Rosetta - OT k Covitu 19

Fórum o projektu
Zpráva
Autor
Michal Kinďura
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 731
Registrován: úte 21 čer, 2011 13:26
ID CNT statistics: 16075

Rosetta - OT k Covitu 19

#1 Příspěvek od Michal Kinďura »

RoKro píše: čtv 19 bře, 2020 11:26 Nepochopil jsem z toho, jestli už je dopočítáno, nebo se počítá stále. Myslím samozřejmě COVIDa. Páč bych to tam klidně z WCG přeměroval.
Píšou to v minulém čase. A pokud se nepletu, tak stejně o tom mluvili i na nějakém českém bulvárním serveru.

Mod.Sense (admin) napsal v tom diskusním vláknu akorát "Sorry, no way to request specific types of work units. So be sure to keep in mind that any non-COVID-19 work units are helping develop the tool that was able to provide such an immediate and accurate structure prediction of the virus."

Dále už tam žádné vyjasnění není. Takže myslím že nic výhradního pro koronavirus se na Rosettě nepočítá.

Abby

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#2 Příspěvek od Abby »

Je lepší teď počítač Rosettu nebo Folding at Home když se chci zaměřit pokud možno jen na k-virus?

Uživatelský avatar
RoKro
52.6315789474 %
52.6315789474 %
Příspěvky: 1437
Registrován: pon 31 srp, 2009 08:57
rok narození: 29 črc 1970
ID CNT statistics: 10234
Bydliště: Beroun
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#3 Příspěvek od RoKro »

No já se osobně s CPU vrátil na WCG cancer markers a GPU mám na FaH, práce sice občas není, ale často přidělí něco z projektu "Jehož jméno se bojíme vyslovit".
Co píšou na tý Rose, tak to chápu, že je to klasickej výzkum proteinů, jehož výsledky by se mohly hodit i proti koronáčovi, nicméně jde o horizont jednotek let. Ale moji schopnost porozumět anglickému textu berte s rezervou, navíc jsem to jen prolít.
Obrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 19628
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#4 Příspěvek od forest »

Michal Kinďura píše: čtv 19 bře, 2020 16:10
RoKro píše: čtv 19 bře, 2020 11:26 Nepochopil jsem z toho, jestli už je dopočítáno, nebo se počítá stále. Myslím samozřejmě COVIDa. Páč bych to tam klidně z WCG přeměroval.
Píšou to v minulém čase.


S tím nemohu souhlasit. Nejsem žádná anglický guru, ale ta hlavní věta z novinky na jejich webu není psaná v čase minulém, ale přítomném:
Thank you to all R@h volunteers for your contributions to help accurately model important coronavirus proteins. The collective computing power that you provide through R@h helps academic research groups world wide model important protein structures like these.
Tedy výzkum "pomáhá" akademickým výzkumným skupinám. Jak jsem již zmínil, toto není práce ani na dny, ani na týdny, ale dílčí výsledky mohou ten výzkum výrazně urychlit. A právě zde se rovná více výkonu=dřívější výsledky=dřívější lék na trhu.

Uživatelský avatar
Honza1616
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1058
Registrován: sob 09 kvě, 2015 13:05
rok narození: 22 lis 1991
ID CNT statistics: 18396
Bydliště: Lysice
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#5 Příspěvek od Honza1616 »

Dzordzik píše: pát 20 bře, 2020 13:57 Podle jakého stringu poznáš, že to je zrovna COVID?
Rosetta aktuálně počítá vše a zároveň nic ve prospěch hledání léku na COVID-19,
je to zvláštní to takto říct, ale to modelování proteinu se hodí i pro jiné léky a výsledky se dají aplikovat na různé nemoci nejen COVID-19, pokud tedy najdou potenciální markery které se třeba nehodí jako možný lék na HIV tak ho mohou zkusit použít na COVID-19
Nová tabulka srovnání týmových počítačů https://docs.google.com/spreadsheets/d/ ... ge=116:116
testovací balíček https://drive.google.com/file/d/1G0cGDj ... nV30cqKxkz
video návod jak správně provést test https://youtu.be/ctxzxdsdVpI
výsledky posílejte zde viewtopic.php?f=24&t=4553 tabulku mohou editovat jen správci z důvodu ochrany vložených dat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
master - Offline předběžný prodej čehokoliv kromě disků- i9-9900k, Gigabyte Z390 AORUS MASTER -CF, Gigabyte RTX2080ti, 32GB DDR4 3500MHz, M.2 Samsung EVO 960 + SSHD (2TB), zdroj Zalman ZM-1200(1200W), Win10Pro 64bit
slave 1 Offline celá sestava na prodej- Ryzen 9 3900X, ASUS B550 F Gaming WIFI, Asus GTX1080, 16GB DDR4, SSD OCZ TRION 100 (250GB), zdroj Corsair RM850 (850W), Win10Pro 64bit
slave 2 Offline - čeká na vydání HW (podzim 2022) :idea: Ryzen 9 79** :?: , AM5 :?: , 32-64 GB DDR5 :?: RTX4080(ti) :?: , SSD WD_Black SN850 1TB

