Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

Fórum o projektu
Odpovědět
Zpráva
Autor
nenym
78.9473684211 %
78.9473684211 %
Příspěvky: 7303
Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
rok narození: 0- 0-1956
ID CNT statistics: 10124

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#481 Příspěvek od nenym »

Nejsme ve sporu, píšeme všichni totéž, pouze jinými slovy.
Přišla korona krize; jím cornflakes, piji Corona pivo, jezdím v autě Toyota Corona, poslouchám Korna, mám kornatění tepen a nejspíše skončím na koronární jednotce. Jsem koronovaný blb.
UotD 606x
1xObrázek 3xObrázek 9xObrázek 12xObrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
RoKro
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1061
Registrován: pon 31 srp, 2009 08:57
rok narození: 29 črc 1970
ID CNT statistics: 10234
Bydliště: Beroun
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#482 Příspěvek od RoKro »

O to se nikdo nepře, s tím všichni souhlasí. Určitě tu nikdo nepopírá potřebu a účelnost takových výpočtů.
Nevím, s jakou závěrečnou myšlenkou Dzordzik nesouhlasí, nejspíš s: "že počítáním projektů s názvem covid atd. přímo přispívá s vývoji vakcíny či dokonce léku, tak je úplně mimo".
Tam je důležité to slůvko "přímo".
Ony si ty projekty daly do názvu jednotek kouzelné slůvko COVID, aby se svezly na vlně zájmu a nalákaly počtáře. Ale ty jednotky nejspíš podle těch článků nejsou zaměřené jen a konkrétně na tuhle nemoc, ale jsou velmi obecné a výsledky těch výpočtů mohou být použity pro vývoj léků na všechno možné. A naopak se může stát, že bude úspěšný lék na covid vyvinut na základě výsledků jiných, ale podobných projektů, které své zaměření na covid-like problematiku takhle neinzerovaly ve svém názvu.
Obrázek

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3624
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#483 Příspěvek od petnek »

Mě by zase zajímalo, zda projekty co dělají sieving látek (molekul, proteinů či čehokoli jiného) spolu komunikují a každý analyzuje třeba nějaký rozsah kandidátů. Bylo by velice nešťastné aby několik projektů pracovalo se stejnými daty, ztráta času a našeho výkonu.
Obrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18398
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#484 Příspěvek od forest »

RoKro píše: pon 01 čer, 2020 22:03 Ale ty jednotky nejspíš podle těch článků nejsou zaměřené jen a konkrétně na tuhle nemoc, ale jsou velmi obecné a výsledky těch výpočtů mohou být použity pro vývoj léků na všechno možné. A naopak se může stát, že bude úspěšný lék na covid vyvinut na základě výsledků jiných, ale podobných projektů, které své zaměření na covid-like problematiku takhle neinzerovaly ve svém názvu.
Nepočítá se nekonečně mnoho variant nekonečně mnoho látek a jejich interakce a ty se netestují na nekonečně mnoho známých nemocí, zda s nimi nemohou pomoci. Pro výzkum konkrétní nemoci, se hledá vhodný lék. V zadání se vybírají takové proteiny (nebo i jiné látky), o kterých je nějakým způsobem známo, že by mohly být účinné v boji proti dané nemoci. Nebo se nějaká nová mezi ně přidá. Výzkum postupně modeluje interakce mezi vybranými látkami a hledá souhor (většinou v první fázi například 10% výsledků) s nejvhodnějšími kandidátu. Ve druhé fázi se přitvrdí, zpřísní zadání a pokračuje se s eliminací opět na cca 10% nejnadějnějších kombinací. A ty se poté zkoumají v laboratořích. Tam se může skutečně zjistit, že některé látky jsou vhodné pro jinou oblast výzkumu, ale cíleně se to na každém vzorku netestuje. Tedy nepočítá se nic nahodile, ale i ten prvotní výzkum je již zaměřený primárně na pomoc s konkrétní nemocí. Jen je těch ožností strašně moc a v laboratořích by to trvalo stovku let = nikdo by to nezaplatil.

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 18398
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#485 Příspěvek od forest »

petnek píše: úte 02 čer, 2020 23:04 Mě by zase zajímalo, zda projekty co dělají sieving látek (molekul, proteinů či čehokoli jiného) spolu komunikují a každý analyzuje třeba nějaký rozsah kandidátů. Bylo by velice nešťastné aby několik projektů pracovalo se stejnými daty, ztráta času a našeho výkonu.
Výsledky DC projektů jsou zveřejňovány, i ty dílčí. Ty tedy určitě sdílené jsou a mrhání výkonem u nich nenastává. Jinak si ale každá soukromá instituce zkoumá své, za své kačky a výsledky zdarma všem určitě neposkytují.

v.svantner
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 653
Registrován: sob 11 pro, 2010 16:51

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#486 Příspěvek od v.svantner »

Trocha shrnutí:

1. Jak jsme již psal někde nahoře v tomto vláknu diskuze, dobrovolník pozná až zpětně, na co přesně svůj výpočetní výkon poskytl. Samozřejmě nějaké info se dá najít i na fóru GG, ale tam se v zásadě dostane pouze obecná informace.

