Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
-
- 78.9473684211 %
- Příspěvky: 7610
- Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
- rok narození: 0- 0-1956
- ID CNT statistics: 10124
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Nejsme ve sporu, píšeme všichni totéž, pouze jinými slovy.
Blíží se konsolidační balíček pětikolky; šetřím trojbojem - piji staré víno, jím plesnivé sýry a jezdím v autě bez střechy.
UotD 767x
1x 3x 9x 12x
UotD 767x
1x 3x 9x 12x
- RoKro
- 52.6315789474 %
- Příspěvky: 1438
- Registrován: pon 31 srp, 2009 08:57
- rok narození: 29 črc 1970
- ID CNT statistics: 10234
- Bydliště: Beroun
- Kontaktovat uživatele:
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
O to se nikdo nepře, s tím všichni souhlasí. Určitě tu nikdo nepopírá potřebu a účelnost takových výpočtů.
Nevím, s jakou závěrečnou myšlenkou Dzordzik nesouhlasí, nejspíš s: "že počítáním projektů s názvem covid atd. přímo přispívá s vývoji vakcíny či dokonce léku, tak je úplně mimo".
Tam je důležité to slůvko "přímo".
Ony si ty projekty daly do názvu jednotek kouzelné slůvko COVID, aby se svezly na vlně zájmu a nalákaly počtáře. Ale ty jednotky nejspíš podle těch článků nejsou zaměřené jen a konkrétně na tuhle nemoc, ale jsou velmi obecné a výsledky těch výpočtů mohou být použity pro vývoj léků na všechno možné. A naopak se může stát, že bude úspěšný lék na covid vyvinut na základě výsledků jiných, ale podobných projektů, které své zaměření na covid-like problematiku takhle neinzerovaly ve svém názvu.
Nevím, s jakou závěrečnou myšlenkou Dzordzik nesouhlasí, nejspíš s: "že počítáním projektů s názvem covid atd. přímo přispívá s vývoji vakcíny či dokonce léku, tak je úplně mimo".
Tam je důležité to slůvko "přímo".
Ony si ty projekty daly do názvu jednotek kouzelné slůvko COVID, aby se svezly na vlně zájmu a nalákaly počtáře. Ale ty jednotky nejspíš podle těch článků nejsou zaměřené jen a konkrétně na tuhle nemoc, ale jsou velmi obecné a výsledky těch výpočtů mohou být použity pro vývoj léků na všechno možné. A naopak se může stát, že bude úspěšný lék na covid vyvinut na základě výsledků jiných, ale podobných projektů, které své zaměření na covid-like problematiku takhle neinzerovaly ve svém názvu.
- petnek
- Moderátor
- Příspěvky: 3669
- Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
- rok narození: 16 kvě 1987
- ID CNT statistics: 10883
- Bydliště: Tábor
- Kontaktovat uživatele:
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Mě by zase zajímalo, zda projekty co dělají sieving látek (molekul, proteinů či čehokoli jiného) spolu komunikují a každý analyzuje třeba nějaký rozsah kandidátů. Bylo by velice nešťastné aby několik projektů pracovalo se stejnými daty, ztráta času a našeho výkonu.
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19635
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Nepočítá se nekonečně mnoho variant nekonečně mnoho látek a jejich interakce a ty se netestují na nekonečně mnoho známých nemocí, zda s nimi nemohou pomoci. Pro výzkum konkrétní nemoci, se hledá vhodný lék. V zadání se vybírají takové proteiny (nebo i jiné látky), o kterých je nějakým způsobem známo, že by mohly být účinné v boji proti dané nemoci. Nebo se nějaká nová mezi ně přidá. Výzkum postupně modeluje interakce mezi vybranými látkami a hledá souhor (většinou v první fázi například 10% výsledků) s nejvhodnějšími kandidátu. Ve druhé fázi se přitvrdí, zpřísní zadání a pokračuje se s eliminací opět na cca 10% nejnadějnějších kombinací. A ty se poté zkoumají v laboratořích. Tam se může skutečně zjistit, že některé látky jsou vhodné pro jinou oblast výzkumu, ale cíleně se to na každém vzorku netestuje. Tedy nepočítá se nic nahodile, ale i ten prvotní výzkum je již zaměřený primárně na pomoc s konkrétní nemocí. Jen je těch ožností strašně moc a v laboratořích by to trvalo stovku let = nikdo by to nezaplatil.RoKro píše: ↑pon 01 čer, 2020 22:03 Ale ty jednotky nejspíš podle těch článků nejsou zaměřené jen a konkrétně na tuhle nemoc, ale jsou velmi obecné a výsledky těch výpočtů mohou být použity pro vývoj léků na všechno možné. A naopak se může stát, že bude úspěšný lék na covid vyvinut na základě výsledků jiných, ale podobných projektů, které své zaměření na covid-like problematiku takhle neinzerovaly ve svém názvu.