Uživatelský avatar
Honza1616
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1058
Registrován: sob 09 kvě, 2015 13:05
rok narození: 22 lis 1991
ID CNT statistics: 18396
Bydliště: Lysice
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#6 Příspěvek od Honza1616 »

Abby píše: pát 20 bře, 2020 13:59 Jsem na tom stejně, taky mi posílá, akorát já si netvořím zásobu.
máš na profilu projektu v předvolbách povolené všechny aplikace ?
Nová tabulka srovnání týmových počítačů https://docs.google.com/spreadsheets/d/ ... ge=116:116
testovací balíček https://drive.google.com/file/d/1G0cGDj ... nV30cqKxkz
video návod jak správně provést test https://youtu.be/ctxzxdsdVpI
výsledky posílejte zde viewtopic.php?f=24&t=4553 tabulku mohou editovat jen správci z důvodu ochrany vložených dat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
master - Offline předběžný prodej čehokoliv kromě disků- i9-9900k, Gigabyte Z390 AORUS MASTER -CF, Gigabyte RTX2080ti, 32GB DDR4 3500MHz, M.2 Samsung EVO 960 + SSHD (2TB), zdroj Zalman ZM-1200(1200W), Win10Pro 64bit
slave 1 Offline celá sestava na prodej- Ryzen 9 3900X, ASUS B550 F Gaming WIFI, Asus GTX1080, 16GB DDR4, SSD OCZ TRION 100 (250GB), zdroj Corsair RM850 (850W), Win10Pro 64bit
slave 2 Offline - čeká na vydání HW (podzim 2022) :idea: Ryzen 9 79** :?: , AM5 :?: , 32-64 GB DDR5 :?: RTX4080(ti) :?: , SSD WD_Black SN850 1TB

Abby

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#7 Příspěvek od Abby »

Honza1616 píše: pát 20 bře, 2020 20:52 máš na profilu projektu v předvolbách povolené všechny aplikace ?
Nechápu jak to souvisí s tím co jsem napsala.

Uživatelský avatar
Honza1616
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1058
Registrován: sob 09 kvě, 2015 13:05
rok narození: 22 lis 1991
ID CNT statistics: 18396
Bydliště: Lysice
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#8 Příspěvek od Honza1616 »

Abby píše: pát 20 bře, 2020 20:53
Honza1616 píše: pát 20 bře, 2020 20:52 máš na profilu projektu v předvolbách povolené všechny aplikace ?
Nechápu jak to souvisí s tím co jsem napsala.
pardon spletl jsem se.... neřeš 45hh
klidně to smažte...
Nová tabulka srovnání týmových počítačů https://docs.google.com/spreadsheets/d/ ... ge=116:116
testovací balíček https://drive.google.com/file/d/1G0cGDj ... nV30cqKxkz
video návod jak správně provést test https://youtu.be/ctxzxdsdVpI
výsledky posílejte zde viewtopic.php?f=24&t=4553 tabulku mohou editovat jen správci z důvodu ochrany vložených dat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
master - Offline předběžný prodej čehokoliv kromě disků- i9-9900k, Gigabyte Z390 AORUS MASTER -CF, Gigabyte RTX2080ti, 32GB DDR4 3500MHz, M.2 Samsung EVO 960 + SSHD (2TB), zdroj Zalman ZM-1200(1200W), Win10Pro 64bit
slave 1 Offline celá sestava na prodej- Ryzen 9 3900X, ASUS B550 F Gaming WIFI, Asus GTX1080, 16GB DDR4, SSD OCZ TRION 100 (250GB), zdroj Corsair RM850 (850W), Win10Pro 64bit
slave 2 Offline - čeká na vydání HW (podzim 2022) :idea: Ryzen 9 79** :?: , AM5 :?: , 32-64 GB DDR5 :?: RTX4080(ti) :?: , SSD WD_Black SN850 1TB

