výzkum COVID 19 na Rosettě

Fórum o projektu

Moderátoři: petnek, Zelvuska, nenym

Zpráva
Autor
Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18028
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

výzkum COVID 19 na Rosettě

#1 Příspěvek od forest »

Na stránkách Rosetta@home jsem našel následující oznámení:

Děkujeme všem dobrovolníkům Rosetta@home za vaše příspěvky, které nám pomohou přesně modelovat důležité proteiny koronaviru. Společný výpočetní výkon, který poskytujete prostřednictvím tohoto projektu pomáhá akademickým výzkumným skupinám po celém světě modelovat právě aktuálně důležité proteinové struktury.

„Jsme rádi, že můžeme oznámit, že sada molekulárního modelování Rosetta byla nedávno použita k přesné predikci struktury důležitého proteinu koronaviru před tím, než by bylo časové možné jej prozkoumat v laboratoři. Znalosti získané studiem tohoto virového proteinu se nyní používají pro návrh nových vakcín a antivirových léčiv. “

Od vydání genomových sekvencí SARS-CoV-2 na konci ledna, bylo na Rosetta@home prostřednictvím počítačů mnoha dobrovolníků modelováno několik důležitých proteinů nového koronového viru. Seznam těchto proteinů veřejně poskytuje Centrum strukturální genomiky Seattle pro infekční onemocnění (SSGCID).


Zdroj: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

Originál:
Thank you to all R@h volunteers for your contributions to help accurately model important coronavirus proteins. The collective computing power that you provide through R@h helps academic research groups world wide model important protein structures like these.

From a recent IPD news post:

"We are happy to report that the Rosetta molecular modeling suite was recently used to accurately predict the atomic-scale structure of an important coronavirus protein weeks before it could be measured in the lab. Knowledge gained from studying this viral protein is now being used to guide the design of novel vaccines and antiviral drugs."

Since the release of SARS-CoV-2 genome sequences in late January, a number of important corona virus proteins like the one described above have been modeled on R@h volunteer computers. A list of these proteins is provided by the Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID).

Uživatelský avatar
RoKro
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 829
Registrován: pon 31 srp, 2009 08:57
rok narození: 29 črc 1970
ID CNT statistics: 10234
Bydliště: Beroun
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#2 Příspěvek od RoKro »

Nepochopil jsem z toho, jestli už je dopočítáno, nebo se počítá stále. Myslím samozřejmě COVIDa. Páč bych to tam klidně z WCG přeměroval.
Obrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18028
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#3 Příspěvek od forest »

Zaměřili se na proteiny, které mohou mít souvislost s tímto virem. Takových ale může být velká spousta, takže poskytnutý výkon bude posouvat znolosti celé problematiky kupředu. Není to určitě práce na pár dní, nebo týdnů. Tedy vše záleží na posktnutém výkonu samozřejmě. Počítače v majetku týmu a své postupně přesměrovávám na Rosettu.

Jednak pomůže vlastní poskytnutý výkon, ale také hromadné rozšíření povědomí o této možnosti pomoci, v boji proti chorobě. Kdo tedy využíváte moderní sociální sítě (v tomto bohužel nepomohu), nebo se účastníte různých internetových diskusí na toto téma, tak prosím šiřte tuto informaci hromadně dál. Každý den o který se nám podaří zkrátit výzkum léků a vakcín, může zachránit spoustu lidských životů. Potažmo někoho, koho sami znáte.

Posílejte zároveň odkaz na návod na instalaci systému BOINC, který máme na stránkách, aby případní zájemci o pomoc netápali: https://czechnationalteam.cz/content/nv ... ystm-boinc

pokud by někdo (třeba Alien) zvládl videonávod na youtube čistě na Rosettu, bylo by to ještě mnohem lepší.

Albert
15.7894736842 %
15.7894736842 %
Příspěvky: 137
Registrován: úte 05 led, 2016 14:25
rok narození: 05 črc 1969
ID CNT statistics: 22548
Bydliště: Kotvrdovice

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#4 Příspěvek od Albert »

Rosetta úkoly s výpočty proteinů COVID-19 aktuálně zasílá:
Přílohy
Covid19.png
Covid19.png (58.06 KiB) Zobrazeno 998 x

Dzordzik
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2224
Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
rok narození: 18 zář 1980
ID CNT statistics: 503
Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#5 Příspěvek od Dzordzik »

Podle jakého stringu poznáš, že to je zrovna COVID?
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W

Abby
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 633
Registrován: pát 08 pro, 2017 21:24
ID CNT statistics: 26303