2. Jednotlivé dílčí podprojekty na GG jsou vědeckou prací postgraduálních studentů na universitě - https://www.upf.edu/. Nyní se počítá práce Toniho Giorgina. Problém je trochu v tom, že všichni z GG tak nějak zanedbávají aktualizaci webu, asi je to moc nezajímá.

3. Pokud chcete přesně zpětně zjistit, na co jste dali svůj výkon, stačí se podívat do své složky na webu GG:

3 a) Jednak je tam celkový odevzdaný výkon v podobě jednak čísla a jako ekvivalent odznáčku je příslušná aminokyselina - tzv. level badge (čím více počítáte, tím vyšší skoré a tím vyšší aminokyselina).

3 b) Potom existují mnou pojmenované odznáčky (pracovně jim říkám Matesy) - tzv. scientific publications badges, ty mají různou barvu od bílé až po safírovou. Ty odstupňovávají účast dobrovolníka na konkrétním podprojektu, protože je tam navíc umístění ve formě zlomku např. 17/4026, t.z. 17. nejvyšší pořadí odevzdané práce z celkového počtu dobrovolníků na jednotlivém projektu. Pokud si rozkliknete příslušný odkaz na tomto Matesu, hodí vás net na celkovou vědeckou publikaci -

Vidíte, že zpětně je velmi jednoduché zjistit, na co výkon šel a vše je velmi pečlivě zdokumentováno. Z tohoto důvodu veškerý GPU výkon poskytuji GG, pokud zrovna nemají výpadek (to házím vše na PG, protože ať se to mnohým nelíbí s tím, co PG má (resp. nemá) materiálně za sebou, odvádí neskutečnou sumu práce a za to jim patří můj dík.)


v.svantner
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 653
Registrován: sob 11 pro, 2010 16:51

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#488 Příspěvek od v.svantner »

V relaci na můj poslední příspěvek, který byl pouhým odkazem na nové výsledky projektu GG, ještě doplňuji odkaz na velmi zajímavý web: https://submission.gpcrmd.org/home/.

Jedná se o online databázi tzv. G-protein coupled receptors (GPCRs).

Velmi laicky (sic!) řečeno: Receptory spojené s G-proteiny (GPCR) jsou membránové proteiny odpovědné za transdukci širokého rozsahu signálů přes plazmatickou membránu, které regulují několik životně důležitých funkcí prostřednictvím jejich aktivace nebo deaktivace endogenními a exogenními ligandy. Patří mezi ně metabolismus, imunitní a zánětlivá reakce, růst a diferenciace, neurotransmise, čich a vidění. Není proto překvapivé, že GPCR jsou nejdůležitějším cílem současného farmaceutického vývoje.

Uživatelský avatar
® Plšák Ráďa ®
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1160
Registrován: čtv 10 led, 2013 00:41
rok narození: 0- 7-1977
ID CNT statistics: 15767

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#489 Příspěvek od ® Plšák Ráďa ® »

Další špendlík do sbírky Obrázek, ten předchozí mne nějak minul velkým obloukem 45ff
857th/6232 Herrera-Nieto et al, JCIM 2020 methods
Motto: "Pokrok vědy nezastavíš, ale i ty ho můžeš urychlit." © 2014 Plšák Ráďa User of The Day
Obrázek

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3624
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Tábor
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#490 Příspěvek od petnek »

Gratuluji :smt038
Obrázek

v.svantner
42.1052631579 %
42.1052631579 %
Příspěvky: 653
Registrován: sob 11 pro, 2010 16:51

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#491 Příspěvek od v.svantner »


Uživatelský avatar
® Plšák Ráďa ®
47.3684210526 %
47.3684210526 %
Příspěvky: 1160
Registrován: čtv 10 led, 2013 00:41
rok narození: 0- 7-1977
ID CNT statistics: 15767

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#492 Příspěvek od ® Plšák Ráďa ® »

tak jsem si dnes všiml, že i Dzordzik má už své špendlíky na svém účtu, dokonce 3 ( 2x Obrázek 1x Obrázek ) A to měl 300k kreditů a furt nic. Tož gratulace 45hh
Motto: "Pokrok vědy nezastavíš, ale i ty ho můžeš urychlit." © 2014 Plšák Ráďa User of The Day
Obrázek

Dzordzik
57.8947368421 %
57.8947368421 %
Příspěvky: 2424
Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
rok narození: 18 zář 1980
ID CNT statistics: 503
Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
Kontaktovat uživatele:

Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid

#493 Příspěvek od Dzordzik »

Vidíš, nebýt tebe, tak bych si toho ani nevšiml.
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W

Odpovědět

Zpět na „GPUGRID“