel někdo na postup, jak ten .pdb soubor opravdu vygenerovat?
Pokoušel jsem se o to jak na Linuxu, tak i na Windows a zatím se mně to ani na jednom systému nepodařilo
.out soubor se vygeneruje až po dokončení výpočtu, pak nevím zda má být projekt spuštěn a u toho dát ten příkaz, nebo zda má být pozastaven / vypnutý celý BOINC. To jsem se nikde nedočetl. Zkoušel jsem ale všechny varianty a samozřejmě jsem měl zakázané odesílání (tedy komunikaci s netem), aby se ten výsledek neodeslal.
Budu vděčný za každou radu, protože bych chtěl ten návod dát na web, ale to musí být opravdu funkční. Zdá se mně že je to v originálu hodně odfláknuté a bohužel jsem na fóru projektu nenašel že by se to nějak více rozebíralo, byly poskytnuty nějaké užitečné rady, nebo že by někdo hlásil že mu to nejde.
Pokoušel jsem se o to jak na Linuxu, tak i na Windows a zatím se mně to ani na jednom systému nepodařilo
.out soubor se vygeneruje až po dokončení výpočtu, pak nevím zda má být projekt spuštěn a u toho dát ten příkaz, nebo zda má být pozastaven / vypnutý celý BOINC. To jsem se nikde nedočetl. Zkoušel jsem ale všechny varianty a samozřejmě jsem měl zakázané odesílání (tedy komunikaci s netem), aby se ten výsledek neodeslal.
Budu vděčný za každou radu, protože bych chtěl ten návod dát na web, ale to musí být opravdu funkční. Zdá se mně že je to v originálu hodně odfláknuté a bohužel jsem na fóru projektu nenašel že by se to nějak více rozebíralo, byly poskytnuty nějaké užitečné rady, nebo že by někdo hlásil že mu to nejde.
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19628
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Zobrazení molekul
Potvrzuji stejnou zkušenost jako DUGI, tedy že ty příkazy jen vygenerují stderr.txt a stdout.txt. Testoval jsem to jak s aplikacimi minirosetty, tak i klasické aplikace rosetty a prostě to zorbalit nejde. Testoval jsoum to rovněž na .out souborech jednotlivých aplikací, bohužel bez výsledku
Fakt se k tomu testování nikdo nepřidá?
Fakt se k tomu testování nikdo nepřidá?