Abby

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#9 Příspěvek od Abby »

Říkala jsem si jestli nejde o chybu :-D Neléčíš k-virus slivovicí? :-D

Uživatelský avatar
Honza1616
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1058
Registrován: sob 09 kvě, 2015 13:05
rok narození: 22 lis 1991
ID CNT statistics: 18396
Bydliště: Lysice
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#10 Příspěvek od Honza1616 »

Abby píše: sob 21 bře, 2020 00:44 Říkala jsem si jestli nejde o chybu :-D Neléčíš k-virus slivovicí? :-D
oči už skoro zalepené, sotva jsem je udržel otevřené a mozek už taky nereagoval, písmenka a slova mi tam přeskakovala a objevovala se slova co tam nejsou 45hh
do toho jsem odpovídal na nějaké komentáře jinde, ve vztahu k Foldingu a mozek si to asi překopal že i Rosetta nezasílá práci 45hh

asi nějaká jiná nemoc, symptomy ukazují jasně, řekl bych večerní únava... :?: 45hh 45hh
Nová tabulka srovnání týmových počítačů https://docs.google.com/spreadsheets/d/ ... ge=116:116
testovací balíček https://drive.google.com/file/d/1G0cGDj ... nV30cqKxkz
video návod jak správně provést test https://youtu.be/ctxzxdsdVpI
výsledky posílejte zde viewtopic.php?f=24&t=4553 tabulku mohou editovat jen správci z důvodu ochrany vložených dat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
master - Offline předběžný prodej čehokoliv kromě disků- i9-9900k, Gigabyte Z390 AORUS MASTER -CF, Gigabyte RTX2080ti, 32GB DDR4 3500MHz, M.2 Samsung EVO 960 + SSHD (2TB), zdroj Zalman ZM-1200(1200W), Win10Pro 64bit
slave 1 Offline celá sestava na prodej- Ryzen 9 3900X, ASUS B550 F Gaming WIFI, Asus GTX1080, 16GB DDR4, SSD OCZ TRION 100 (250GB), zdroj Corsair RM850 (850W), Win10Pro 64bit
slave 2 Offline - čeká na vydání HW (podzim 2022) :idea: Ryzen 9 79** :?: , AM5 :?: , 32-64 GB DDR5 :?: RTX4080(ti) :?: , SSD WD_Black SN850 1TB

Abby

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#11 Příspěvek od Abby »

Tak to by chtělo odpočívat, je víkend tak zůstat hezky v postýlce :-)

Uživatelský avatar
® Plšák Ráďa ®
52.6315789474 %
52.6315789474 %
Příspěvky: 1306
Registrován: čtv 10 led, 2013 00:41
rok narození: 0- 7-1977
ID CNT statistics: 15767

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#12 Příspěvek od ® Plšák Ráďa ® »

Dzordzik píše: sob 21 bře, 2020 16:50 Aha, přehlédl jsem. U mě na velkém rozlišení skoro nejde přečíst text v tom jejím obrázku a zvětšit mi nejde.
Tak jsem si vyzkoušel, jak funguje u různých prohlížečů funkce lupa držením CTRL+kolečko myši. Mám jen nainstalováno OPERA, Thor, IE.
Opera zvětšuje jak text, tak obrázky.
IE, Thor zvětšují pouze text, obrázky zůstávají nezměněny.