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19635
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Výsledky DC projektů jsou zveřejňovány, i ty dílčí. Ty tedy určitě sdílené jsou a mrhání výkonem u nich nenastává. Jinak si ale každá soukromá instituce zkoumá své, za své kačky a výsledky zdarma všem určitě neposkytují.petnek píše: ↑úte 02 čer, 2020 23:04 Mě by zase zajímalo, zda projekty co dělají sieving látek (molekul, proteinů či čehokoli jiného) spolu komunikují a každý analyzuje třeba nějaký rozsah kandidátů. Bylo by velice nešťastné aby několik projektů pracovalo se stejnými daty, ztráta času a našeho výkonu.
-
- 42.1052631579 %
- Příspěvky: 697
- Registrován: sob 11 pro, 2010 16:51
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Trocha shrnutí:
1. Jak jsme již psal někde nahoře v tomto vláknu diskuze, dobrovolník pozná až zpětně, na co přesně svůj výpočetní výkon poskytl. Samozřejmě nějaké info se dá najít i na fóru GG, ale tam se v zásadě dostane pouze obecná informace.
2. Jednotlivé dílčí podprojekty na GG jsou vědeckou prací postgraduálních studentů na universitě - https://www.upf.edu/. Nyní se počítá práce Toniho Giorgina. Problém je trochu v tom, že všichni z GG tak nějak zanedbávají aktualizaci webu, asi je to moc nezajímá.
3. Pokud chcete přesně zpětně zjistit, na co jste dali svůj výkon, stačí se podívat do své složky na webu GG:
3 a) Jednak je tam celkový odevzdaný výkon v podobě jednak čísla a jako ekvivalent odznáčku je příslušná aminokyselina - tzv. level badge (čím více počítáte, tím vyšší skoré a tím vyšší aminokyselina).
3 b) Potom existují mnou pojmenované odznáčky (pracovně jim říkám Matesy) - tzv. scientific publications badges, ty mají různou barvu od bílé až po safírovou. Ty odstupňovávají účast dobrovolníka na konkrétním podprojektu, protože je tam navíc umístění ve formě zlomku např. 17/4026, t.z. 17. nejvyšší pořadí odevzdané práce z celkového počtu dobrovolníků na jednotlivém projektu. Pokud si rozkliknete příslušný odkaz na tomto Matesu, hodí vás net na celkovou vědeckou publikaci -
Vidíte, že zpětně je velmi jednoduché zjistit, na co výkon šel a vše je velmi pečlivě zdokumentováno. Z tohoto důvodu veškerý GPU výkon poskytuji GG, pokud zrovna nemají výpadek (to házím vše na PG, protože ať se to mnohým nelíbí s tím, co PG má (resp. nemá) materiálně za sebou, odvádí neskutečnou sumu práce a za to jim patří můj dík.)
1. Jak jsme již psal někde nahoře v tomto vláknu diskuze, dobrovolník pozná až zpětně, na co přesně svůj výpočetní výkon poskytl. Samozřejmě nějaké info se dá najít i na fóru GG, ale tam se v zásadě dostane pouze obecná informace.
2. Jednotlivé dílčí podprojekty na GG jsou vědeckou prací postgraduálních studentů na universitě - https://www.upf.edu/. Nyní se počítá práce Toniho Giorgina. Problém je trochu v tom, že všichni z GG tak nějak zanedbávají aktualizaci webu, asi je to moc nezajímá.