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#6 Příspěvek od Abby »

Jsem na tom stejně, taky mi posílá, akorát já si netvořím zásobu.
Poznámka 2020-03-20 135810.png
Poznámka 2020-03-20 135810.png (132.68 KiB) Zobrazeno 961 x
Dzordzik u mě čtvrtý řádek shora, u Alberta jich tam je víc - COVID-19

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18028
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#7 Příspěvek od forest »

Honza1616 píše:
pát 20 bře, 2020 20:50
Dzordzik píše:
pát 20 bře, 2020 13:57
Podle jakého stringu poznáš, že to je zrovna COVID?
Rosetta aktuálně počítá vše a zároveň nic ve prospěch hledání léku na COVID-19,
je to zvláštní to takto říct, ale to modelování proteinu se hodí i pro jiné léky a výsledky se dají aplikovat na různé nemoci nejen COVID-19, pokud tedy najdou potenciální markery které se třeba nehodí jako možný lék na HIV tak ho mohou zkusit použít na COVID-19
Vždyť i ty konkrétní jednotky mají v názvu "COVID-19", viz. třeba fotka kterou sem postovala Abby. Ano, zbylé jsou zpracovávány v rámci i dalších proteinů, které mohou, ale nemusejí pomoci při hledání léků proti této nemoci, ale jsou v zásobě i tyto konkrétní vybrané proteiny a jsou tak i označené. Na strojích jsem jich našel hned několik.

Dzordzik
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2224
Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
rok narození: 18 zář 1980
ID CNT statistics: 503
Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#8 Příspěvek od Dzordzik »

Aha, přehlédl jsem. U mě na velkém rozlišení skoro nejde přečíst text v tom jejím obrázku a zvětšit mi nejde.
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18028
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#9 Příspěvek od forest »

Dnes je docela problém dočerpat dostatek práce. Doporučuji si navýšit zásobu a nastavit delší čas jednotek. O projekt je evidentně s ohledem na jeho zaměření nyní velký zájem.

oskar1947
10.5263157895 %
10.5263157895 %
Příspěvky: 59
Registrován: úte 22 bře, 2016 21:44
rok narození: 09 bře 1947
ID CNT statistics: 21323

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#10 Příspěvek od oskar1947 »

Take jsem ted na rosette s pc a notebookem vcera me jeste covid 19 neprisel ale dnes mam take 5 jednotek ale z celkoveho poctu pres 20 ale je to nadejne ze to bude pribyvat

Abby
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 633
Registrován: pát 08 pro, 2017 21:24
ID CNT statistics: 26303

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#11 Příspěvek od Abby »

Já jsem měla vždycky nastaveno 2 hodiny a teď už několik dnů mám 6 hodin. Dokonce jsem zvedla výkon na povolená jádra na 100% a výpočet běží non-stop. Považuji to za hodně důležité a teď ještě mnohem víc. Vůbec nejde o honění číslíček, syslení jednotek a závodění ale o co nejdřívější nalezení léku. Teď není čas na jáismus, teď jde o nás o všechny.

Dzordzik
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2224
Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
rok narození: 18 zář 1980
ID CNT statistics: 503
Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#12 Příspěvek od Dzordzik »

Abby, zvedni ten čas na maximum co budeš moct. Funguje to tak, že kolik nastavíš, tak dlouho se ti jednotka bude počítat. Tj. i o to méně častěji budeš čekat nebo stahovat jednotky. Čím delší čas nastavíš, tím víc simulací nad těmi samými daty se provede. Serveru se hodně oddychne.
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18028
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#13 Příspěvek od forest »

Jen za poslední týden se k nám do týmu připojilo 39 nových členů, což je zhruba trojnásobek průměru z posledních měsíců. Většina začínala na Rosettě, ale postupně zkoušejí i jiné projekty, například GPUGRID. Asi nechtějí nechat zahálet své GPU.

Zdravím všechny nováčky v našem týmu :smt006 Pokud byste měli jakýkoliv problém, nebo najasnost, pište bez obav do patřičných vláken, nebo do nových, pokud vhodné nenajdete.

Jsem moc rád, že společně alespoň tímto způsobem můžeme všichni bojovat proti té šílenosti, která je všude kolem nás a kdo ví, co nás ještě teprve čeká.