Takže teď už chápu, proč nedokážeš možná v prohlížeči zvětšit text postovaného obrázku, s kterým já nemám žádný problém si ho s textem zvětšit. Protože po celou dobu používání Opery ještě před verzí 12, jsem s tím neměl nikdy problém. 45bb
Motto: "Pokrok vědy nezastavíš, ale i ty ho můžeš urychlit." © 2014 Plšák Ráďa User of The Day
Obrázek

(Pozn. veškeré informace jsou z českých médií rozhlasových, televizních a nějaké fake news z internetu. Proto informační hodnota mého příspěvku je vždy nulová a radši to nečtěte. Televizní zprávy po 19 hodině sleduji minimálně a nehodlám se otečkovat vakcínou C19 verzí č.1 až 3, počkám si na revizi vakcíny splňující normy paní MUDr. S. Pekové, PhD..) 45cc

Dzordzik
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2448
Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
rok narození: 18 zář 1980
ID CNT statistics: 503
Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#13 Příspěvek od Dzordzik »

Jj. A já navíc kvůli bezpečnosti používám ještě jiný browser než ty.
Každopádně dnes mi poprvé přišly i COVID jednotky. Doteď jsem nedostal ani jednu. Dneska 5 po sobě.
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W

Abby

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#14 Příspěvek od Abby »

Mě se stává v poslední době že se nedaří stáhnout jednu jednotku, trvá to klidně několik hodin než to stahování ručně zruším a pak se teprve stáhnou nové... Na dnešek to takhle viselo skoro 13 hodin a nic to nepočítalo, protože to nové jednotky nechtělo stáhnout, protože tam visela ta jedna.

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 19628
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#15 Příspěvek od forest »

Jak jsem již psal, ideální je nastavit dlouhé jednotky a velkou zásobu. Také jsem se setkal s tím, že bylo nutné jeden soubor odstřelit, aby se stahovaly další jednotky, ale nebývá to běžné. Možná je to tím aktuálním vytížením. Je to znát i na stoupajícím výkonu našeho týmu, i na rapidně stoupajícím výkonu celého projektu celosvětově.

Uživatelský avatar
Honza1616
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1058
Registrován: sob 09 kvě, 2015 13:05
rok narození: 22 lis 1991
ID CNT statistics: 18396
Bydliště: Lysice
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#16 Příspěvek od Honza1616 »

forest píše: sob 21 bře, 2020 17:46 Dnes je docela problém dočerpat dostatek práce. Doporučuji si navýšit zásobu a nastavit delší čas jednotek. O projekt je evidentně s ohledem na jeho zaměření nyní velký zájem.
pokud už i Rosetta má problém se zásobou
tak je ještě možné nastavit max. zásobu jak říkáš a ještě nastavit si udici na lov úkolů
na ploše, v adresáři projektu, nebo kdekoliv jinde si vytvořte texťák a vložte

Kód: Vybrat vše

C:
cd "C:\Program Files\BOINC\"
:SEM
boinccmd.exe --project boinc.bakerlab.org/rosetta/ update
TIMEOUT 15
GOTO SEM
"uložte jako" třeba Rosetta.bat
je tam 15 vteřin na aktualizaci to si můžete dle libosti změnit
ale to přece znáte z Pentathlonu a natahování zásoby na přepočítávání, ne ? 33aaa 45hh
Nová tabulka srovnání týmových počítačů https://docs.google.com/spreadsheets/d/ ... ge=116:116
testovací balíček https://drive.google.com/file/d/1G0cGDj ... nV30cqKxkz
video návod jak správně provést test https://youtu.be/ctxzxdsdVpI
výsledky posílejte zde viewtopic.php?f=24&t=4553 tabulku mohou editovat jen správci z důvodu ochrany vložených dat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
master - Offline předběžný prodej čehokoliv kromě disků- i9-9900k, Gigabyte Z390 AORUS MASTER -CF, Gigabyte RTX2080ti, 32GB DDR4 3500MHz, M.2 Samsung EVO 960 + SSHD (2TB), zdroj Zalman ZM-1200(1200W), Win10Pro 64bit
slave 1 Offline celá sestava na prodej- Ryzen 9 3900X, ASUS B550 F Gaming WIFI, Asus GTX1080, 16GB DDR4, SSD OCZ TRION 100 (250GB), zdroj Corsair RM850 (850W), Win10Pro 64bit
slave 2 Offline - čeká na vydání HW (podzim 2022) :idea: Ryzen 9 79** :?: , AM5 :?: , 32-64 GB DDR5 :?: RTX4080(ti) :?: , SSD WD_Black SN850 1TB

Abby

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#17 Příspěvek od Abby »

Nepřijde mi že by měli nedostatek jednotek, spíš mají přetížené servery (před chvílí hláška o nedostupnosti a že internet connection is OK). Takže tou udicí to jen zabijete ještě víc, děkujeme pěkně. Nejde o to honit body, jde o pomoc s hledáním léku na koronavirus. Tohle není o soutěžení mít co nejvíc číslíček.