3. Pokud chcete přesně zpětně zjistit, na co jste dali svůj výkon, stačí se podívat do své složky na webu GG:
3 a) Jednak je tam celkový odevzdaný výkon v podobě jednak čísla a jako ekvivalent odznáčku je příslušná aminokyselina - tzv. level badge (čím více počítáte, tím vyšší skoré a tím vyšší aminokyselina).
3 b) Potom existují mnou pojmenované odznáčky (pracovně jim říkám Matesy) - tzv. scientific publications badges, ty mají různou barvu od bílé až po safírovou. Ty odstupňovávají účast dobrovolníka na konkrétním podprojektu, protože je tam navíc umístění ve formě zlomku např. 17/4026, t.z. 17. nejvyšší pořadí odevzdané práce z celkového počtu dobrovolníků na jednotlivém projektu. Pokud si rozkliknete příslušný odkaz na tomto Matesu, hodí vás net na celkovou vědeckou publikaci -
Vidíte, že zpětně je velmi jednoduché zjistit, na co výkon šel a vše je velmi pečlivě zdokumentováno. Z tohoto důvodu veškerý GPU výkon poskytuji GG, pokud zrovna nemají výpadek (to házím vše na PG, protože ať se to mnohým nelíbí s tím, co PG má (resp. nemá) materiálně za sebou, odvádí neskutečnou sumu práce a za to jim patří můj dík.)
-
- 42.1052631579 %
- Příspěvky: 697
- Registrován: sob 11 pro, 2010 16:51
-
- 42.1052631579 %
- Příspěvky: 697
- Registrován: sob 11 pro, 2010 16:51
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
V relaci na můj poslední příspěvek, který byl pouhým odkazem na nové výsledky projektu GG, ještě doplňuji odkaz na velmi zajímavý web: https://submission.gpcrmd.org/home/.
Jedná se o online databázi tzv. G-protein coupled receptors (GPCRs).
Velmi laicky (sic!) řečeno: Receptory spojené s G-proteiny (GPCR) jsou membránové proteiny odpovědné za transdukci širokého rozsahu signálů přes plazmatickou membránu, které regulují několik životně důležitých funkcí prostřednictvím jejich aktivace nebo deaktivace endogenními a exogenními ligandy. Patří mezi ně metabolismus, imunitní a zánětlivá reakce, růst a diferenciace, neurotransmise, čich a vidění. Není proto překvapivé, že GPCR jsou nejdůležitějším cílem současného farmaceutického vývoje.
Jedná se o online databázi tzv. G-protein coupled receptors (GPCRs).
Velmi laicky (sic!) řečeno: Receptory spojené s G-proteiny (GPCR) jsou membránové proteiny odpovědné za transdukci širokého rozsahu signálů přes plazmatickou membránu, které regulují několik životně důležitých funkcí prostřednictvím jejich aktivace nebo deaktivace endogenními a exogenními ligandy. Patří mezi ně metabolismus, imunitní a zánětlivá reakce, růst a diferenciace, neurotransmise, čich a vidění. Není proto překvapivé, že GPCR jsou nejdůležitějším cílem současného farmaceutického vývoje.
- ® Plšák Ráďa ®
- 52.6315789474 %
- Příspěvky: 1306
- Registrován: čtv 10 led, 2013 00:41
- rok narození: 0- 7-1977
- ID CNT statistics: 15767
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Další špendlík do sbírky , ten předchozí mne nějak minul velkým obloukem
857th/6232 Herrera-Nieto et al, JCIM 2020 methods
857th/6232 Herrera-Nieto et al, JCIM 2020 methods
Motto: "Pokrok vědy nezastavíš, ale i ty ho můžeš urychlit." © 2014 Plšák Ráďa User of The Day
(Pozn. veškeré informace jsou z českých médií rozhlasových, televizních a nějaké fake news z internetu. Proto informační hodnota mého příspěvku je vždy nulová a radši to nečtěte. Televizní zprávy po 19 hodině sleduji minimálně a nehodlám se otečkovat vakcínou C19 verzí č.1 až 3, počkám si na revizi vakcíny splňující normy paní MUDr. S. Pekové, PhD..)