Abby
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 633
Registrován: pát 08 pro, 2017 21:24
ID CNT statistics: 26303

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#14 Příspěvek od Abby »

Dzordzik píše:
úte 24 bře, 2020 17:18
Abby, zvedni ten čas na maximum co budeš moct. Funguje to tak, že kolik nastavíš, tak dlouho se ti jednotka bude počítat. Tj. i o to méně častěji budeš čekat nebo stahovat jednotky. Čím delší čas nastavíš, tím víc simulací nad těmi samými daty se provede. Serveru se hodně oddychne.
Na maximum co budu moct nebo na maximum co je možné nastavit? A co třeba přerušení výpočtu, například přes noc (přeci jen upřednostním kvalitní spánek a i když mám ventilátory Noctua a celkem dobrý AiO tak určitý hluk to vydává), to nevadí?

Dadu from Silesia
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1179
Registrován: úte 03 úno, 2009 21:23
rok narození: 03 bře 1984
ID CNT statistics: 10156
Bydliště: Opava

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#15 Příspěvek od Dadu from Silesia »

Používáš hybernaci? Pokud vím tak tahle funkce ukládá obsah ramky na HDD při přechodu do spánku, takže pokud v Boinc nastavíš - Ponechat úkoly nevyužívajícá GPU v paměti, když jsou výpočty pozastaveny.
Tak by teoreticky nemělo dojít k přerušení výpočtů a ráno by se zase rozjeli.

Uživatelský avatar
® Plšák Ráďa ®
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1013
Registrován: čtv 10 led, 2013 00:41
rok narození: 0- 0-1977
ID CNT statistics: 15767

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#16 Příspěvek od ® Plšák Ráďa ® »

Hibernace počítače je fajn a u některých projektů bych řekl je doporučenou nutností, která eliminuje při resetu práce někdy i desítky procent rozeběhnutých prací. Což je někdy ve výsledku spousta propáleného času navíc a škoda to dohánět (WCG, einstein atd.). Každopádně jednou za čas je nutné provést čistý restart windowsů na uvolnění ramky.
Motto: "Pokrok vědy nezastavíš, ale i ty ho můžeš urychlit." © 2014 Plšák Ráďa User of The Day
Obrázek

Dzordzik
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2224
Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
rok narození: 18 zář 1980
ID CNT statistics: 503
Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#17 Příspěvek od Dzordzik »

Nevím co máte za Windowsy vy, ale já jsem je nikdy kvůli uvolnění RAMky restartovat nemusel. Ani u Win7. Pokud něco žere RAm, tak to prostě sestřelit ve správci procesů a hotovo. Běžně jsem měl na Win runtime bez restartu několik 1-5 měsíců. To už i Linux restartuju častěji než Windowsy. A to většinou, když se tak zacyklí, že přestanou reagovat na cokoli, tak nemám trpělivost čekat až se uráčí zareagovat a raději jej sestřelím. Tak jako tak to ale není chyba OS ale moje, prostě jsem jej přetížil natolik, že mu došly prostředky.
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W

Uživatelský avatar
® Plšák Ráďa ®
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1013
Registrován: čtv 10 led, 2013 00:41
rok narození: 0- 0-1977
ID CNT statistics: 15767

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#18 Příspěvek od ® Plšák Ráďa ® »

Dzordziku ty rejpale alias Drozde (vtípek), např. ten můj šnek T5250 co mi počítá momentálně WCG rád hibernuji, aby se mi nenulovaly procenta do záchytných bodů a nemusel to počítat 2x tolik času. A jednou za čas, když už to vykazuje v taskmanagerovi 15 dní výpočtů mu ulehčím paměť resetem z 20-tého patra z budovy FSI v Brně :D 45hh 33aaa
Motto: "Pokrok vědy nezastavíš, ale i ty ho můžeš urychlit." © 2014 Plšák Ráďa User of The Day
Obrázek

Dzordzik
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2224
Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
rok narození: 18 zář 1980
ID CNT statistics: 503
Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#19 Příspěvek od Dzordzik »

No jooo, ale ty si psal o počítači, ne o muzejním kousku :-)
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18028
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#20 Příspěvek od forest »

Po pročtení internetových novinek jsem strašně rád, že jsem vše až do PG turnaje přesměroval na Rosettu. Její výzkumy na jednotkách pro Covit-19 ve mě drží alespoň trochu naděje a pocitu toho, že proti tomu nějak pomáháme společně bojovat. Nárůst výkonu odváděný pro tento projekt v posledních týdnech je obrovský. Snad se nám podaří alespoň o několik měsíců zkrátit to čekání na účinné léky a případně i vakcínu, proti tomuto novému druhu moru. Odskočím si na tři dny zasoutěžit na PG a hned poté opět plnou sílu co mám, vrhám pro tento výzkum.

Odpovědět

Zpět na „Rosetta@Home“