Uživatelský avatar
Honza1616
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1058
Registrován: sob 09 kvě, 2015 13:05
rok narození: 22 lis 1991
ID CNT statistics: 18396
Bydliště: Lysice
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#18 Příspěvek od Honza1616 »

Abby píše: ned 22 bře, 2020 19:02 Nepřijde mi že by měli nedostatek jednotek, spíš mají přetížené servery (před chvílí hláška o nedostupnosti a že internet connection is OK). Takže tou udicí to jen zabijete ještě víc, děkujeme pěkně. Nejde o to honit body, jde o pomoc s hledáním léku na koronavirus. Tohle není o soutěžení mít co nejvíc číslíček.
nevím jaký je stav serveru a kolik je dostupné práce a co ti to píše za hlášky,
zaznělo zde, že je dobré si nastavit velkou zásobu, z toho vycházím že projekt má nějaký problém ale protože ho nepočítám tak nevím jaký
a nemusíš mít strach, já Rosettu ani folding nepočítám takže ani žádnou udici nepotřebuji
takže nic nezabíjím a nemusíš mi děkovat 45cc
Nová tabulka srovnání týmových počítačů https://docs.google.com/spreadsheets/d/ ... ge=116:116
testovací balíček https://drive.google.com/file/d/1G0cGDj ... nV30cqKxkz
video návod jak správně provést test https://youtu.be/ctxzxdsdVpI
výsledky posílejte zde viewtopic.php?f=24&t=4553 tabulku mohou editovat jen správci z důvodu ochrany vložených dat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
master - Offline předběžný prodej čehokoliv kromě disků- i9-9900k, Gigabyte Z390 AORUS MASTER -CF, Gigabyte RTX2080ti, 32GB DDR4 3500MHz, M.2 Samsung EVO 960 + SSHD (2TB), zdroj Zalman ZM-1200(1200W), Win10Pro 64bit
slave 1 Offline celá sestava na prodej- Ryzen 9 3900X, ASUS B550 F Gaming WIFI, Asus GTX1080, 16GB DDR4, SSD OCZ TRION 100 (250GB), zdroj Corsair RM850 (850W), Win10Pro 64bit
slave 2 Offline - čeká na vydání HW (podzim 2022) :idea: Ryzen 9 79** :?: , AM5 :?: , 32-64 GB DDR5 :?: RTX4080(ti) :?: , SSD WD_Black SN850 1TB

Abby

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#19 Příspěvek od Abby »

Nevíš? Já jsem to psala, takže pokud jsi to četl tak víš :-)
Jinak jedna věc je udělat si velkou zásobu, to je v pořádku, ale druhá věc je udicí zbytečně přetěžovat již tak přetížený server, to je sobectví non plus ultra jen aby bylo pár číslíček navíc. Nedostanu práci? Fajn, tak počkám až přijde, ale vynucovat si to není řešení, protože pak práce nepřijde nikomu a budeme na tom tratit všichni.
Pevně doufám, že ostatní mají rozum a tu udici nepoužijí.

Jinak já mám zásobu asi na půl dne, to mi stačí., jede šest jednotek současně a v zásobě jich mám dalších 18.

Dzordzik
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2448
Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
rok narození: 18 zář 1980
ID CNT statistics: 503
Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
Kontaktovat uživatele:

Re: výzkum COVID 19 na Rosettě

#20 Příspěvek od Dzordzik »

Rosetta nemá problém s přijímáním spočítaných jednotek ale s jejich posíláním. Velmi často se mi stane, že je download přerušen a proto Rosetta nestahuje nové jednotky, i když je jich dost. Tohle je třeba ručně pohlídat a seknuté jednotky rušit. JInak v současné době opravdu nedoporučuji používat udici, jenom to problém zhorší. Nastavte si větší zásobu a máte klid. V tomto má Abby pravdu.
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W

Odpovědět

Zpět na „Rosetta@Home“