(Pozn. veškeré informace jsou z českých médií rozhlasových, televizních a nějaké fake news z internetu. Proto informační hodnota mého příspěvku je vždy nulová a radši to nečtěte. Televizní zprávy po 19 hodině sleduji minimálně a nehodlám se otečkovat vakcínou C19 verzí č.1 až 3, počkám si na revizi vakcíny splňující normy paní MUDr. S. Pekové, PhD..)
- petnek
- Moderátor
- Příspěvky: 3669
- Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
- rok narození: 16 kvě 1987
- ID CNT statistics: 10883
- Bydliště: Tábor
- Kontaktovat uživatele:
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Gratuluji
-
- 42.1052631579 %
- Příspěvky: 697
- Registrován: sob 11 pro, 2010 16:51
- ® Plšák Ráďa ®
- 52.6315789474 %
- Příspěvky: 1306
- Registrován: čtv 10 led, 2013 00:41
- rok narození: 0- 7-1977
- ID CNT statistics: 15767
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
tak jsem si dnes všiml, že i Dzordzik má už své špendlíky na svém účtu, dokonce 3 ( 2x 1x ) A to měl 300k kreditů a furt nic. Tož gratulace
Motto: "Pokrok vědy nezastavíš, ale i ty ho můžeš urychlit." © 2014 Plšák Ráďa User of The Day
(Pozn. veškeré informace jsou z českých médií rozhlasových, televizních a nějaké fake news z internetu. Proto informační hodnota mého příspěvku je vždy nulová a radši to nečtěte. Televizní zprávy po 19 hodině sleduji minimálně a nehodlám se otečkovat vakcínou C19 verzí č.1 až 3, počkám si na revizi vakcíny splňující normy paní MUDr. S. Pekové, PhD..)
(Pozn. veškeré informace jsou z českých médií rozhlasových, televizních a nějaké fake news z internetu. Proto informační hodnota mého příspěvku je vždy nulová a radši to nečtěte. Televizní zprávy po 19 hodině sleduji minimálně a nehodlám se otečkovat vakcínou C19 verzí č.1 až 3, počkám si na revizi vakcíny splňující normy paní MUDr. S. Pekové, PhD..)
-
- 57.8947368421 %
- Příspěvky: 2448
- Registrován: ned 12 úno, 2017 00:26
- rok narození: 18 zář 1980
- ID CNT statistics: 503
- Bydliště: Zdounky (u Kroměříže)
- Kontaktovat uživatele:
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Vidíš, nebýt tebe, tak bych si toho ani nevšiml.
Albert: Dual Xeon E5-2696 V4, Supermicro X10DRG-Q, 64GB DDR4 ECC, 1x GTX 1070, Enermax Platimax 1700W
- alien5
- 21.0526315789 %
- Příspěvky: 178
- Registrován: čtv 18 led, 2018 14:13
- rok narození: 25 dub 1977
- Bydliště: Mlada boleslav
- Kontaktovat uživatele:
Re: Ostatní diskuse k projektu
Me to je divne gpugrid take nestahuje mate ho nekdo take?
Astronom, astrofotograf a freediver . https://www.hvezdarnamb.cz
YT kanal : https://www.youtube.com/channel/UCV18Di ... subscriber
YT kanal : https://www.youtube.com/channel/UCV18Di ... subscriber
-
- 78.9473684211 %
- Příspěvky: 7610
- Registrován: úte 13 led, 2009 15:33
- rok narození: 0- 0-1956
- ID CNT statistics: 10124
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
O jednotky je nouze, nutná udice, ale i ta uspěje jenom občas.
Blíží se konsolidační balíček pětikolky; šetřím trojbojem - piji staré víno, jím plesnivé sýry a jezdím v autě bez střechy.
UotD 767x
1x 3x 9x 12x
UotD 767x
1x 3x 9x 12x
-
- 47.3684210526 %
- Příspěvky: 965
- Registrován: pát 27 led, 2012 22:20
- ID CNT statistics: 12781
- Bydliště: Brno
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Jn, je to nejaky chudy zacatek roku, necham GPU trosku oddechnout asi
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19635
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Jako záložní projekty s RS 0 lze dobže využít Einstein a Collatz. Ty problémy se zásobou pozoruji od ukončení Seti@home, ale jsou čímdál větší. Pravděpodobně počtáři přesouvají výkon právě tímto směrem, což by ale pro projekt samotný měla být obrovská příležitost. Doufejme, že to zvládnou a brzy se to zlepší.
EDIT by nenym (omluva Forestovi, cílem je vše vhodné v jednom postu míti): Také PG WW či PPS Sieving a SR Base TF.
EDIT by nenym (omluva Forestovi, cílem je vše vhodné v jednom postu míti): Také PG WW či PPS Sieving a SR Base TF.
- alien5
- 21.0526315789 %
- Příspěvky: 178
- Registrován: čtv 18 led, 2018 14:13
- rok narození: 25 dub 1977
- Bydliště: Mlada boleslav
- Kontaktovat uživatele:
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Stahlo mi to soubory jeden mensi na par hodin a ted pocitam 24 hodinovy.
Astronom, astrofotograf a freediver . https://www.hvezdarnamb.cz
YT kanal : https://www.youtube.com/channel/UCV18Di ... subscriber
YT kanal : https://www.youtube.com/channel/UCV18Di ... subscriber
- forest
- Admin webu a fóra CNT
- Příspěvky: 19635
- Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
- rok narození: 03 bře 1977
- ID CNT statistics: 71
- Bydliště: Újezd u Brna
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Projekt práci již přiděluje v posledním měsíci pravidelně. Bohužel větší zásoba načerpat nejde, tedy ideální je mít připojený v BM záložní projekt na GPU, který případný výpadek využije a hned stáhne pár svých jednotek, než bude mít GPUGRID práci.
- ® Plšák Ráďa ®
- 52.6315789474 %
- Příspěvky: 1306
- Registrován: čtv 10 led, 2013 00:41
- rok narození: 0- 7-1977
- ID CNT statistics: 15767
Re: Ostatní diskuse k projektu GPUGrid
Dávám sem jen pro informaci, kdyby se někdo v budoucnu ptal při nějaké budoucí disciplíně v GPUGridu.
Někdy se lidi ptají, zda při pozdním odeslání spočítané jednotky s druhým počtářem neztratíte kredity, pokud je validace potvrzována jedním počtářem. Tak u GPUGridu (v aplikaci New version of ACEMD) se toho bát nemusíte, dostanete kredity taky.
Jen nevím, jak je to s bonusem za rychlejší dopočítání do 24 hod u toho druhého počtáře, jelikož v mém případě taky odevzdával se zpožděním po 24 hodinách.
Někdy se lidi ptají, zda při pozdním odeslání spočítané jednotky s druhým počtářem neztratíte kredity, pokud je validace potvrzována jedním počtářem. Tak u GPUGridu (v aplikaci New version of ACEMD) se toho bát nemusíte, dostanete kredity taky.
Jen nevím, jak je to s bonusem za rychlejší dopočítání do 24 hod u toho druhého počtáře, jelikož v mém případě taky odevzdával se zpožděním po 24 hodinách.
- Přílohy
-
- GPUGRID validace.png (67.12 KiB) Zobrazeno 3511 x
Motto: "Pokrok vědy nezastavíš, ale i ty ho můžeš urychlit." © 2014 Plšák Ráďa User of The Day
(Pozn. veškeré informace jsou z českých médií rozhlasových, televizních a nějaké fake news z internetu. Proto informační hodnota mého příspěvku je vždy nulová a radši to nečtěte. Televizní zprávy po 19 hodině sleduji minimálně a nehodlám se otečkovat vakcínou C19 verzí č.1 až 3, počkám si na revizi vakcíny splňující normy paní MUDr. S. Pekové, PhD..)
(Pozn. veškeré informace jsou z českých médií rozhlasových, televizních a nějaké fake news z internetu. Proto informační hodnota mého příspěvku je vždy nulová a radši to nečtěte. Televizní zprávy po 19 hodině sleduji minimálně a nehodlám se otečkovat vakcínou C19 verzí č.1 až 3, počkám si na revizi vakcíny splňující normy paní MUDr. S. Pekové, PhD..)